[日本語] English
万見
- PDB-9g93: CryoET structure of the in vitro grown Bacillus anthracis Sap S-layer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g93
タイトルCryoET structure of the in vitro grown Bacillus anthracis Sap S-layer
要素S-layer protein sap
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / S-layer / exoskeleton / surface array
機能・相同性
機能・相同性情報


S-layer / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SbsA, Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain / : / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2
類似検索 - ドメイン・相同性
S-layer protein sap
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. '34F2 '
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Sogues, A. / Leigh, K. / Van der Verren, S. / Kudryashev, M. / Pak, A. / Halingstad, E.V. / Cecil, A.J. / Fioravanti, A. / Remaut, H.
資金援助 ベルギー, European Union, ドイツ, 米国, 6件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G065220N ベルギー
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF-709-2021European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionEuropean Union
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Research Foundation (DFG) ドイツ
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI168838 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Architecture of the Sap S-layer of revealed by integrative structural biology.
著者: Adrià Sogues / Kendra Leigh / Ethan V Halingstad / Sander E Van der Verren / Adam J Cecil / Antonella Fioravanti / Alexander J Pak / Misha Kudryashev / Han Remaut /
要旨: is a spore-forming gram-positive bacterium responsible for anthrax, an infectious disease with a high mortality rate and a target of concern due to bioterrorism and long-term site contamination. The ... is a spore-forming gram-positive bacterium responsible for anthrax, an infectious disease with a high mortality rate and a target of concern due to bioterrorism and long-term site contamination. The entire surface of vegetative cells in exponential or stationary growth phase is covered in proteinaceous arrays called S-layers, composed of Sap or EA1 protein, respectively. The Sap S-layer represents an important virulence factor and cell envelope support structure whose paracrystalline nature is essential for its function. However, the spatial organization of Sap in its lattice state remains elusive. Here, we employed cryoelectron tomography and subtomogram averaging to obtain a map of the Sap S-layer from tubular polymers that revealed a conformational switch between the postassembly protomers and the previously available X-ray structure of the condensed monomers. To build and validate an atomic model of the lattice within this map, we used a combination of molecular dynamics simulations, X-ray crystallography, cross-linking mass spectrometry, and biophysics in an integrative structural biology approach. The Sap lattice model produced recapitulates a close-to-physiological arrangement, reveals high-resolution details of lattice contacts, and sheds light on the mechanisms underlying the stability of the Sap layer.
履歴
登録2024年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-layer protein sap
B: S-layer protein sap
C: S-layer protein sap
D: S-layer protein sap
E: S-layer protein sap
F: S-layer protein sap
G: S-layer protein sap
I: S-layer protein sap
J: S-layer protein sap
L: S-layer protein sap
K: S-layer protein sap


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)954,08111
ポリマ－954,08111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"
d_1ens_2chain "I"
d_2ens_2chain "K"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 214 - 808 / Label seq-ID: 213 - 808

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1ens_1AA
d_2ens_1BB
d_3ens_1CC
d_4ens_1DD
d_5ens_1EE
d_6ens_1FF
d_1ens_2IH
d_2ens_2KK

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999811114072, 0.00349949816808, -0.0191177846691), (-0.0013509197222, -0.993790078759, -0.111262996441), (-0.0193884293843, -0.111216153834, 0.993607093338)339.116273074, 323.437870543, 21.8256266045
2given(0.999777459454, -0.0152069831604, 0.0146211911407), (0.010545103424, 0.960535177583, 0.2779585822), (-0.0182710799076, -0.277742543172, 0.960481778771)-27.6523115373, 70.4225190227, 43.0140992281
3given(-0.99972249711, -0.023428769534, 0.00245388071331), (0.0234731009929, -0.981965707902, 0.187596274042), (-0.00198552315821, 0.187601815723, 0.982243155453)312.991466318, 382.105886076, -35.5991677662
4given(0.999774417498, -0.0210316507328, 0.00296374494357), (0.0210548846388, 0.96303490929, -0.268552518741), (0.0027939129347, 0.2685543393, 0.963260484445)32.1728300775, -65.4428347802, -56.4560632884
5given(-0.999457100306, 0.0145845663362, -0.0295431053229), (-0.00265605908595, -0.929434067879, -0.368978669867), (-0.0328397624454, -0.368699883227, 0.928968215878)367.192369469, 246.583192684, 53.286627324
6given(-0.999892242554, -0.00468376737941, -0.0139127856039), (0.00599645975558, -0.995376615865, -0.0958615410845), (-0.0133994682926, -0.0959346387486, 0.995297442646)340.45452784, 320.991265875, 16.7180504112

-
要素

#1: タンパク質
S-layer protein sap / Surface array protein / Surface layer protein


分子量: 86734.656 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. '34F2 (NMRC)' (炭疽菌)
株: 34F2 / 遺伝子: sap, BA_0885, GBAA_0885, BAS0841 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P49051
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

-
試料調製

構成要素名称: in vitro S-layer of the Sap assembly domain / タイプ: COMPLEX
詳細: 2D S-layer array of a fragment of the Sap protein lacking the SLH cell wall attachment domain, and corresponding to the S-layer assembly domain
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus anthracis str. '34F2 (NMRC)' (炭疽菌)
株: 34F2 / Organelle: S-layer
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM HEPES, pH 8 and 100 mM NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 3.8 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 156 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Dynamo1.1.401volume selection
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
5NOVACTFCTF補正
12Dynamo1.1.478最終オイラー角割当
14Dynamo1.1.478３次元再構成
15RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10126
詳細: Final half map reconstruction was done in Dynamo and resolution was estimated using RELION 3.1 postprocessing
対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 12 / Num. of volumes extracted: 117502
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 50 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008737499
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.019650710
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06336358
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00546413
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.62213900
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0184177461378
ens_1d_3AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00978801393067
ens_1d_4AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.709814636951
ens_1d_5AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0147667351003
ens_1d_6AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.016403399054
ens_2d_2HIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0866346816967

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る