PDB-9f9i: Laser excitation effects on BR: Dark dataset recorded at SACLA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f9i

タイトル

Laser excitation effects on BR: Dark dataset recorded at SACLA

要素

Bacteriorhodopsin

キーワード

PROTON TRANSPORT / Bacteriorhodospin / Membrane / RETINAL / TIME-RESOLVED CRYSTALLOGRAPHY / SERIAL CRYSTALLOGRAPHY / Laser excitation

機能・相同性

機能・相同性情報

light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Halobacterium salinarum (好塩性)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bertrand, Q. / Weinert, T. / Standfuss, J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural effects of high laser power densities on an early bacteriorhodopsin photocycle intermediate.
著者: Bertrand, Q. / Nogly, P. / Nango, E. / Kekilli, D. / Khusainov, G. / Furrer, A. / James, D. / Dworkowski, F. / Skopintsev, P. / Mous, S. / Martiel, I. / Borjesson, P. / Ortolani, G. / Huang, ...

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f9i.cif.gz	164.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f9i.ent.gz	132 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f9bC 9f9cC 9f9dC 9f9eC 9f9fC 9f9gC 9f9hC 9f9jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (10) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (8) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (10)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (8)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.450, 62.450, 111.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO 分子量: 25247.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物	ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT 分子量: 639.130 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / BR / Bacterioopsin / BO / 7-cis-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₀H₂₈O / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM Na/K Phosphate buffer pH 5.6 30 % PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.227 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.227 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→31.23 Å / Num. obs: 32843 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1944 % / CC star: 0.999 / R split: 0.0423 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.59→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 3272 / CC star: 0.614 / R split: 0.8581 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
CrystFEL	0.9.1	データ削減
CrystFEL	0.9.1	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→31.23 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1785	1994	6.16 %
R_work	0.1501	-	-
obs	0.1518	32349	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1794	0	262	45	2101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2147
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	2853
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.746	455
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	335

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2949	143	0.2698	2166	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.68	0.2838	138	0.2469	2165	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.2844	142	0.2175	2151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.2335	143	0.1946	2166	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.85	0.2345	137	0.1694	2145	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.93	0.1869	139	0.1553	2180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.02	0.1741	142	0.1391	2177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.12	0.1531	143	0.1435	2152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.26	0.157	139	0.1284	2173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.43	0.1675	142	0.1269	2166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.67	0.1655	149	0.1379	2157	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-3.06	0.1433	141	0.1482	2180	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.85	0.1751	144	0.1362	2190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-31.23	0.1824	152	0.1531	2187	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3649	1.6116	-2.6252	7.6121	-5.6777	5.5236	-0.1306	0.216	-0.1499	-0.299	-0.0159	-0.4376	0.4068	0.221	0.1825	0.1365	0.0317	-0.0037	0.187	-0.0265	0.3009	23.6324	27.1637	29.821
2	2.1506	-0.1371	-0.4883	1.9459	1.3648	1.642	-0.0448	-0.3433	-0.1319	0.442	0.0475	-0.039	0.4377	-0.0979	0.0231	0.2603	0.0165	-0.0281	0.1918	0.0422	0.2479	15.2023	27.728	41.1771
3	1.7658	-0.3199	-0.4327	2.5235	0.8175	1.2457	0.0315	0.2269	0.0066	-0.2937	0.0089	-0.0338	-0.0568	-0.1485	-0.0411	0.187	0.0064	-0.0126	0.1998	0.0115	0.2102	12.6421	38.6794	28.641
4	1.8349	0.0335	-0.8751	1.9448	-2.1844	9.4067	0.1292	-0.1443	0.0203	0.0793	0.1904	0.0487	0.1003	-0.2312	-0.3491	0.1827	0.0189	-0.03	0.1706	0.0003	0.2293	7.5492	45.9376	37.1993
5	3.3206	0.1092	0.286	2.9818	-2.1129	5.5728	0.09	-0.025	0.2335	0.2464	-0.0845	-0.1232	-0.5131	0.3949	0.0463	0.2045	-0.0218	-0.0031	0.1755	-0.0087	0.2579	13.1132	53.1879	32.8403
6	5.5475	-4.5446	5.6198	3.7842	-4.633	5.7085	-0.9621	-2.0321	1.0497	1.231	0.5732	-0.2086	-2.3035	-0.3161	0.3793	1.0671	0.034	-0.0482	0.9261	-0.0708	0.6843	17.7046	46.5209	57.7572
7	1.0925	-0.1151	-0.3664	1.2176	-0.6359	3.1333	-0.015	-0.1189	0.0581	0.1894	0.0404	-0.2686	-0.2669	0.1377	-0.0292	0.193	-0.0315	-0.0441	0.2375	-0.0073	0.2877	22.9133	41.9897	35.2981
8	2.0002	1.9389	-4.7916	3.0935	-0.12	2.4753	-0.1115	-0.0355	-0.6387	0.972	-0.3657	-1.5042	0.9438	1.72	0.0005	0.4537	0.0195	-0.1802	0.6644	0.1561	0.4891	23.7118	31.4564	55.2073
9	3.6886	-1.344	1.6924	0.6396	-0.1636	2.1366	0.4566	-0.5697	-0.4377	0.4034	-0.0154	0.0059	0.4772	-0.1632	-0.3105	0.8047	-0.0769	-0.1386	0.5389	0.0678	0.2152	19.0731	30.062	64.7397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 101 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 224 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 225 through 229 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 230 through 234 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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