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- PDB-9fhd: hKHK-C in fomplex with BI-9787 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fhd
タイトルhKHK-C in fomplex with BI-9787
要素Ketohexokinase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Kinase / sugar kinase / Ketohexokinase / Fructokinase / co-structure
機能・相同性
機能・相同性情報


Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / fructose binding / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion ...Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / fructose binding / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose / response to insulin / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ketohexokinase / : / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ketohexokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.845 Å
データ登録者Ebenhoch, R. / Pautsch, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Discovery of BI-9787, a potent zwitterionic ketohexokinase inhibitor with oral bioavailability.
著者: Heine, N. / Weber, A. / Pautsch, A. / Gottschling, D. / Uphues, I. / Bauer, M. / Ebenhoch, R. / Magarkar, A. / Nosse, B. / Kley, J.T.
履歴
登録2024年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketohexokinase
B: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4217
ポリマ－68,1532
非ポリマー1,2675
水8,269459
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area24660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.964, 86.345, 136.907
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ketohexokinase / Hepatic fructokinase


分子量: 34076.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50053, ketohexokinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-A1ICK / (2~{S})-3-[3-[[4-[bis(fluoranyl)methyl]-3-cyano-6-[(3~{S})-3-(dimethylamino)pyrrolidin-1-yl]pyridin-2-yl]amino]-4-methylsulfanyl-phenyl]-2-methyl-propanoic acid


分子量: 489.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29F2N5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.81 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 13% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-sodium citrate pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→73 Å / Num. obs: 73508 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.84→1.97 Å / Num. unique obs: 3675 / CC1/2: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
Cootモデル構築
Cootモデル構築
autoPROCdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.845→18.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Blow DPI: 0.107 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2045 2986 -RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.192 73398 86.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4561 Å20 Å20 Å2
2--0.5665 Å20 Å2
3---0.8897 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.845→18.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4579 0 83 459 5121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099352HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0116890HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2824SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1549HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4749HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion589SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7946SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.41
LS精密化 シェル解像度: 1.845→1.92 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3338 70 -
Rwork0.2783 --
obs--15.09 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3058-0.4836-0.2011.00821.03661.80950.1056-0.2336-0.4236-0.2336-0.04990.0275-0.42360.0275-0.05570.0778-0.01550.0702-0.06290.0050.03160.695211.6115.8819
20.60160.0199-0.15490.48520.16210.53050.0417-0.02730.0013-0.0273-0.05450.00180.00130.00180.0127-0.06730.02660.02050.03790.0440.0177-11.661319.378557.9842
30.8865-1.5482-2.76380.49053.36866.41340.0544-0.1351-0.1251-0.1351-0.1407-0.139-0.1251-0.1390.08620.0766-0.05620.13610.0785-0.05740.0507-15.768110.624236.5629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1-298 }A1 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|-3-298 }B-3 - 298
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|302 }A302
4X-RAY DIFFRACTION3{ B|303 }B303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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