[日本語] English
万見
- EMDB-50538: CryoEM structure of the fragment-3 (2061-2397) in the grappling h... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50538
タイトルCryoEM structure of the fragment-3 (2061-2397) in the grappling hook protein A (GhpA) in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
マップデータ
試料
  • 複合体: Crude purification of the grappling hooks from the surface of the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1.
    • タンパク質・ペプチド: The grappling hook protein A (GhpA) in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
キーワードixotrophy / type 9 secretion system / cryoEM / surface protein / predation / CELL ADHESION
生物種Aureispira sp. CCB-QB1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lien Y-W / Amendola D / Lee KS / Bartlau N / Xu J / Furusawa G / Polz MF / Stocker R / Weiss GL / Pilhofer M
資金援助 スイス, European Union, 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_212592 スイス
European Research Council (ERC)679209European Union
European Research Council (ERC)101000232European Union
Swiss National Science Foundation315230_176189 スイス
Simons Foundation572792 米国
Simons Foundation542395 米国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Mechanism of bacterial predation via ixotrophy.
著者: Yun-Wei Lien / Davide Amendola / Kang Soo Lee / Nina Bartlau / Jingwei Xu / Go Furusawa / Martin F Polz / Roman Stocker / Gregor L Weiss / Martin Pilhofer /
要旨: Ixotrophy is a contact-dependent predatory strategy of filamentous bacteria in aquatic environments for which the molecular mechanism remains unknown. We show that predator-prey contact can be ...Ixotrophy is a contact-dependent predatory strategy of filamentous bacteria in aquatic environments for which the molecular mechanism remains unknown. We show that predator-prey contact can be established by gliding motility or extracellular assemblages we call "grappling hooks." Cryo-electron microscopy identified the grappling hooks as heptamers of a type IX secretion system substrate. After close predator-prey contact is established, cryo-electron tomography and functional assays showed that puncturing by a type VI secretion system mediated killing. Single-cell analyses with stable isotope-labeled prey revealed that prey components are taken up by the attacker. Depending on nutrient availability, insertion sequence elements toggle the activity of ixotrophy. A marine metagenomic time series shows coupled dynamics of ixotrophic bacteria and prey. We found that the mechanism of ixotrophy involves multiple cellular machineries, is conserved, and may shape microbial populations in the environment.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Mechanism of bacterial predation via ixotrophy
著者: Lien YW / Amendola D / Lee KS / Bartlau N / Xu J / Furusawa G / Polz MF / Stocker R / Weiss GL / Pilhofer M
履歴
登録2024年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_50538.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.5 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.5 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-6.3110456 - 9.081263999999999
平均 (標準偏差)-0.0003583382 (±0.1682615)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 319.50003 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_50538_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_50538_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50538_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Crude purification of the grappling hooks from the surface of the...

全体名称: Crude purification of the grappling hooks from the surface of the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1.
要素
  • 複合体: Crude purification of the grappling hooks from the surface of the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1.
    • タンパク質・ペプチド: The grappling hook protein A (GhpA) in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1

-
超分子 #1: Crude purification of the grappling hooks from the surface of the...

超分子名称: Crude purification of the grappling hooks from the surface of the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aureispira sp. CCB-QB1 (バクテリア)

-
分子 #1: The grappling hook protein A (GhpA) in the bacterium Aureispira s...

分子名称: The grappling hook protein A (GhpA) in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The structure of the fragment-3 covers the amino acid residues 2061-2397 of the GhpA protein.
コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aureispira sp. CCB-QB1 (バクテリア)
分子量理論値: 610.114375 KDa
配列文字列: MQIQRHSFKW ILYGFLCWMT SFVQAQTPTL TNATPAEGFI GEQVCFPVTF VNTGAPGYGP YVRLIVPTGF TFDNASFGGS IQTVQNLGV IVSGAPNNFV IDPIAQSNNN STTSDTIFAP VGSTVILLEY PVGSMVQGGV SLISEVCMTV DPAATIGVPV D ICTQGVYE ...文字列:
MQIQRHSFKW ILYGFLCWMT SFVQAQTPTL TNATPAEGFI GEQVCFPVTF VNTGAPGYGP YVRLIVPTGF TFDNASFGGS IQTVQNLGV IVSGAPNNFV IDPIAQSNNN STTSDTIFAP VGSTVILLEY PVGSMVQGGV SLISEVCMTV DPAATIGVPV D ICTQGVYE FGDTPTGDNG PIAGANECEP IIPILFRFDK KVNGSDGVYN EVPGGGASLC HIHQYELNID IAAAGTLNGP IT ITDVLPG ELAYFGNISL PAGCSAVEPT VGGLGGTLTV TCNGSYPGST ANIDMQVTFD AAVSDTLDET ICDDTDINNG ATV NVPGNP SQSDTVVTHV EHVLLGHTNN TVSPVTIGQT VLYTIGAEIT EYTAGLTAAS ITFIVPDGMI YNPASLTWAG TPVA AGNVV IVPGPGTGST VTVDVHTQNG ANILPCASPS LQYTADVNQT YANGDPVLSR DRLTHSSTLT YDLVEGATGC TTSAG TPID VIDIFFQKTV NNSPPTGPGR NGQWWPGDVV QYRLELQIPS LDLDDVVITD FFPLPIHDVA SLAATFGTDV RFDPAT CWN TAPVTYTRDI PTNSLILDFG DVSDLVTGGC VDIVLLIDIP ITTLPFADGL FHSNFMQVNS DNSTADNITN SALTLIQ VG APDLELTKGI VSSDNPNVTI SPTVVPPDGN ATDVSAGDQL FFDITIENVG GAPGYDVQVR DVAPPELTNC ALVAPNPV V DGSNNALAFS GGFVGNTLTI DLVAPNDSIA FATAPNNNDL ITVSYVCEAV AGIQAGTRFD NTAEVDWSST RGGVKFPPV EDDANGRIAD PTMNKVVDYI FPNYSNTNTQ ASIGEVVAYE LQLNIPEGNM NNVTLVDQVD EGLAFVAVDS IVICNSSGST NIITSIGGG FPAVQSGATI TNLGANPQQQ DRVLTLDFGN LQNLDTDNIE DTIKVYYRTI VINHVTNFDG ERVRNRAVLS W DNPNTPGD RSSINDRAPF VTIVEPQLEI SKSFTPDEVL PGNNSFVTLT VRNPGTSSAP AFDVSLTDIL PTGMTFVSGF SA GGTASIT TPPTNGGGTI TAHWDTINVG EVYSITFEVQ ASSSITPCFT LTNCANLVWE SIAEADEPNM PTAFSSNLGV QRT GNPGNL GGAANTYTQD SCADLDVVID NTFDPFITAN TPLCEGDRVV LTVQQYQGNV VRYNWTGPGV PAGFNNYELV LDPV TTADT GTYFVYVELD GCITDTSNFF SLQLRPKPVT PNINPGDTTI CEGTSIQFST STIANDYTWT GPNGFTANSA TTPLI SPVT LADAGRYTLF TTNAQGCNSD PISSNLTVTP RPAQPSIASN TPICSNENII LTSSTSAITY QWMAPNGQDT ITTNNT LTL EPNNPLYTAG NWTLVVFDAN GCASQPSTAA NVIINGTPIA PMTSNSGPIC EGEDVTLMVN TVSSGTYAWY SDANLTN LV ASTQNPVISG LLASNSPDTF YVQVSSNGCL SDTGFTVVQV NPNPAAVSPG YTPLCSGDTI FLFANATANI YNWTGPNG F VSNLENPFIA NSAALNAGSY TVSITDANGC SNSGIVQVAV DERPVTPTIT GNGPVCEGDN IQLNIGSYTG TTVQYTWST PTGVVTTGVP SLNINNTTVA DSGLYSVVVA VDGCTSLADS INIVVRPNPI APNVPSNFSV CEGDGIALTT TTNANIYNWT GPNGFSSNS PNPTVISPAS SANAGTYTLV VQDFNGCTSP AASTVVTVNA APAQPSMTTN SPICNGADLV MSTSAAGNSY I WRAPNGAD TTTASSTLTI VPTSSLYQSG NWTLSVVNAA GCVSPASIAS AVEINSIPST ASAGNNGPVC TGTDASLSAG TV SGASYAW YTDAGTSNQF STLQNPTVNN LTNDSTFYLL VTVNGCPSAL DSTTVVVYPL TPSPSLPANF AVCEGDDIAL STS TVASSY DWSGPNGFTS NAQNPVVITN ATGSNAGVYT LSIVDGNGCS SADTSVQVTV NAAPTQPSMT TNSPICNGAD LVMS TSAVG NSYIWRAPNG ADTTTASSTL TIVPTSSLYQ SGNWTLSVVN AAGCVSPASI ASAVEINSIP STASAGNNGP VCTGT DASL SAGTVSGASY AWYTDAGTSN QFSTLQNPTV NNLTNDSTFY LLVTVNGCPS ALDSTTVVVY PLTPSPSLPA DFAVCE GDD IALSTSTVAS SYDWSGPNGF TSNAQNPVVI TNATGSNAGV YTLSIVDGNG CSSADTSVQV TVNAAPAQPS MTTNSPI CN GADLVMSTSA TGNSYIWRAP NGADTTTASS TLTIVPTSSL YQSGNWTLSV VNAAGCVSPA SIASAVEINS IPSTASAG N NGPVCTGTDA SLSAGTVSGA SYAWYTDAGT SNQFSTLQNP TVNNLTNDST FYLLVTVNGC PSALDSTTVV VYPLTPSPS LPADFAVCEG DDIALSTSTV ASSYDWSGPN GFTSNAQNPV VITNATGSNA GVYTLSIVDG NGCSSADTSV QVTVNAAPTQ PSMTTNSPI CNGADLVMST SAVGNSYIWR APNGADTTTA SSTLTIAPTS SLYQSGNWTL SVVNAAGCVS PASVASMVTI N NGTNPTAF NNGPVCRGDA VQLNTTTINN ALYEWYSDAA LTNLISTQQN PTVANITTDS TFYLVVTVNG CPSSAVATTV TL HPTPATP NIPANFVVCE GETIALSTST VASSYNWTGP NGFTSNLQNP AVIQPATTAD AGSYTLFIVD ANGCQSADTS VVV GVNRGP AAPVLTNNSA ICDGDTLLLS TTASADTFRW ISPNGIDTIT TVNSLMIVPT NGTYYQSGDW TLITQVANNC PSEP SAPSS VVINSSTAAP TAFNDGPVCV GGDVTLSTPS APGAFYQWYT DAALTNLVAT TASFTAINIT QDSTFYLVVT VNGCT SPAG STVVNVIGQP SAPNVPADFE VCEGDDIILG TTTIAASYSW TGPNGFTSNL QNPAAITNAS LIDSGIYRLV VTYSNG CVS ADTTVRVGVN SNPPVPNIVS NGPICFGDTL VLSSSTSCGQ SQWIGPNGNS QSTLGTPGGS NVLWTIGSTT SIPMNNA NY LPGNWYMICI DTVTGCRSES NTINVIINAN PDTPAVFNDG PVCEGGNSNL STATVSGASY AWYSDSSLTS LVSTAQNP M IVNISTDTTW YLVVTVNGCS SVAGSTTVIV HPTPVTPNVP ANFAVCEGDN ITLSTSTVAS SYNWSGPNGF TSNVQNPVV ITNATTSNAG VYTLSIIDGN GCESGDTAVT VTVDSIPATP VLSSNSAICF GDTLELSTTA LATSYEWIAP DGSRITTGTN ILSISSNNS LYQSGDWMLV TTNASGCTSM PSSVATVVIN ANPAQPAVFN DGPVCEGGNS NLSTATVSGA SYAWYSDSSL T SLVSTAQN PMIVNISTDT TWYLVVTVNG CSSVAGSTTV IVHPTPATPN VPANFAVCEG DNITLSTSTV ASSYNWSGPN GF TSNVQNP VVITNATTSN AGVYTLSIVD GNGCESGDTT VTVTVDSIPV TPVLSSNSAI CFGDTLELST TALATSYEWI APD GSRITT GTNILSISSN NSLYQSGDWM LVTTNASGCT SMPSSVATVV INANPAQPAV FNDGPVCEGG NSNLSTATVS GASY AWYSD SSLTSLVSTA QNPMIVNIST DTTWYLVVTV NGCSSVAGST TVIVYPTPAT PNVPANFAVC EGDNITLSTS TVASG YNWS GPNGFTSNVQ NPVVITNATA SNAGVYTLSI VDGNGCESGD TTVTVTVNGN PPVATITSNS PICFGDTLTL SSSTNC GQS QWIGPNGNSS GTLGTPGGNN VLWTIGSTTN IPSTDVNYLS GDWYMICIDT ITGCRSESNT ITIEINPIPV VSAFNNG PI CAGEDGELSA TFITGASYRW YSDATLTTLI STSRTPIISS MMSSETYYVV ATVNGCTSLA DSTTIVVNPT PVIPNPTY T PLCQLDTLFL QANAVGPIAT YWWTGPNGFT SHLENPVIPN IYPFNAGSYI LTVTDSLGCE AVSTVEVTIY PKPQTPTIA HNAPFCEGTN DLTLTTQAYF GTDVRYIWTL PNGNLDTTFV PSLVLPNATV QDTGAYSLVV WIDGCLSLPA EEIIRIYPTP ATPNVPADF AVCEGEAIVL TTTTNATSYF WTGPNGFQSN LQSPSVVNAT LVDAGSYHLY VTNTWGCQSL DTSVQVTVNA N PPIATITS NSPICFGDTL TLSSSTNCGQ SQWIGPNGNS TGTLGTPGGN NVLWTIGSTT NIPSTDSNYL SGDWYMICID TI TGCRSES NTITIDINPI PSTPAAFNNG PICIGGTAQL STTTVSGATY AWYADATLTT LVATNQNPTI SNITTDSTFY IVV TVNGCS SLAGSTTVST YPVPATPAVP ADFAVCEGDN IVLSTTTVAA GYNWTGPNGF TSNLQNPSVV SASLVDSGTY TLFI IDANG CPSGDTSVQV SVHPNPVQPV LSSNSAICDG DSLVLSTTAT ATTYRWVAPD GADTLTTVNT LVILPSNAFY QDGNW TLMT MDANGCQSIL SNPESVTIHS IPAAQAVFNN GPVCRGSSVN LSTSFISGAT YEWYADAALT ILVATSQNPT INNITT DST FYLVITVNGC TSAAGATTVV VHPTPTTPNV PSNITVCEGD AIVLTTTTNA SAYVWSGPNG FSSNQQSPTV INAATVV DS GKYSLYVIDA NGCRSEDTSL QVVVNPTPTT PLIVSNNTPI CEGSNIVLSA NAGAAGTTYE WFNASNVSVG TGQTLTIV G ATVADAGDYY VITTLNSCSS AASSTTTAIV DQVPSTAAFA GNDINLCNSF TTTLDATPPN SATGFWTTNS GATIANPNL ANSAVYNLPT GTSTFYWTLS NGACIDFSVD SMVVEVTPAS TDVADAGLDQ NLCGQTSATL TAANPSTATG QWTQSASQAG QGIVITNPT NPNTTVTGLQ QGNNYTFTWT LSNGNCTDYS TDMVQINVDV SPPDNAYAGV DILLCNQNTA NLDAFVSQYG T GMWTSTSS ATIIDPTLAN TTVINLPQDT SVFVWTLSNG TCQNYSTDSV LVVVSTTTDT AEAGNNQVVC SVNALTLGAT MP SSGFGTW SQTAAQAAQG VVIVDVNDPN TQVVGLNAGT TYAFTWTLSN GTCQDYSSDV TTISVNATPP DNAFAGNDIN LCG VATTTN LAASVPTVAM GLWTTTSSAT ISNPTQPNST VSGLSAGQNI FIWTLSNGTC QDYDSDTVIV TVTTPSSDVA DAGL DSAYC AQSVVTLNAV APSVGGGYWS QTPSQASLGA VIDNPTDTAT TVSNLMPGVT YTFTWTLTNG GCVDYSSDQV LITID VLPT NVAYAGEDTI LCGGNAVQLD GLAPPIGTGF WTTNDTATIV TPVDPNSLVV NIAEDTTTYY WTLSNGACVD YSVDSV TVI ISPASTDLAF AGYDEVLCGV DSIMLSAAVP TTSTGIWTQS AGQASQGIVI TNPTNPNSSV TGIQAGQVYT FTWTLST FG CANFSTDDVQ YTINALPPEV AYAGPDIVLC TGNSVTMDAN NPIFSTGVWS SNSSAVIVNP TLSNSNIVNI PTDTVAFY W SLSNGSCADY SIDTMLIIVT PTFSVDTANA GLDINLCNED TAQLMAIAPN VATGRWTQPF NQSSAGVVIT DPNAAMTTA TGLQLDSTYT FTWSVSNGPC RDYDRDQVIV QVSTLPTDAA YAGEDFVICG IDTAIVSATA PSIGAGMWTT TTTATIVTPP STRTELLNL SLGSNEFIWT LSNGACRDYS SDTIVITMDS APIANADSFV VIYNSNGNTI DVTPNDGLNN NWVITISESI A SGTLDNLG TGEFDLFLQD VLVDQRFIYQ LCNPNCPAIY CDTALVTIDV QGGTECNFPN MITPNNDDAN ETFIVPCLDG LE GTKFAVY NRWGDLMYEN DNYKNDWGGT HNGVPVPDAT YFYIMELADG QRFQGFVEVR R

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: a featureless cylinder with a diameter of 9 nm as reference
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 151084
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る