PDB-9ftn: Crystal Structure of Autotaxin (ENPP2) with Type VI Inhibitor, a ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ftn

タイトル

Crystal Structure of Autotaxin (ENPP2) with Type VI Inhibitor, a Novel Class of Inhibitors with Three-Point Lock Binding Mode

要素

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

キーワード

HYDROLASE / Type VI / Inhibitor / Complex / Ectonucleotide Pyrophosphatase/Phosphodiesterase 2 / lysophospholipase D (lysoPLD) / lysophosphatidic acid (LPA)

機能・相同性

機能・相同性情報

response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Borza, R. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Implications of Autotaxin inhibitors with a Three-Point lock binding mode.
著者: Desroy, N. / Borza, R. / Heiermann, J. / Triballeau, N. / Joncour, A. / Bienvenu, N. / Hengeveld, W.J. / Springer, J. / Galien, R. / Joosten, R.P. / Perrakis, A. / Heckmann, B.

履歴

登録	2024年6月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9ftn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ftn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ftn_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ftn_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9ftn_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	9ftn_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9fxuC 9fxwC 9fxyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

ヘテロ分子

95.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.935, 63.558, 70.599
Angle α, β, γ (deg.)	98.991, 105.207, 99.647
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD

分子量: 92875.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 140分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物	ChemComp-A1IG5 / 3-(3-((4-(4-fluorophenyl)thiazol-2-yl)(methyl)amino)-6-(1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl)imidazo[1,2-b]pyridazin-2-yl)-N-(2-oxo-2,3-dihydrobenzo[d]oxazol-6-yl)propenamide / 3-[3-[[4-(4-fluorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]-methyl-amino]-6-(1-methylsulfonylpiperidin-4-yl)imidazo[1,2-b]pyridazin-2-yl]-N-(2-oxidanylidene-3H-1,3-benzoxazol-6-yl)propanamide 分子量: 690.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₁FN₈O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% PEG 3350, 0.1 to 0.4 M NaSCN, and 0.1 to 0.4 M NH4I.

結晶

マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→47.78 Å / Num. obs: 18732 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.965 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.13 / R_rim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 3.1
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 3033 / CC_1/2: 0.603 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless	1.12.15	データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築
MolProbity	4.5.2	モデル構築
XDS		データ削減
PDB-REDO		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→44.166 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.843 / SU B: 57.94 / SU ML: 0.491 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.491 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2681	964	5.147 %	RANDOM
R_work	0.2066	17766	-	-
all	0.21	-	-	-
obs	-	18730	96.846 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.382 Å²	4.93 Å²	-0.435 Å²
2-	-	-0.862 Å²	2.522 Å²
3-	-	-	2.759 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.166 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6287	0	137	127	6551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.016	6784
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.865	1.784	9224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.333	1.565	14015
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.7	5.291	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.151	10	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.367	10	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.731	10	313
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.042	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	6286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	3271
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.126	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.993	2.232	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.983	2.228	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.752	4.007	3881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.752	4.008	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.943	2.336	3666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.943	2.338	3667
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.57	4.265	5342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.57	4.266	5343
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.741	26.788	28709
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.728	26.781	28688

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.9-2.975	0.411	64	0.311	1328	0.315	1435	0.891	0.945	97.0035	0.308
2.975-3.056	0.324	63	0.313	1289	0.313	1398	0.936	0.943	96.7096	0.31
3.056-3.144	0.337	60	0.296	1221	0.298	1326	0.928	0.953	96.6063	0.288
3.144-3.241	0.332	75	0.272	1194	0.276	1317	0.935	0.961	96.3554	0.263
3.241-3.346	0.326	75	0.24	1197	0.245	1319	0.95	0.97	96.4367	0.233
3.346-3.463	0.281	58	0.234	1087	0.237	1191	0.95	0.97	96.1377	0.223
3.463-3.593	0.321	55	0.23	1076	0.235	1186	0.942	0.973	95.3626	0.215
3.593-3.739	0.28	67	0.219	1028	0.223	1148	0.958	0.975	95.3833	0.206
3.739-3.903	0.249	60	0.195	1000	0.198	1091	0.966	0.981	97.1586	0.185
3.903-4.092	0.237	51	0.178	987	0.181	1059	0.964	0.983	98.017	0.171
4.092-4.312	0.17	48	0.157	932	0.157	1000	0.981	0.987	98	0.151
4.312-4.571	0.219	40	0.147	860	0.15	928	0.967	0.988	96.9828	0.146
4.571-4.882	0.247	40	0.145	835	0.15	894	0.974	0.988	97.8747	0.145
4.882-5.268	0.241	36	0.153	764	0.157	821	0.963	0.989	97.4421	0.15
5.268-5.763	0.233	46	0.196	693	0.198	758	0.971	0.981	97.4934	0.192
5.763-6.429	0.297	41	0.202	641	0.208	697	0.946	0.977	97.8479	0.205
6.429-7.398	0.29	24	0.197	551	0.201	598	0.95	0.978	96.1538	0.199
7.398-8.998	0.206	25	0.16	503	0.162	535	0.977	0.985	98.6916	0.166
8.998-12.469	0.163	24	0.151	367	0.152	399	0.981	0.987	97.995	0.159
12.469-44.166	0.313	12	0.235	212	0.238	235	0.957	0.96	95.3192	0.261

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.5439 Å / Origin y: 0.4988 Å / Origin z: -0.2817 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5619 Å²	-0.3575 Å²	0.1457 Å²	-	0.2371 Å²	-0.0925 Å²	-	-	0.0442 Å²
L	0.8844 °²	0.3494 °²	-0.6077 °²	-	0.4747 °²	-0.3843 °²	-	-	1.1911 °²
S	0.0398 Å °	0.0562 Å °	0.0282 Å °	0.0147 Å °	0.0338 Å °	0.0414 Å °	0.0003 Å °	-0.0248 Å °	-0.0736 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	56 - 859
2	X-RAY DIFFRACTION	1		B	1 - 5

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関連情報:EMDBヘッダ

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