PDB-9fd4: flavin reductase ThdF in complex with two bound FADs in space gro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fd4

タイトル

flavin reductase ThdF in complex with two bound FADs in space group P212121

要素

Flavin reductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / flavin reductase / FAD / oxidoreductase / NADH:FAD oxdioreductase

機能・相同性

: / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / riboflavin reductase (NADPH) activity / FMN-binding split barrel / FMN binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavin reductase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces albogriseolus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Bork, S. / Nagel, M.F. / Keller, W. / Niemann, H.H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The NADH-dependent flavin reductase ThdF follows an ordered sequential mechanism though crystal structures reveal two FAD molecules in the active site.
著者: Horstmeier, H.J. / Bork, S. / Nagel, M.F. / Keller, W. / Spross, J. / Diepold, N. / Ruppel, M. / Kottke, T. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2024年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fd4.cif.gz	522.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fd4.ent.gz	369 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fd4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fd4_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fd4_full_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示
XML形式データ	9fd4_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	9fd4_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fd4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fd5C 9fd6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1109 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flavin reductase

C: Flavin reductase

B: Flavin reductase

D: Flavin reductase

ヘテロ分子

88.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Flavin reductase

B: Flavin reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Flavin reductase

D: Flavin reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.790, 83.610, 157.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Flavin reductase 分子量: 20327.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus (バクテリア) 遺伝子: thdF / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B1V585
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: D12 JCSG++ (Jena Bioscience); 40 mM KH2PO4, 20 % (v/v) glycerol, 16 % (w/v) PEG 8000; 18 mg/mL ThdF (50 mM HEPES pH 7.0, 20 mM NaCl, 1 mM DTT), 1:1800 (mass ratio) elastase added; 600 nL ...詳細: D12 JCSG++ (Jena Bioscience); 40 mM KH2PO4, 20 % (v/v) glycerol, 16 % (w/v) PEG 8000; 18 mg/mL ThdF (50 mM HEPES pH 7.0, 20 mM NaCl, 1 mM DTT), 1:1800 (mass ratio) elastase added; 600 nL protein + 300 nL reservoir

結晶

マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.37 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: D12 JCSG++ (Jena Bioscience); 40 mM KH2PO4, 20 % (v/v) glycerol, 16 % (w/v) PEG 8000; 18 mg/mL ThdF (50 mM HEPES pH 7.0, 20 mM NaCl, 1 mM DTT), 1:1800 (mass ratio) elastase added; 600 nL ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→57.3 Å / Num. obs: 188862 / % possible obs: 82.4 % / 冗長度: 35.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.04 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.14→1.22 Å / R_merge(I) obs: 2.19 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 9443 / CC_1/2: 0.624 / R_pim(I) all: 0.469 / R_rim(I) all: 2.242 / % possible all: 22.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS	BUILT=20220220	データ削減
STARANISO	server release v3.351 25-Oct-2023	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.14→57.29 Å / SU ML: 0.1029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.6651
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1418	9434	5 %
R_work	0.1209	179364	-
obs	0.1219	188798	82.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→57.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4791	0	462	569	5822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0101	5947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2366	8280
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0885	909
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0132	1012
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.8026	2398

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.14-1.15	0.3191	21	0.245	260	X-RAY DIFFRACTION	3.75
1.15-1.17	0.2073	48	0.211	971	X-RAY DIFFRACTION	13.33
1.17-1.18	0.2191	76	0.215	1529	X-RAY DIFFRACTION	21.47
1.18-1.2	0.2532	100	0.2005	2079	X-RAY DIFFRACTION	28.56
1.2-1.21	0.2279	130	0.1924	2437	X-RAY DIFFRACTION	34.08
1.21-1.23	0.2284	183	0.2098	3302	X-RAY DIFFRACTION	45.85
1.23-1.25	0.2418	233	0.2079	4465	X-RAY DIFFRACTION	62.28
1.25-1.26	0.2292	278	0.1842	5484	X-RAY DIFFRACTION	76.05
1.26-1.28	0.2316	333	0.1903	6224	X-RAY DIFFRACTION	86.4
1.28-1.31	0.2337	340	0.1831	6918	X-RAY DIFFRACTION	96.12
1.31-1.33	0.2084	333	0.1592	7231	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.33-1.35	0.1946	395	0.1381	7157	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.35-1.38	0.1695	391	0.1248	7192	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.38-1.41	0.1908	434	0.1227	7200	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.44	0.1654	373	0.115	7216	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.44-1.47	0.1421	357	0.1107	7196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.51	0.1516	387	0.1063	7251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.55	0.1443	405	0.0986	7238	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.59	0.1319	369	0.0969	7249	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.65	0.1554	387	0.1055	7241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.7	0.1349	386	0.1005	7238	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.77	0.1375	400	0.0954	7246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.85	0.1267	385	0.0978	7276	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.95	0.1204	381	0.0996	7253	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.07	0.1281	395	0.1016	7319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.23	0.1352	382	0.0995	7285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.46	0.134	362	0.1087	7383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.81	0.1311	394	0.1208	7391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.54	0.1318	382	0.1257	7447	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-57.29	0.1419	394	0.1428	7686	X-RAY DIFFRACTION	99.17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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