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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7avp | ||||||||||||
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タイトル | Structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MacR) in violet form | ||||||||||||
要素 | Bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / retinal (レチナール) / rhodopsin (ロドプシン) / bacteriorhodopsin (バクテリオロドプシン) / proton pump (プロトンポンプ) / ion transport | ||||||||||||
機能・相同性 | Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / 生体膜 / エイコサン / バクテリオロドプシン 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gushchin, I. / Polovinkin, V. / Kovalev, K. / Shevchenko, V. / Gordeliy, V. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Alternating Access Mechanism in a Minimalistic Light-Driven Proton Pump 著者: Shevchenko, V. / Gushchin, I. / Polovinkin, V. / Kovalev, K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7avp.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7avp.ent.gz | 91.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7avp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7avp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7avp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7avnC 7avoC 5jsiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24544.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S5DM51 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-LFA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 10% PEG 6000 140 mM NaCl 0.1M NaAcetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97242 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.076→59.241 Å / Num. obs: 71975 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 13.74 |
反射 シェル | 解像度: 1.076→1.181 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 3599 / CC1/2: 0.7472 / Rpim(I) all: 0.364 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JSI 解像度: 1.09→59.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.218 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 209.44 Å2 / Biso mean: 20.871 Å2 / Biso min: 9.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.09→59.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.09→1.117 Å / Rfactor Rfree error: 0
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