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万見
- PDB-9g15: Crystal structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MAR) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g15
タイトルCrystal structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MAR) in the O* state, pH 8.8
要素Bacteriorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mac / MacR / MAR / proteorhodopsin / PR / xanthorodopsin / XR / xanthorhodopsin
機能・相同性Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / EICOSANE / OLEIC ACID / RETINAL / Bacteriorhodopsin
機能・相同性情報
生物種Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア)
marine Actinobacteria clade (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bukhdruker, S. / Kovalev, K. / Astashkin, R. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Proteorhodopsin insights into the molecular mechanism of vectorial proton transport.
著者: Bukhdruker, S. / Gushchin, I. / Shevchenko, V. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Tsybrov, F. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Mikhaylov, A. / Bukhalovich, S. / Bratanov, D. / Ryzhykau, Y. / ...著者: Bukhdruker, S. / Gushchin, I. / Shevchenko, V. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Tsybrov, F. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Mikhaylov, A. / Bukhalovich, S. / Bratanov, D. / Ryzhykau, Y. / Kuklina, D. / Caramello, N. / Rokitskaya, T. / Antonenko, Y. / Rulev, M. / Stoev, C. / Zabelskii, D. / Round, E. / Rogachev, A. / Borshchevskiy, V. / Ghai, R. / Bourenkov, G. / Zeghouf, M. / Cherfils, J. / Engelhard, M. / Chizhov, I. / Rodriguez-Valera, F. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2024年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_keywords.text
改定 1.22025年7月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,51716
ポリマ－24,2771
非ポリマー4,24015
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.528, 40.427, 60.663
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.100, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin


分子量: 24277.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S5DM51
#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H28O
由来: (組換発現) marine Actinobacteria clade (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.8 / 詳細: 2.1 M Ammonium Phosphate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.58 Å / Num. obs: 10310 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.24 Å2 / CC1/2: 0.901 / Rpim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
2-2.153.31.65160.1190.8355.2
6.35-49.58314.25140.9970.03493.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
STARANISO2.3.94データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→49.58 Å / SU ML: 0.2741 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.239
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 1019 9.91 %
Rwork0.2192 9259 -
obs0.2234 10278 62.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 137 117 1950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00242107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49872840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0353300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1907808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10.2818300.2448266X-RAY DIFFRACTION12.64
2.11-2.240.2814630.2233677X-RAY DIFFRACTION31.91
2.24-2.410.27841280.24491078X-RAY DIFFRACTION51.38
2.41-2.650.28731680.23471606X-RAY DIFFRACTION75.71
2.65-3.040.27221890.21711662X-RAY DIFFRACTION78.7
3.04-3.820.26482170.20281907X-RAY DIFFRACTION89.24
3.83-49.580.24242240.22052063X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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