PDB-9fj7: Nuclease NucB from Bacillus licheniformis mutant N117Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fj7

タイトル

Nuclease NucB from Bacillus licheniformis mutant N117Q

要素

Nuclease

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNAse / endonuclease / mutant N117Q

機能・相同性

Deoxyribonuclease NucA/NucB / Nuclease

機能・相同性情報

生物種

Bacillus licheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Koval, T. / Stransky, J. / Oestergaard, L.H. / Dohnalek, J.

資金援助

チェコ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of novel nuclease NucB from Bacillus licheniformis
著者: Stransky, J. / Koval, T. / Oestergaard, L.H. / Dohnalek, J.

履歴

登録	2024年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fj7.cif.gz	70.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fj7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fj7_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fj7_full_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示
XML形式データ	9fj7_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	9fj7_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/9fj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/9fj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ejsC 6ejtC 6ejuC 6ejvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Nuclease

ヘテロ分子

12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.497, 53.497, 84.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-423- HOH

#1: タンパク質	Nuclease 分子量: 12015.358 Da / 分子数: 1 / 変異: N117Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) 遺伝子: nucB, BL00126 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: Q65J43
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: protein concentration was 18 mg/ml; storage buffer: 20mM Tris pH 8.0, 100mM NaCl; reservoir solution: 0.1 M 1,6-Hexanediol 0.1 M 1-Butanol 0.1 M 1,2-Propanediol 0.1 M 2-Propanol 0.1 M 1,4- ...詳細: protein concentration was 18 mg/ml; storage buffer: 20mM Tris pH 8.0, 100mM NaCl; reservoir solution: 0.1 M 1,6-Hexanediol 0.1 M 1-Butanol 0.1 M 1,2-Propanediol 0.1 M 2-Propanol 0.1 M 1,4-Butanediol 0.1 M 1,3-Propanediol 0.85 M Tris and Bicine pH 8.5 10.5 % v/v 2-Methyl- -2,4,-pentanediol 10.5 % PEG 1000 10.5 % w/v PEG 3350

結晶

マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein concentration was 18 mg/ml; storage buffer: 20mM Tris pH 8.0, 100mM NaCl; reservoir solution: 0.1 M 1,6-Hexanediol 0.1 M 1-Butanol 0.1 M 1,2-Propanediol 0.1 M 2-Propanol 0.1 M 1,4- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→46.33 Å / Num. obs: 39455 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 12 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 22.4
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 1.659 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1926 / CC_1/2: 0.659 / R_pim(I) all: 0.556 / R_rim(I) all: 1.752 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	20210323	データ削減
XSCALE	20210323	データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定
Coot	0.8.9.1	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→46.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / SU B: 1.132 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. The last reciprocal space refinement was performed against all measured reflections.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16305	2002	5.1 %	Random
R_work	0.12549	39411	-	-
all	0.129	-	-	-
obs	0.12909	39411	99.894 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.032 Å²	0.016 Å²	0 Å²
2-	-	0.032 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.105 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→46.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	844	0	8	222	1074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.014	963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.825	1.655	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.671	1.6	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.072	5	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.161	19.846	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.015	15	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.674	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.792	1.411	497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.698	1.406	496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.217	2.123	631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.218	2.125	632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.542	1.728	531
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.54	1.727	532
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.057	2.472	764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.055	2.471	765
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.734	18.798	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.331	17.071	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.414	3	1991

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.25-1.282	0.283	136	4.7	0.235	2729	99.6869
1.282-1.318	0.205	126	4.5	0.201	2677	99.8931
1.318-1.356	0.2	137	5.1	0.182	2561	100
1.356-1.397	0.216	155	5.8	0.169	2528	99.9255
1.397-1.443	0.194	143	5.6	0.149	2429	100
1.443-1.494	0.15	122	4.9	0.12	2374	99.9199
1.494-1.55	0.155	136	5.7	0.113	2244	100
1.55-1.613	0.138	99	4.3	0.096	2208	99.8701
1.613-1.685	0.144	110	4.9	0.087	2134	100
1.685-1.767	0.127	126	5.9	0.086	2010	100
1.767-1.863	0.135	113	5.6	0.09	1919	100
1.863-1.975	0.132	93	4.8	0.099	1838	100
1.975-2.111	0.132	74	4.1	0.102	1741	100
2.111-2.28	0.136	90	5.3	0.097	1610	100
2.28-2.497	0.138	82	5.2	0.106	1484	99.8088
2.497-2.791	0.146	64	4.4	0.107	1388	99.9312
2.791-3.221	0.145	74	5.9	0.119	1175	99.6013
3.221-3.94	0.166	74	6.7	0.137	1037	99.9086
3.94-5.552	0.218	37	4.3	0.142	827	99.7691
5.552-46.33	0.285	29	5.5	0.237	495	99.8095

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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