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- EMDB-50533: Cryo-electron tomogram of cryoFIB-milled Aureispira sp. CCB-QB1 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50533
タイトルCryo-electron tomogram of cryoFIB-milled Aureispira sp. CCB-QB1 mixed with Vibrio campbellii
マップデータ
試料
  • 細胞: Aureispira sp. CCB-QB1
キーワードType 6 secretion system / grappling hook / bacterial predation / CONTRACTILE PROTEIN
生物種Aureispira sp. (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Lien Y-W / Amendola D / Lee KS / Bartlau N / Xu J / Furusawa G / Polz MF / Stocker R / Weiss GL / Pilhofer M
資金援助 スイス, European Union, 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_212592 スイス
European Research Council (ERC)679209European Union
European Research Council (ERC)101000232European Union
Simons Foundation542395 米国
Swiss National Science Foundation315230_176189 スイス
Simons Foundation572792 米国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Mechanism of bacterial predation via ixotrophy.
著者: Yun-Wei Lien / Davide Amendola / Kang Soo Lee / Nina Bartlau / Jingwei Xu / Go Furusawa / Martin F Polz / Roman Stocker / Gregor L Weiss / Martin Pilhofer /
要旨: Ixotrophy is a contact-dependent predatory strategy of filamentous bacteria in aquatic environments for which the molecular mechanism remains unknown. We show that predator-prey contact can be ...Ixotrophy is a contact-dependent predatory strategy of filamentous bacteria in aquatic environments for which the molecular mechanism remains unknown. We show that predator-prey contact can be established by gliding motility or extracellular assemblages we call "grappling hooks." Cryo-electron microscopy identified the grappling hooks as heptamers of a type IX secretion system substrate. After close predator-prey contact is established, cryo-electron tomography and functional assays showed that puncturing by a type VI secretion system mediated killing. Single-cell analyses with stable isotope-labeled prey revealed that prey components are taken up by the attacker. Depending on nutrient availability, insertion sequence elements toggle the activity of ixotrophy. A marine metagenomic time series shows coupled dynamics of ixotrophic bacteria and prey. We found that the mechanism of ixotrophy involves multiple cellular machineries, is conserved, and may shape microbial populations in the environment.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Mechanism of bacterial predation via ixotrophy
著者: Lien YW / Amendola D / Lee KS / Bartlau N / Xu J / Furusawa G / Polz MF / Stocker R / Weiss GL / Pilhofer M
履歴
登録2024年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50533.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 5528. Å		13.82 Å/pix.
x 928 pix.
= 12824.96 Å		13.82 Å/pix.
x 960 pix.
= 13267.199 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-405.346000000000004 - 176.682539999999989
平均 (標準偏差)-0.000000000725324 (±12.206647999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ928960400
Spacing960928400
セルA: 13267.199 Å / B: 12824.96 Å / C: 5528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Aureispira sp. CCB-QB1

全体名称: Aureispira sp. CCB-QB1 (バクテリア)
要素
  • 細胞: Aureispira sp. CCB-QB1

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超分子 #1: Aureispira sp. CCB-QB1

超分子名称: Aureispira sp. CCB-QB1 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Aureispira sp. (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 20 / 集束イオンビーム - 時間: 900 / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 3000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam 550. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 2.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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