PDB-9f9g: Laser excitation effects on BR: Reprocessed Dark from Nogly et al.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f9g

タイトル

Laser excitation effects on BR: Reprocessed Dark from Nogly et al.

要素

Bacteriorhodopsin

キーワード

PROTON TRANSPORT / Bacteriorhodospin / Membrane / RETINAL / TIME-RESOLVED CRYSTALLOGRAPHY / SERIAL CRYSTALLOGRAPHY / Laser excitation

機能・相同性

機能・相同性情報

light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Halobacterium salinarum (好塩性)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Bertrand, Q. / Weinert, T. / Standfuss, J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural effects of high laser power densities on an early bacteriorhodopsin photocycle intermediate.
著者: Bertrand, Q. / Nogly, P. / Nango, E. / Kekilli, D. / Khusainov, G. / Furrer, A. / James, D. / Dworkowski, F. / Skopintsev, P. / Mous, S. / Martiel, I. / Borjesson, P. / Ortolani, G. / Huang, ...

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f9g.cif.gz	165.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f9g.ent.gz	133.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f9bC 9f9cC 9f9dC 9f9eC 9f9fC 9f9hC 9f9iC 9f9jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (10) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (8) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (10)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (8)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
105 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.320, 62.320, 111.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO 分子量: 25303.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物	ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT 分子量: 639.130 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / BR / Bacterioopsin / BO / 7-cis-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₀H₂₈O / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM Na/K Phosphate buffer pH 5.6 30 % PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→20.06 Å / Num. obs: 45078 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1371 % / CC star: 0.999 / R split: 0.0301 / Net I/σ(I): 22.13
反射シェル	解像度: 1.44→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / Num. unique obs: 4511 / CC star: 0.87 / R split: 1.11

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
CrystFEL	0.9.1	データ削減
CrystFEL	0.9.1	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.44→20.06 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1721	1987	4.51 %
R_work	0.1486	-	-
obs	0.1497	44100	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→20.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1807	0	254	46	2107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	2171
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.947	2887
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.23	848
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.135	315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	341

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.44-1.48	0.4514	141	0.3903	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.52	0.2853	144	0.2526	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.56	0.2207	138	0.197	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.61	0.2053	139	0.1852	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.67	0.2355	141	0.2107	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.74	0.213	147	0.1605	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.81	0.1493	138	0.1282	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.91	0.1592	137	0.1281	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-2.03	0.163	143	0.1291	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.19	0.1395	139	0.1164	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.41	0.138	144	0.1215	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.75	0.1623	137	0.1413	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-3.47	0.1563	151	0.1519	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-20.06	0.1855	148	0.1537	3046	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6411	1.8662	-2.7985	7.4287	-5.7472	5.5488	-0.161	0.069	-0.1798	-0.2602	-0.0383	-0.4132	0.4376	0.3083	0.1283	0.1417	0.025	-0.0145	0.1811	-0.0165	0.2815	23.5671	27.0338	29.5755
2	1.666	-0.1958	0.0497	1.9552	1.19	2.3534	-0.0237	-0.2863	-0.0822	0.3969	0.065	-0.0576	0.4148	-0.1883	0.0201	0.2359	0.0128	-0.0352	0.1904	0.0242	0.2307	15.111	27.7038	41.1205
3	1.8063	-0.2339	0.2546	2.0993	0.8944	3.8471	-0.0282	0.1646	0.0588	-0.2038	-0.0206	-0.065	-0.163	-0.1567	0.0514	0.1741	0.0032	-0.0062	0.1784	0.0095	0.2173	12.7625	38.7229	27.8666
4	1.6991	-0.1033	-0.0212	2.0664	-1.8876	5.8493	0.1085	-0.2017	0.0126	0.1586	0.1582	0.0513	0.0711	-0.1436	-0.2447	0.2033	0.0117	-0.0146	0.1938	-0.0073	0.2261	7.5348	45.853	37.1586
5	2.8093	-0.1921	0.1925	2.5119	-1.9882	2.0136	0.0148	-0.0753	0.2606	0.2241	-0.0374	-0.132	-0.4792	0.2274	0.036	0.1954	-0.0153	-0.0079	0.175	-0.0177	0.2525	13.0776	53.1062	32.7964
6	6.1991	-3.8361	5.3057	2.6694	-3.5812	4.8416	-0.7252	-1.8965	1.1991	1.3881	0.2067	-0.3373	-2.5507	-0.2152	0.6404	1.2221	-0.1134	-0.0596	0.8253	-0.1373	0.6151	17.6008	46.5214	57.6937
7	1.0523	-0.1144	-0.4253	1.4639	-0.7973	3.0069	-0.022	-0.105	0.0472	0.1975	0.0359	-0.266	-0.2458	0.1042	-0.0017	0.1751	-0.0279	-0.0562	0.2146	-0.0054	0.2708	22.9027	42.032	35.3948
8	8.6293	-4.7389	-6.3285	8.5322	5.9889	5.7948	-0.618	-0.289	0.7057	0.9577	0.7909	-1.402	0.4303	1.5108	-0.0755	0.5077	-0.0092	-0.1807	0.6334	0.072	0.4284	24.7329	31.8551	53.9968
9	4.0773	-1.9348	2.097	0.9181	-0.9951	1.0785	0.993	-0.2998	-0.4717	0.5281	-0.3824	-0.1626	0.4865	0.3063	-0.6551	0.7801	-0.0644	-0.0827	0.5162	0.05	0.2578	18.9572	29.9782	64.6507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 101 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 224 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 225 through 229 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 230 through 234 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)