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- PDB-9fce: BelI in complex with SAM from Streptomyces sp. UCK14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fce
タイトルBelI in complex with SAM from Streptomyces sp. UCK14
要素SAM dependent methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Natural Product Biosynthesis / Enzyme Mechanism / Metal Ion interaction / Molecular Docking / Structure Function Relationships
機能・相同性Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / S-ADENOSYLMETHIONINE / SAM dependent methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kuttenlochner, W. / Beller, P. / Kaysser, L. / Groll, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 1309 - 325871075 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the SAM- and metal-dependent mechanism of O-methyltransferases in cystargolide and belactosin biosynthesis: A structure-activity relationship study.
著者: Kuttenlochner, W. / Beller, P. / Kaysser, L. / Groll, M.
履歴
登録2024年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM dependent methyltransferase
B: SAM dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7528
ポリマ－50,7232
非ポリマー1,0296
水2,702150
1
A: SAM dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9525
ポリマ－25,3621
非ポリマー5914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SAM dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8003
ポリマ－25,3621
非ポリマー4392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.430, 165.000, 165.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SAM dependent methyltransferase


分子量: 25361.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: belI / プラスミド: pETDUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W6R583

-
非ポリマー , 5種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M TRIS, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 38727 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 21464 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 8.266 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20748 1936 5 %RANDOM
Rwork0.17031 ---
obs0.17234 36781 95.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.256 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å2-0 Å20 Å2
2--2.68 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3268 0 66 152 3486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0123404
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.8364627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.421.7547419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9575413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.824538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28410534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.5214.7491670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.5174.7491670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.3188.5312077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.3168.5312078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.775.0911734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.7695.0911734
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.949.2212551
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.543.563781
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other17.27143.453758
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.40436647
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 145 -
Rwork0.379 2755 -
obs--97.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4705-0.258-0.3440.2319-0.03420.8047-0.00570.0228-0.0481-0.01890.01530.04550.0445-0.087-0.00970.0479-0.0075-0.00840.01020.00230.03-25.018923.9866-17.729
20.04220.0478-0.00110.1174-0.05210.0430.00030.0022-0.0027-0.0043-0.0062-0.01070.00580.00780.0060.04680.0025-0.00020.00170.00140.01784.3623.5301-16.9855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 803
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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