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- PDB-9fvd: Cryo-EM structure of single-layered nucleoprotein-RNA helical ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fvd
タイトルCryo-EM structure of single-layered nucleoprotein-RNA helical assembly from Marburg virus, trimeric repeat unit
要素
  • Nucleoprotein
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Marburg virus - Musoke (ウイルス)
Kenya
1980
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zinzula, L. / Beck, F. / Camasta, M. / Bohn, S. / Liu, C. / Morado, D. / Bracher, A. / Plitzko, J.M. / Baumeister, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of single-layered nucleoprotein-RNA complex from Marburg virus
著者: Zinzula, L. / Beck, F. / Camasta, M. / Bohn, S. / Liu, C. / Morado, D. / Bracher, A. / Plitzko, J.M. / Baumeister, W.
履歴
登録2024年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nucleoprotein
A: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
S: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
R: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
Q: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
U: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,5698
ポリマ－177,5698
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 49495.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27588
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 5816.651 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helical assembly of nucleoprotein-RNA complex from Marburg virus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisC4H11NO31
2150 mMNaClNaCl1
試料濃度: 1.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 5518

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.7.6粒子像選択
4CTFFIND4.1.14CTF補正
9RELION4初期オイラー角割当
10RELION4最終オイラー角割当
12RELION4３次元再構成
13PHENIX1.19.2-4158_1309モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 14.732 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.86924 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 67385
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12135 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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