PDB-9f9j: Laser excitation effects on BR: Extrapolated 10ps Light dataset r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f9j

タイトル

Laser excitation effects on BR: Extrapolated 10ps Light dataset recorded at 1281 GW/cm2 at SACLA (+100ps, 1ns, 10ns)

要素

Bacteriorhodopsin

キーワード

PROTON TRANSPORT / Bacteriorhodospin / Membrane / RETINAL / TIME-RESOLVED CRYSTALLOGRAPHY / SERIAL CRYSTALLOGRAPHY / Laser excitation

機能・相同性

機能・相同性情報

light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Halobacterium salinarum (好塩性)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Bertrand, Q. / Weinert, T. / Standfuss, J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural effects of high laser power densities on an early bacteriorhodopsin photocycle intermediate.
著者: Bertrand, Q. / Nogly, P. / Nango, E. / Kekilli, D. / Khusainov, G. / Furrer, A. / James, D. / Dworkowski, F. / Skopintsev, P. / Mous, S. / Martiel, I. / Borjesson, P. / Ortolani, G. / Huang, ...

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f9j.cif.gz	165.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f9j.ent.gz	132.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f9j_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f9j_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	9f9j_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	9f9j_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f9bC 9f9cC 9f9dC 9f9eC 9f9fC 9f9gC 9f9hC 9f9iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (10) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (8) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (10)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (8)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.950, 62.950, 111.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO 分子量: 25261.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物	ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT 分子量: 639.130 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / BR / Bacterioopsin / BO / 7-cis-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₀H₂₈O / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 0.1M Na/K phosphate pH5.4, 30% PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.227 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.227 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→31.16 Å / Num. obs: 29412 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 425 % / CC star: 0.998 / R split: 0.0892 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 2913 / CC star: 0.633 / R split: 0.907

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
CrystFEL	0.9.1	データ削減
CrystFEL	0.9.1	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→16.02 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 42.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	2024	9.02 %
R_work	0.2393	-	-
obs	0.2432	22437	90.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→16.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1804	0	253	28	2085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2148
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.886	2852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.249	833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.019	335

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.8	0.5904	107	0.589	1100	X-RAY DIFFRACTION	69
1.8-1.85	0.605	128	0.5533	1255	X-RAY DIFFRACTION	77
1.85-1.91	0.6569	123	0.581	1286	X-RAY DIFFRACTION	80
1.91-1.97	0.5951	134	0.4819	1348	X-RAY DIFFRACTION	84
1.97-2.04	0.4525	138	0.4095	1397	X-RAY DIFFRACTION	87
2.04-2.12	0.4379	144	0.3804	1456	X-RAY DIFFRACTION	91
2.12-2.22	0.3778	145	0.3347	1510	X-RAY DIFFRACTION	93
2.22-2.33	0.4059	149	0.3075	1545	X-RAY DIFFRACTION	94
2.33-2.48	0.3506	157	0.2693	1526	X-RAY DIFFRACTION	96
2.48-2.67	0.3185	164	0.2541	1569	X-RAY DIFFRACTION	97
2.67-2.93	0.2533	154	0.2227	1576	X-RAY DIFFRACTION	98
2.94-3.36	0.2641	156	0.2096	1601	X-RAY DIFFRACTION	98
3.36-4.22	0.2311	160	0.1927	1626	X-RAY DIFFRACTION	99
4.22-16.02	0.2252	165	0.2	1618	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1479	1.7981	-2.8559	6.398	-5.3944	6.496	-0.1875	0.1821	-0.1092	-0.6151	0.1225	-0.4178	1.1149	0.2829	0.0083	0.3072	0.0374	-0.0095	0.3147	-0.025	0.3983	23.8812	27.3452	29.7122
2	2.0512	-0.3924	-0.641	0.8768	1.4103	2.5456	0.1698	-0.1455	-0.0371	0.1578	0.2925	-0.0502	0.5072	-0.1544	-0.5449	0.3647	0.0238	-0.0542	0.2812	0.0307	0.4014	15.1916	28.0547	41.6512
3	1.3633	0.3481	-0.0544	1.7798	1.3805	4.4698	0.0179	0.2501	0.0122	-0.3121	0.0788	-0.038	0.0606	-0.1696	-0.1168	0.3064	-0.0026	0.0104	0.3304	-0.0031	0.3327	12.9154	39.1383	27.9078
4	0.6756	-0.6879	-0.8181	2.3243	-1.2416	2.2893	0.2209	-0.0029	0.024	0.0995	0.3265	-0.0213	0.1321	-0.4865	-0.523	0.3336	0.031	-0.0526	0.3545	-0.004	0.3659	7.7694	46.3503	37.0339
5	3.2782	-0.8918	0.4233	1.8095	-2.6463	3.6829	0.0737	0.0467	0.1729	0.2657	0.0513	-0.0026	-1.4973	1.0445	-0.0725	0.3384	-0.0798	0.0011	0.2689	-0.0117	0.3732	13.598	53.5485	33.6096
6	5.6009	-3.7205	2.693	6.1482	-5.4857	5.268	-0.6266	-1.1289	0.3426	2.4293	0.189	0.3196	-2.8851	-2.3533	0.9141	1.7056	-0.053	0.0449	1.1692	-0.1488	0.7552	17.7566	46.9259	57.9332
7	0.6079	-0.3158	-0.9951	-0.0352	-1.428	5.5475	-0.0102	0.082	-0.0527	0.1042	0.0604	-0.1903	-0.32	0.2903	-0.0358	0.3765	-0.0695	-0.0477	0.349	-0.0178	0.4172	23.0602	42.45	35.7776
8	3.5178	-2.0254	-0.8471	5.4705	3.9339	3.012	-0.6474	-0.4286	0.0656	1.4202	-0.9325	-0.873	-0.1498	0.5549	1.0487	0.5075	-0.0573	-0.0752	0.5204	0.2415	0.5629	23.9292	31.7537	55.3892
9	4.0361	0.1236	1.7309	1.3875	-1.5347	2.5667	1.1945	-0.0854	-0.449	1.3052	-0.039	-0.2625	-0.6323	1.7779	-1.3699	0.7288	-0.1231	-0.1207	0.483	0.0223	0.3718	19.2507	30.2882	64.8345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 101 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 224 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 225 through 229 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 230 through 234 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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