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万見
- PDB-9gcm: Structure of the U11 snRNP core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gcm
タイトルStructure of the U11 snRNP core
要素
  • Programmed cell death protein 7
  • U11 snRNA
  • U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25 kDa protein
  • U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 35 kDa protein
キーワードSPLICING / minor spliceosome / U11 snRNP / RNA-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA binding / U12-type spliceosomal complex / mRNA Splicing - Minor Pathway / intercellular bridge / response to glucocorticoid / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / apoptotic process / nucleolus ...snRNA binding / U12-type spliceosomal complex / mRNA Splicing - Minor Pathway / intercellular bridge / response to glucocorticoid / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / apoptotic process / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 7 / snRNP35, RNA recognition motif / : / Programmed cell death protein 7 / U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25kDa protein / SNRNP25, ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...Programmed cell death protein 7 / snRNP35, RNA recognition motif / : / Programmed cell death protein 7 / U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25kDa protein / SNRNP25, ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 35 kDa protein / Programmed cell death protein 7 / U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhao, J. / Galej, W.P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)950278European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Structural basis of 5' splice site recognition by the minor spliceosome.
著者: Jiangfeng Zhao / Daniel Peter / Irina Brandina / Xiangyang Liu / Wojciech P Galej /
要旨: The minor spliceosome catalyzes excision of U12-dependent introns from precursors of eukaryotic messenger RNAs (pre-mRNAs). This process is critical for many cellular functions, but the underlying ...The minor spliceosome catalyzes excision of U12-dependent introns from precursors of eukaryotic messenger RNAs (pre-mRNAs). This process is critical for many cellular functions, but the underlying molecular mechanisms remain elusive. Here, we report a cryoelectron microscopy (cryo-EM) reconstruction of the 13-subunit human U11 small nuclear ribonucleoprotein particle (snRNP) complex in apo and substrate-bound forms, revealing the architecture of the U11 small nuclear RNA (snRNA), five minor spliceosome-specific factors, and the mechanism of the U12-type 5' splice site (5'SS) recognition. SNRNP25 and SNRNP35 specifically recognize U11 snRNA, while PDCD7 bridges SNRNP25 and SNRNP48, located at the distal ends of the particle. SNRNP48 and ZMAT5 are positioned near the 5' end of U11 snRNA and stabilize binding of the incoming 5'SS. Recognition of the U12-type 5'SS is achieved through base-pairing to the 5' end of the U11 snRNA and unexpected, non-canonical base-triple interactions with the U11 snRNA stem-loop 3. Our structures provide mechanistic insights into U12-dependent intron recognition and the evolution of the splicing machinery.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U11 snRNA
B: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25 kDa protein
C: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 35 kDa protein
D: Programmed cell death protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,1034
ポリマ－143,1034
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: RNA鎖 U11 snRNA


分子量: 43505.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 161169046
#2: タンパク質 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25 kDa protein / U11/U12 snRNP 25 kDa protein / U11/U12-25K / Minus-99 protein


分子量: 15290.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP25, C16orf33 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BV90
#3: タンパク質 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 35 kDa protein / U11/U12 snRNP 35 kDa protein / U11/U12-35K / Protein HM-1 / U1 snRNP-binding protein homolog


分子量: 29514.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP35, HM1, U1SNRNPBP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16560
#4: タンパク質 Programmed cell death protein 7 / ES18 / hES18


分子量: 54791.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N8D1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the U11 snRNP core / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.13 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9 / 詳細: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.9 200 mM KCl 2 mM MgCl2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMpotassium chlorideKCl1
22 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Preliminary grid screening was performed on Glacios.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 41.73 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 30164 / 詳細: Images were colleted in EER format
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
7UCSF ChimeraX1.6.1モデルフィッティング
9cryoSPARCv4.3.1初期オイラー角割当
10cryoSPARCv4.3.1最終オイラー角割当
11cryoSPARCv4.3.1分類
12cryoSPARCv4.3.1３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 7144222 / 詳細: Topaz picking is performed with user-trained model
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268233 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 71.2 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correction coefficient / 詳細: refinement is done in Phenix
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

IDAccession codeChain-IDChain residue rangeInitial refinement model-ID
1AF-Q9BV90-F1B1-1321
2AF-Q16560-F1C1-2462
3AF-Q8N8D1-F1D1-4853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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