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万見
- PDB-9gjv: Fab fragment of an antibody that recognises alpha-1 antitrypsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gjv
タイトルFab fragment of an antibody that recognises alpha-1 antitrypsin
要素
  • FAB 9C5 heavy chain
  • FAB 9C5 light chain
キーワードPROTEIN BINDING / Fab fragment / antitrypsin / serpin / antibody
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Aldobiyan, I. / Lomas, D.A. / Irving, J.A.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V034243/1 英国
Other governmentNIHR investigator award to DAL 英国
Other privateAlpha-1 Foundation to JAI (1036784) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: The mechanism of pathogenic α-antitrypsin aggregation in the human liver.
著者: Ibrahim Aldobiyan / Emma L K Elliston / Narinder Heyer-Chauhan / Stefan T Arold / Lingyun Zhao / Brandon Huntington / Sarah M Lowen / Elena V Orlova / James A Irving / David A Lomas /
要旨: Originating 2 to 3 millennia ago in a Scandinavian population, the SERPINA1 Z allele (Glu342Lys) is present in up to 2.5% of populations of Northern European descent and accounts for 95% of severe α- ...Originating 2 to 3 millennia ago in a Scandinavian population, the SERPINA1 Z allele (Glu342Lys) is present in up to 2.5% of populations of Northern European descent and accounts for 95% of severe α-antitrypsin deficiency. The α-antitrypsin Z variant self-assembles into polymer chains that deposit within hepatocytes, predisposing to liver disease. Here, the 4.0Å subunit structure of polymers isolated directly from human liver tissue has been determined using cryoelectron microscopy. Challenges of flexibility, small subunit size, heterogeneous length, and preferred orientations were mitigated using antibody Fab domains and sample preparation strategies. This structure demonstrates that the formation of polymers in vivo involves self-incorporation of an exposed structural element (the reactive center loop) as an additional β-strand into the central β-sheet of α-antitrypsin and displacement of a C-terminal region from one subunit with incorporation into the next. Unlike amyloid aggregation, this well-folded structure partially recapitulates a conformation adopted during normal function of the protein. These perturbations to the constituent α-antitrypsin subunits of human tissue-derived polymers are consistent with a pronounced stability, their tendency toward long-chain forms, the ability of a subset to undergo canonical secretion, and the action of a class of small molecules that block polymerization in vivo.
履歴
登録2024年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB 9C5 heavy chain
L: FAB 9C5 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1642
ポリマ－47,1642
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.766, 58.618, 158.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 FAB 9C5 heavy chain


分子量: 23454.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 FAB 9C5 light chain


分子量: 23709.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES free acid, pH 7.5, 200 mM Magnesium chloride, 25 (%w/v) PEG 3350 Cryoprotectant: 10% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月5日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→58.62 Å / Num. obs: 20062 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 163542
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 1.802 / Num. measured all: 14488 / Num. unique obs: 1721 / CC1/2: 0.475 / Rpim(I) all: 0.619 / Rrim(I) all: 1.913 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.13データスケーリング
XDSデータ削減
PHASER2.82位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→54.99 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1003 5.01 %
Rwork0.2442 --
obs0.2451 20032 97.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→54.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3172 0 0 68 3240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5054613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3141157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.320.4391440.36052692X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.460.38951290.36022714X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.650.41211450.36752696X-RAY DIFFRACTION98
2.65-2.920.32611550.30842684X-RAY DIFFRACTION98
2.92-3.340.30171380.27392690X-RAY DIFFRACTION97
3.34-4.210.25271430.22482748X-RAY DIFFRACTION97
4.21-54.990.18951490.18982805X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03191.23710.36714.9756-1.94994.47020.01460.75450.21840.522-0.329-1.0782-0.51041.79560.31770.4286-0.016-0.01380.8396-0.06670.769712.9808-2.5946-28.0505
21.10970.23941.04897.6631-2.21248.28920.08110.5711-0.5441-0.15080.1903-1.28141.03710.9362-0.29560.77310.217-0.16590.7383-0.22990.77229.4348-12.2091-24.9364
32.6741-1.56650.61755.3335-0.44873.5413-0.0256-0.23810.18140.32060.2725-0.89080.34270.602-0.14550.37960.0868-0.03770.5666-0.13150.50984.9666-3.649-27.9924
45.02230.02132.13994.8066-1.95281.75960.0346-0.0090.36180.011-0.9257-0.0897-1.2843-0.91340.85830.49460.1068-0.04020.43580.05220.4481-15.87528.6082-22.7433
53.5251-2.4433-2.40775.45471.4536.8020.3382-0.25770.5822-0.1021-0.0164-0.1515-0.61250.1178-0.24430.2545-0.02930.06470.3348-0.0430.4448-7.285620.8316-25.2523
64.33910.55021.54552.9345-0.99735.931-0.1079-0.5538-0.07751.8110.4475-0.54990.6510.2398-0.35181.22670.2203-0.23960.5624-0.10180.57482.4431-7.9519-5.0646
75.8211-3.96111.4076.7506-1.0696.90180.00290.1857-0.05120.0164-0.36660.57440.2942-0.65540.24570.2895-0.00530.05660.5309-0.16850.4971-21.825417.5495-18.9952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 33 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 76 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 119 through 133 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 134 through 214 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 1 through 102 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 103 through 214 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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