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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9g2u | ||||||
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タイトル | Endophilin B1 dimer bound to nanodisc center | ||||||
![]() | Endophilin-B1 | ||||||
![]() | APOPTOSIS / BAR / N-BAR / endophilin / membrane / curvature / cardiolipin / MSP2N2 / nanodisc / peripheral membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of membrane tubulation / autophagic cell death / protein localization to vacuolar membrane / positive regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / membrane fission / membrane organization / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / autophagosome membrane / regulation of macroautophagy ...positive regulation of membrane tubulation / autophagic cell death / protein localization to vacuolar membrane / positive regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / membrane fission / membrane organization / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / autophagosome membrane / regulation of macroautophagy / positive regulation of autophagy / cellular response to glucose starvation / cellular response to amino acid starvation / regulation of cytokinesis / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of protein stability / autophagy / midbody / cytoplasmic vesicle / mitochondrial outer membrane / cadherin binding / Golgi membrane / lipid binding / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | ||||||
![]() | Thorlacius, A. / Sundborger-Lunna, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Endophilin B1 dimers bound to nanodiscs 著者: Thorlacius, A. / Sundborger-Lunna, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 50984MC ![]() 9g2rC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40843.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Endophilin B1 dimers bound to a nanodisc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, pH 7.4 |
試料 | 濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 5026978 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 273120 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: Alphafold model was processed in PHENIX, docked into the density map using UCSF Chimera, refined using all-chain refinement in coot followed by real-space refinement with Servalcat. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: AF-Q9Y371-F1-model_v4 / Chain residue range: 11-252 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |