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- PDB-9fz5: Cryo-EM structure of LptDE-YedD complex from Escherichia Coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fz5
タイトルCryo-EM structure of LptDE-YedD complex from Escherichia Coli
要素
  • LPS-assembly lipoprotein LptE
  • LPS-assembly protein LptD
  • Uncharacterized lipoprotein YedD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein / lipopolysaccharide transport (Lpt) complex / Lipid binding complex / LptDE Translocon / Lipocalin YedD.
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
YedD-like protein / YedD-like superfamily / YedD-like protein / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal ...YedD-like protein / YedD-like superfamily / YedD-like protein / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
LPS-assembly lipoprotein LptE / Uncharacterized lipoprotein YedD / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Nguyen, V.S. / Remaut, H. / Collet, J.F. / Gennaris, A. / Thouvenel, L.
資金援助 ベルギー, 4件
組織認可番号国
Fonds de la Recherche Scientifique (FNRS)WELBIO-CR-2015A-03 ベルギー
Fonds de la Recherche Scientifique (FNRS)WELBIO-CR-2019C-03 ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)12ZM421N ベルギー
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Optimal functioning of the Lpt bridge depends on a ternary complex between the lipocalin YedD and the LptDE translocon.
著者: Alexandra Gennaris / Van Son Nguyen / Laurie Thouvenel / Naemi Csoma / Didier Vertommen / Bogdan Iuliu Iorga / Han Remaut / Jean-François Collet /
要旨: The outer membrane is an efficient permeability barrier that protects gram-negative bacteria against external assaults, including many antibiotics. The unique permeability features of the outer ...The outer membrane is an efficient permeability barrier that protects gram-negative bacteria against external assaults, including many antibiotics. The unique permeability features of the outer membrane are due to the presence of lipopolysaccharide (LPS) molecules in its outer leaflet. LPS transport relies on the essential lipopolysaccharide transport (Lpt) pathway, which forms a bridge from the inner to the outer membrane. The LptDE translocon inserts LPS into the outer leaflet. Here, we identify the lipocalin YedD as a component of the translocon. Cryoelectron microscopy of the YedD-LptDE complex reveals that YedD binds LptD at a critical interface between its β-barrel and periplasmic β-taco domain. The YedD-LptDE complex is functionally relevant: under conditions where the connectivity of the β-taco and Lpt bridge is compromised, the absence of YedD decreases cell viability and causes LPS accumulation in the inner membrane. Our findings establish YedD as an Lpt component required for optimal LPS transport.
履歴
登録2024年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: Uncharacterized lipoprotein YedD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8043
ポリマ－116,8043
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 LPS-assembly protein LptD / Organic solvent tolerance protein


分子量: 87078.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: lptD, imp, ostA, yabG, b0054, JW0053 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31554
#2: タンパク質 LPS-assembly lipoprotein LptE / Rare lipoprotein B


分子量: 16726.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: lptE, rlpB, b0641, JW0636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADC1
#3: タンパク質 Uncharacterized lipoprotein YedD


分子量: 12999.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: yedD, b1928, JW1913 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31063
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LPS-assembly complex LptDE with lipoprotein YedD / タイプ: COMPLEX
詳細: The LptDE-YedD complex was purified from over-expression of the three components in E. coli. Strep-tag was on the C-terminal of LptE while his-tag was on the C-terminal of YedD. Double pull ...詳細: The LptDE-YedD complex was purified from over-expression of the three components in E. coli. Strep-tag was on the C-terminal of LptE while his-tag was on the C-terminal of YedD. Double pull was done using 1, streptactin and 2, Ni-NTA.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.12 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMtrisaminomethaneTris1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
3400 mMImidazolImidazole1
40.03 %n-Dodecyl-Beta-MaltosideDDM1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 詳細: Blot 3-4 seconds

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.55 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13332

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO1.8.4粒子像選択use a trained model
4RELION3.1CTF補正Particle extraction, 3D classification, and 3D reconstruction
5MotionCorr21.3CTF補正Motion correction
6CTFFIND4CTF補正CTF estimation
7PHENIXCTF補正Refinement, Auto_sharpen, geometry optimisation
8Coot0.8.9CTF補正Model building and editing
9UCSF Chimera1.15CTF補正Map manipulation and display
10PyMOL2.2CTF補正Display
11SerialEMCTF補正Image acquisition
12cryoSPARCCTF補正2D and 3D classification and refinement
15Coot0.8.9モデルフィッティング
20cryoSPARC4.4.1３次元再構成Non-uniform refinement
27PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56171 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 78.86 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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