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- EMDB-51443: MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (monomer) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51443
タイトルMukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (monomer)
マップデータPrimary map
試料
  • 複合体: MukBEF DNA loading reaction
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukF
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukE
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukB
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードSMC complex / Chromosome segregation / ABC-type ATPase / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / chromosome condensation / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / chromosome segregation / fatty acid biosynthetic process / DNA replication ...nucleoid / chromosome condensation / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / chromosome segregation / fatty acid biosynthetic process / DNA replication / response to xenobiotic stimulus / cell division / lipid binding / calcium ion binding / DNA binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukB, hinge domain superfamily / : / MukE-like family / MukB N-terminal ...Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukB, hinge domain superfamily / : / MukE-like family / MukB N-terminal / MukB hinge domain / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily / MukF winged-helix domain / MukF middle domain / MukF C-terminal domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukE / Chromosome partition protein MukB / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus thracensis (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Burmann F / Lowe J
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 605-2019European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Mechanism of DNA capture by the MukBEF SMC complex and its inhibition by a viral DNA mimic.
著者: Frank Bürmann / Bryony Clifton / Sophie Koekemoer / Oliver J Wilkinson / Dari Kimanius / Mark S Dillingham / Jan Löwe /
要旨: Ring-like structural maintenance of chromosome (SMC) complexes are crucial for genome organization and operate through mechanisms of DNA entrapment and loop extrusion. Here, we explore the DNA ...Ring-like structural maintenance of chromosome (SMC) complexes are crucial for genome organization and operate through mechanisms of DNA entrapment and loop extrusion. Here, we explore the DNA loading process of the bacterial SMC complex MukBEF. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we demonstrate that ATP binding opens one of MukBEF's three potential DNA entry gates, exposing a DNA capture site that positions DNA at the open neck gate. We discover that the gp5.9 protein of bacteriophage T7 blocks this capture site by DNA mimicry, thereby preventing DNA loading and inactivating MukBEF. We propose a comprehensive and unidirectional loading mechanism in which DNA is first captured at the complex's periphery and then ingested through the DNA entry gate, powered by a single cycle of ATP hydrolysis. These findings illuminate a fundamental aspect of how ubiquitous DNA organizers are primed for genome maintenance and demonstrate how this process can be disrupted by viruses.
履歴
登録2024年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51443.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.48 Å/pix.
x 312 pix.
= 460.98 Å		1.48 Å/pix.
x 312 pix.
= 460.98 Å		1.48 Å/pix.
x 312 pix.
= 460.98 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4775 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.01716789 - 0.04395475
平均 (標準偏差)0.00012269848 (±0.0012964978)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 460.97998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: cryoSPARC noflex map

ファイルemd_51443_additional_1.map
注釈cryoSPARC noflex map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_51443_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_51443_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MukBEF DNA loading reaction

全体名称: MukBEF DNA loading reaction
要素
  • 複合体: MukBEF DNA loading reaction
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukF
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukE
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukB
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: MukBEF DNA loading reaction

超分子名称: MukBEF DNA loading reaction / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 924.253 KDa

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分子 #1: Chromosome partition protein MukF

分子名称: Chromosome partition protein MukF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 50.193305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSEYSQTVPE LVSWARKNDF SISLPVERLA FLMAIAVLNS ERLDGEMSEG ELIDAFREVC KGFEQTAESV AVRANNAIND MVRQKLLNR FTSELADGNA IYRLTPLGIS ISDYYIRQRE FSTLRLSMQL SIVANELHRA AEAAEEGGDE FHWHRNVFAP L KYSVAEIF ...文字列:
MSEYSQTVPE LVSWARKNDF SISLPVERLA FLMAIAVLNS ERLDGEMSEG ELIDAFREVC KGFEQTAESV AVRANNAIND MVRQKLLNR FTSELADGNA IYRLTPLGIS ISDYYIRQRE FSTLRLSMQL SIVANELHRA AEAAEEGGDE FHWHRNVFAP L KYSVAEIF DSIDMSQRLM DEQQNFVKED IAALLNQDWQ AAIANCEQLL SETSGTLREL QDTLEAAGDK LQANLLRIQD AN MGSGGSE LVDKLVFDLQ SKLDRIISWG QQAIDLWIGY DRHVHKFIRT AIDMDKNRIF SQRLRQSVQH YFDNPWTLTV ANA ERLLDM RDEELALRNE EVTGELPLEL EYEEFSEIND QLAAMIEKAL LVYQQEQRPL DLGAVLRDYL AQHPLPRHFD VARI LVDQA VRLGVAEADF SGLPAEWLAI NDYGAKVQAH VIDTY

UniProtKB: Chromosome partition protein MukF

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分子 #2: Chromosome partition protein MukE

分子名称: Chromosome partition protein MukE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 27.423848 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSTHIEQFM PVKLAQALAN SLFPELDSQL RAGRHIGIDD LDNHAFLMDF QEQLEEFYAR YNVELIRAPE GFFYLRPRST TLIPRSVLS ELDMMVGKIL CYLYLSPERL ANQGIFTSQE LYEELISLAD EGKLMKFVNQ RSSGSDLDKQ KLQEKVRTTL N RLRRLGMV ...文字列:
MSSTHIEQFM PVKLAQALAN SLFPELDSQL RAGRHIGIDD LDNHAFLMDF QEQLEEFYAR YNVELIRAPE GFFYLRPRST TLIPRSVLS ELDMMVGKIL CYLYLSPERL ANQGIFTSQE LYEELISLAD EGKLMKFVNQ RSSGSDLDKQ KLQEKVRTTL N RLRRLGMV YFLPNNNNKF TITEAVFRFG ADVRSGDDPR EIQLRMIRDG EAMPVEGSLS LDDSENDETP DNSAEGAGDE QP

UniProtKB: Chromosome partition protein MukE

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分子 #3: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.985794 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSTIEERVKK IIGEQLGVKQ EEVTNNASFV EDLGAD(4HH)LDT VELVMALEEE FDTEIPDEEA EKITTVQAAI DYINGH QA

UniProtKB: Acyl carrier protein

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分子 #4: Chromosome partition protein MukB

分子名称: Chromosome partition protein MukB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 170.241172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIERGKFRSL TLVNWNGFFA RTFDLDELVT TLSGGNGAGK STTMAAFVTA LIPDLTLLHF RNTTEAGATS GSRDKGLHGK LRAGVCYST LDVINSRHQR VVVGVRLQQV AGRDRKVDIK PFMIQGLPTA IQPTQLLTEN VGERQARVLP LNELKDRLDE M EGVQFKQF ...文字列:
MIERGKFRSL TLVNWNGFFA RTFDLDELVT TLSGGNGAGK STTMAAFVTA LIPDLTLLHF RNTTEAGATS GSRDKGLHGK LRAGVCYST LDVINSRHQR VVVGVRLQQV AGRDRKVDIK PFMIQGLPTA IQPTQLLTEN VGERQARVLP LNELKDRLDE M EGVQFKQF NSITDYHAQM FDLGVIPKRL RSASDRSKFY RLIEASLYGG ISSAITRSLR DYLLPENSGV RKAFQDMEAA LR ENRITLE AIRVTQSDRD LFKHLITEAT SYVSADYMRH ANERRTHLDE ALALRGELFG SHKQLATEQY RHVEMARELA EQS GASSDL ETDHQAASDH LNLVQTAMRQ QEKIDRYQVD LEELSYRLEE QTDVVEEAGE LQAEYEARTE ATEQEVDELK SQLA DYQQA LDVQQTRAIQ YQQALQALER ARELCRLPDL SVDNAEEWLE TFQAKEQQAT EALLALEQKL SVADAAHNQF EQAYQ LVKN IVGETSRSEA WQSARELLRD WPSQRHLADR VQPLRMRLSE LEQRLNNQQN AERLLSEFCK RQGRQYQAED LEALQN ELE ARQEALSLSV NEGGERRMEM RQELEQLKQK IQSLTARAPV WLAAQDTLNQ LCEQSGETLA SSNDVTEYMQ QLLERER EA TVERDEVAAQ KRELEKQIER LSQPSGAEDS RMIALAERFG GVLLSEIYDD ITIDDAPYFS ALYGPARHGI VVPDLSLV R PHLETLEDCP EDLYLIEGDP QSFDDSVFNA EEQTNAVLVK SSDRQWRYSR YPELPLFGRA ARENRLEALN LERDALAER YATLSFDVQK IQRAHQAFSQ FVGKHLSVAF DTDPEAEIRE LRQRHTELER EVSRFEDQTQ QQRQQYAQAK ESLTTLNRLI PQVTLLLDE TLIDRVEEVR EEMDEAQEAA RFLQQHGSAL TKLEPMVAVL QSDPQQHEQL QQDYETAKHS QHQAKQQAFA L VEIVQRRV HFSYSDSAGM LSENADLNDK LRQRLEHAES DRSRAREQLR QQQAQYSQFN QVLASLKSSY ETKQDMLKEL LQ EMKDIGV QADANAEMRA RERRDRLHEA LSVNRSRVNQ LEKQIAFCEA EMENVQKKLR KLERDYYQIR EQVVSAKAGW CAV MRMVKD NGVERRLHRR ELAYMEGGAL RSMSDKALGA LRLAVADNEH LRDALRLSED PKRPERKVQF FIAVYQHLRE RIRQ DIIRT DDPVDAIEQM EIELARLTEE LTAREQKLAI SSKSVANIIR KTIQREQNRI RMLNQGLQAV SFGQVRGVRL NVNVR ESHA ILLDVLSEQQ EQHQDLFNSQ RLTFSEAMAK LYQRLNPQVD MGQRLPQTIG EELLDYRNYL ELDVEVNRGS DGWLKA ESG ALSTGEAIGT GMSILVMVVQ SWEEESRRLR GKDISPCRLL FLDEAARLDA KSIATLFELC ERLQMQLIIA APENISP EK GTTYKLVRKV FKNHEHVHVV GLRGFGQDAP ATQLISDVTA

UniProtKB: Chromosome partition protein MukB

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: 3DFlex / 使用した粒子像数: 34436
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9gm7:
MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (monomer)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る