PDB-9f9e: Laser excitation effects on BR: Extrapolated 6 ps Light dataset r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f9e

タイトル

Laser excitation effects on BR: Extrapolated 6 ps Light dataset recorded at 342 GW/cm2 at SwissFEL

要素

Bacteriorhodopsin

キーワード

PROTON TRANSPORT / Bacteriorhodospin / Membrane / RETINAL / TIME-RESOLVED CRYSTALLOGRAPHY / SERIAL CRYSTALLOGRAPHY / Laser excitation

機能・相同性

機能・相同性情報

light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Halobacterium salinarum (好塩性)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bertrand, Q. / Weinert, T. / Standfuss, J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural effects of high laser power densities on an early bacteriorhodopsin photocycle intermediate.
著者: Bertrand, Q. / Nogly, P. / Nango, E. / Kekilli, D. / Khusainov, G. / Furrer, A. / James, D. / Dworkowski, F. / Skopintsev, P. / Mous, S. / Martiel, I. / Borjesson, P. / Ortolani, G. / Huang, ...

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f9e.cif.gz	163.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f9e.ent.gz	131.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/9f9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f9bC 9f9cC 9f9dC 9f9fC 9f9gC 9f9hC 9f9iC 9f9jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (10) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (8) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (10)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (8)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.950, 62.950, 111.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO 分子量: 25190.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物	ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT 分子量: 639.130 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / BR / Bacterioopsin / BO / 7-cis-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₀H₂₈O / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 100 mM Na/K Phosphate buffer pH 5.6 30 % PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.028919 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.028919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→16.02 Å / Num. obs: 27072 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 224 % / CC star: 0.997 / R split: 0.095 / Net I/σ(I): 9.21
反射シェル	解像度: 1.71→1.77 Å / 冗長度: 146 % / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 2685 / CC star: 0.809 / R split: 0.6945 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
CrystFEL	0.9.1	データ削減
CrystFEL	0.9.1	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→15.74 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3037	2024	8.89 %
R_work	0.2546	-	-
obs	0.2589	22755	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→15.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1790	0	213	68	2071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2072
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	2763
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.66	420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	326

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.4521	141	0.4772	1416	X-RAY DIFFRACTION	95
1.84-1.89	0.5046	139	0.4413	1453	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9-1.95	0.3678	144	0.3584	1448	X-RAY DIFFRACTION	97
1.95-2.01	0.3475	137	0.3164	1450	X-RAY DIFFRACTION	97
2.01-2.08	0.3159	144	0.2712	1507	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.17	0.298	148	0.2392	1494	X-RAY DIFFRACTION	99
2.17-2.27	0.3232	145	0.2208	1469	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.39	0.2674	151	0.2064	1492	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.53	0.2647	146	0.2069	1485	X-RAY DIFFRACTION	98
2.54-2.73	0.2548	147	0.2171	1509	X-RAY DIFFRACTION	99
2.73-3	0.2501	145	0.2158	1487	X-RAY DIFFRACTION	99
3-3.43	0.2834	146	0.2368	1486	X-RAY DIFFRACTION	99
3.43-4.3	0.2644	149	0.2272	1503	X-RAY DIFFRACTION	99
4.31-15.74	0.3377	142	0.2669	1532	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7763	0.1635	0.3249	0.6136	0.1705	0.4816	-0.0315	0.105	-0.2994	0.0566	0.1763	-0.3265	0.1403	0.238	0.5146	0.0679	0.0331	-0.0436	0.069	0.0001	0.2256	23.7751	27.213	30.4112
2	1.2416	0.4984	-0.3075	1.2578	0.2136	0.3044	0.1938	-0.4502	-0.1229	0.449	-0.1493	-0.1521	0.1943	0.1403	0.1142	0.0905	0.0678	-0.0539	0.028	0.0249	0.1408	15.3404	27.9322	41.2361
3	0.2683	0.0019	-0.1657	0.6023	-0.0381	0.1143	0.0013	0.0395	-0.0029	-0.0606	0.0639	-0.1058	-0.0071	-0.2719	-0.0353	0.1037	0.0344	-0.0209	0.0901	0.0065	0.0667	12.8645	39.107	28.682
4	0.0317	0.0033	-0.0314	0.1642	-0.0046	0.0261	0.0677	-0.0834	0.0083	0.0614	0.1132	0.0218	0.1427	0.0608	0.0084	0.1174	0.0284	-0.016	0.1022	-0.0067	0.0931	7.3793	45.9701	39.7926
5	0.3559	-0.1613	-0.0552	0.1535	0.0115	1.0239	0.1862	0.057	0.1739	0.0635	0.0834	-0.1969	0.0595	0.1957	0.4067	0.1042	-0.0036	-0.0136	0.0881	0.0169	0.1407	12.4388	53.2151	30.2793
6	-0.0029	0.001	-0.0011	0.0006	0.007	0.0147	0.1479	-0.1177	0.0737	0.0485	0.069	-0.1355	0.0434	0.0414	0.0001	0.5758	-0.1313	-0.0035	0.5671	0.1376	0.3715	17.8035	48.1139	57.434
7	0.3678	-0.2645	-0.013	1.0132	-0.2991	0.7121	-0.0037	-0.1646	0.1255	0.3106	-0.004	-0.5715	-0.2809	0.2626	0.1593	0.0885	-0.0252	-0.0687	0.1129	-0.0024	0.1153	23.1142	42.2695	35.4275
8	0.0516	-0.0368	-0.047	0.069	0.0015	0.0673	0.0017	0.0282	-0.0125	0.0777	0.0671	-0.0467	0.0378	0.1117	-0.0043	0.4499	-0.0053	-0.1856	0.5148	0.0454	0.2646	24.2204	31.7624	54.8188
9	0.0045	-0.0058	0.0007	0.0001	0	0.015	0.1147	-0.0408	0.0475	0.0743	-0.0111	0.0741	-0.0908	0.1099	0	0.5246	-0.0183	-0.025	0.2504	0.0115	0.2374	19.1688	30.3482	64.8308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 101 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 153 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 154 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 224 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 225 through 229 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 230 through 234 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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