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万見
- PDB-9fly: CryoEM structure of the base (4151-5009) in the grappling hook pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fly
タイトルCryoEM structure of the base (4151-5009) in the grappling hook protein A (GhpA) in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
要素The grappling hook protein A in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
キーワードCELL ADHESION / ixotrophy / type 9 secretion system / cryoEM / surface protein / predation
生物種Aureispira sp. CCB-QB1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Lien, Y.-W. / Amendola, D. / Lee, K.S. / Bartlau, N. / Xu, J. / Furusawa, G. / Polz, M.F. / Stocker, R. / Weiss, G.L. / Pilhofer, M.
資金援助 スイス, European Union, 米国, 6件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_212592 スイス
European Research Council (ERC)679209European Union
European Research Council (ERC)101000232European Union
Swiss National Science Foundation315230_176189 スイス
Simons Foundation572792 米国
Simons Foundation542395 米国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Mechanism of bacterial predation via ixotrophy.
著者: Yun-Wei Lien / Davide Amendola / Kang Soo Lee / Nina Bartlau / Jingwei Xu / Go Furusawa / Martin F Polz / Roman Stocker / Gregor L Weiss / Martin Pilhofer /
要旨: Ixotrophy is a contact-dependent predatory strategy of filamentous bacteria in aquatic environments for which the molecular mechanism remains unknown. We show that predator-prey contact can be ...Ixotrophy is a contact-dependent predatory strategy of filamentous bacteria in aquatic environments for which the molecular mechanism remains unknown. We show that predator-prey contact can be established by gliding motility or extracellular assemblages we call "grappling hooks." Cryo-electron microscopy identified the grappling hooks as heptamers of a type IX secretion system substrate. After close predator-prey contact is established, cryo-electron tomography and functional assays showed that puncturing by a type VI secretion system mediated killing. Single-cell analyses with stable isotope-labeled prey revealed that prey components are taken up by the attacker. Depending on nutrient availability, insertion sequence elements toggle the activity of ixotrophy. A marine metagenomic time series shows coupled dynamics of ixotrophic bacteria and prey. We found that the mechanism of ixotrophy involves multiple cellular machineries, is conserved, and may shape microbial populations in the environment.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Mechanism of bacterial predation via ixotrophy
著者: Lien, Y.W. / Amendola, D. / Lee, K.S. / Bartlau, N. / Xu, J. / Furusawa, G. / Polz, M.F. / Stocker, R. / Weiss, G.L. / Pilhofer, M.
履歴
登録2024年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: The grappling hook protein A in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
B: The grappling hook protein A in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
C: The grappling hook protein A in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
D: The grappling hook protein A in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
E: The grappling hook protein A in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
F: The grappling hook protein A in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
G: The grappling hook protein A in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,270,8017
ポリマ－4,270,8017
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
The grappling hook protein A in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1


分子量: 610114.375 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
詳細: The structure covers the amino acid residues 4151-5009 in the GhpA protein.
由来: (天然) Aureispira sp. CCB-QB1 (バクテリア)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Crude purification of the grappling hooks from the surface of the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Aureispira sp. CCB-QB1 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30181 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01844373
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.56261432
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.3746216
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0757763
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0117980

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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