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- PDB-9gkx: Crystal Structure of Rhizorhabdus wittichii Dimethoate hydrolase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gkx
タイトルCrystal Structure of Rhizorhabdus wittichii Dimethoate hydrolase (DmhA) in complex with SAHA
要素Dimethoate hydrolase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / SAHA / Deacetylase / Deacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE / Dimethoate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizorhabdus wittichii DC-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Graf, L.G. / Lammers, M. / Schulze, S. / Palm, G.J.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)LA2984/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)LA2984/8-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria.
著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. ...著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. / Albrecht, D. / Zuhlke, D. / Sievers, S. / Strugnell, R.A. / Olsen, C.A. / Hofmann, K. / Lammers, M.
履歴
登録2024年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethoate hydrolase
B: Dimethoate hydrolase
C: Dimethoate hydrolase
D: Dimethoate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,50016
ポリマ－163,2654
非ポリマー1,23512
水32,0671780
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16750 Å2
ΔGint-218 kcal/mol
Surface area41790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.12, 144.96, 92.66
Angle α, β, γ (deg.)90, 91.81, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dimethoate hydrolase


分子量: 40816.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6x-Tag fusion-protein
由来: (組換発現) Rhizorhabdus wittichii DC-6 (バクテリア)
株: DC-6 / KACC 16600 / 遺伝子: dmhA / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067XIQ6

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非ポリマー , 5種, 1792分子

#2: 化合物 ChemComp-SHH / OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE / SAHA


分子量: 264.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)


分子量: 144.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M Potassium fluoride pH 7.3 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 174428 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.229 / Rsym value: 0.21 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.68
反射 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Num. unique obs: 28058 / CC1/2: 0.488 / Χ2: 0.9 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSJun 30, 2023 BUILT=20230630データ削減
XDSJun 30, 2023 BUILT=20230630データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→46.31 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1901 2101 -
Rwork0.1625 --
obs0.1629 174373 99.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11028 0 66 1780 12874

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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