[日本語] English
万見
- PDB-9fn9: Icosahedral Encapsulin with a closed pore state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fn9
タイトルIcosahedral Encapsulin with a closed pore state
要素29 kDa antigen Cfp29
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Nanocompartment
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Capper, M.J. / Kohhnke, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101002326European Union
引用ジャーナル: RSC Chem Biol / 年: 2024
タイトル: A nanoengineered tandem nitroreductase: designing a robust prodrug-activating nanoreactor.
著者: Mariia Zmyslia / Michael J Capper / Michael Grimmeisen / Kerstin Sartory / Benedikt Deuringer / Mohamed Abdelsalam / Kaiwei Shen / Manfred Jung / Wolfgang Sippl / Hans-Georg Koch / Laurine ...著者: Mariia Zmyslia / Michael J Capper / Michael Grimmeisen / Kerstin Sartory / Benedikt Deuringer / Mohamed Abdelsalam / Kaiwei Shen / Manfred Jung / Wolfgang Sippl / Hans-Georg Koch / Laurine Kaul / Regine Süss / Jesko Köhnke / Claudia Jessen-Trefzer /
要旨: Nitroreductases are important enzymes for a variety of applications, including cancer therapy and bioremediation. They often require encapsulation to improve stability and activity. We focus on ...Nitroreductases are important enzymes for a variety of applications, including cancer therapy and bioremediation. They often require encapsulation to improve stability and activity. We focus on genetically encoded encapsulation of nitroreductases within protein capsids, like encapsulins. Our study showcases the encapsulation of nitroreductase NfsB as functional dimers within encapsulins, which enhances protein activity and stability in diverse conditions. Mutations within the pore region are beneficial for activity of the encapsulated enzyme, potentially by increasing diffusion rates. Cryogenic electron microscopy reveals the overall architecture of the encapsulated dimeric NfsB within the nanoreactor environment and identifies multiple pore states in the shell. These findings highlight the potential of encapsulins as versatile tools for enhancing enzyme performance across various fields.
履歴
登録2024年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 29 kDa antigen Cfp29
AA: 29 kDa antigen Cfp29
AB: 29 kDa antigen Cfp29
B: 29 kDa antigen Cfp29
BA: 29 kDa antigen Cfp29
BB: 29 kDa antigen Cfp29
C: 29 kDa antigen Cfp29
CA: 29 kDa antigen Cfp29
CB: 29 kDa antigen Cfp29
D: 29 kDa antigen Cfp29
DA: 29 kDa antigen Cfp29
DB: 29 kDa antigen Cfp29
E: 29 kDa antigen Cfp29
EA: 29 kDa antigen Cfp29
EB: 29 kDa antigen Cfp29
F: 29 kDa antigen Cfp29
FA: 29 kDa antigen Cfp29
FB: 29 kDa antigen Cfp29
G: 29 kDa antigen Cfp29
GA: 29 kDa antigen Cfp29
GB: 29 kDa antigen Cfp29
H: 29 kDa antigen Cfp29
HA: 29 kDa antigen Cfp29
HB: 29 kDa antigen Cfp29
I: 29 kDa antigen Cfp29
IA: 29 kDa antigen Cfp29
IB: 29 kDa antigen Cfp29
J: 29 kDa antigen Cfp29
JA: 29 kDa antigen Cfp29
K: 29 kDa antigen Cfp29
KA: 29 kDa antigen Cfp29
L: 29 kDa antigen Cfp29
LA: 29 kDa antigen Cfp29
M: 29 kDa antigen Cfp29
MA: 29 kDa antigen Cfp29
N: 29 kDa antigen Cfp29
NA: 29 kDa antigen Cfp29
O: 29 kDa antigen Cfp29
OA: 29 kDa antigen Cfp29
P: 29 kDa antigen Cfp29
PA: 29 kDa antigen Cfp29
Q: 29 kDa antigen Cfp29
QA: 29 kDa antigen Cfp29
R: 29 kDa antigen Cfp29
RA: 29 kDa antigen Cfp29
S: 29 kDa antigen Cfp29
SA: 29 kDa antigen Cfp29
T: 29 kDa antigen Cfp29
TA: 29 kDa antigen Cfp29
UA: 29 kDa antigen Cfp29
V: 29 kDa antigen Cfp29
VA: 29 kDa antigen Cfp29
W: 29 kDa antigen Cfp29
WA: 29 kDa antigen Cfp29
X: 29 kDa antigen Cfp29
XA: 29 kDa antigen Cfp29
Y: 29 kDa antigen Cfp29
YA: 29 kDa antigen Cfp29
Z: 29 kDa antigen Cfp29
ZA: 29 kDa antigen Cfp29


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,802,73560
ポリマ－1,802,73560
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 ...
29 kDa antigen Cfp29


分子量: 30045.578 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_5830 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R4H0
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of encapsulin shell containing engineered tandem dimer NfsB
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
2100 mMNaCl1
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 281 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 80000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter

-
解析

EMソフトウェア名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 308711 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る