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- PDB-9f9d: Laser excitation effects on BR: Dark dataset recorded at SwissFEL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f9d
タイトルLaser excitation effects on BR: Dark dataset recorded at SwissFEL
要素Bacteriorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / Bacteriorhodospin / Membrane / RETINAL / TIME-RESOLVED CRYSTALLOGRAPHY / SERIAL CRYSTALLOGRAPHY / Laser excitation
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LI1 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bertrand, Q. / Weinert, T. / Standfuss, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
Innosuisse42711.1 IP-LSEuropean Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural effects of high laser power densities on an early bacteriorhodopsin photocycle intermediate.
著者: Bertrand, Q. / Nogly, P. / Nango, E. / Kekilli, D. / Khusainov, G. / Furrer, A. / James, D. / Dworkowski, F. / Skopintsev, P. / Mous, S. / Martiel, I. / Borjesson, P. / Ortolani, G. / Huang, ...著者: Bertrand, Q. / Nogly, P. / Nango, E. / Kekilli, D. / Khusainov, G. / Furrer, A. / James, D. / Dworkowski, F. / Skopintsev, P. / Mous, S. / Martiel, I. / Borjesson, P. / Ortolani, G. / Huang, C.Y. / Kepa, M. / Ozerov, D. / Brunle, S. / Panneels, V. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Tono, K. / Owada, S. / Johnson, P.J.M. / Nass, K. / Knopp, G. / Cirelli, C. / Milne, C. / Schertler, G. / Iwata, S. / Neutze, R. / Weinert, T. / Standfuss, J.
履歴
登録2024年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,99919
ポリマ－25,2621
非ポリマー9,73718
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area12820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.950, 62.950, 111.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-444-

HOH

21A-449-

HOH

31A-450-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 25261.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物
ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT


分子量: 639.130 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H86O3
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / BR / Bacterioopsin / BO / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H28O / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 100 mM Na/K Phosphate buffer pH 5.6 30 % PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.02989 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→16.02 Å / Num. obs: 30124 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 186 % / CC star: 0.996 / R split: 0.0966 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 123 % / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 2996 / CC star: 0.833 / R split: 0.7139 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
CrystFEL0.9.1データ削減
CrystFEL0.9.1データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→16.02 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1718 2004 7.29 %
Rwork0.1381 --
obs0.1405 27497 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→16.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1795 0 254 51 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5242872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.374456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.26061410.24831781X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.790.28031400.21061838X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.840.26611440.1911816X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.90.22391420.18551801X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.970.18391430.13841827X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.050.17681420.1311796X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.140.15161470.10841819X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.250.14431480.11591837X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.390.1691370.1081798X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.580.15251410.1211840X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.840.14611420.12681831X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.240.15351430.1431822X-RAY DIFFRACTION100
3.25-4.070.16291490.13271829X-RAY DIFFRACTION100
4.08-16.020.18511450.1471858X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90550.3585-1.52854.7688-3.14089.0261-0.08750.136-0.1733-0.2297-0.0649-0.39810.39280.46910.19790.18750.0253-0.00540.2204-0.01860.303823.750827.294130.395
21.7502-0.2387-0.43432.16421.0464.3828-0.0495-0.2726-0.10060.37480.0535-0.04750.525-0.1241-0.00740.26680.0062-0.02870.22610.03540.269615.286528.068141.0101
34.9739-0.97520.43092.141-1.42554.06740.07780.54830.1997-0.8759-0.09530.1143-0.3896-0.48220.02760.52210.03140.00770.45630.01720.285713.09440.001914.8358
42.2587-0.04190.1472.22711.06375.3068-0.0355-0.1836-0.03980.21220.04780.03090.0324-0.1916-0.02720.20860.0229-0.02920.20880.0150.219612.065439.296840.6839
52.04790.1975-1.53222.1679-0.34932.26390.1625-0.04260.078-0.04330.17890.02350.1652-0.0624-0.33090.18790.0141-0.02970.16390.0020.22597.175246.664434.1745
63.0918-0.02860.32092.8246-1.56277.43590.0539-0.04830.23090.2524-0.0478-0.1702-0.58320.27850.01410.2219-0.0215-0.01380.1881-0.01460.268713.206453.621532.7616
71.8138-0.24611.00561.4916-1.23265.10060.0016-0.4910.0520.59150.027-0.2338-0.67060.1265-0.07880.3593-0.0221-0.07980.2933-0.02390.238521.378345.789545.9182
81.5373-0.3250.08771.1437-0.48763.77340.00050.08990.09790.00060.0492-0.1984-0.25690.1469-0.02630.1958-0.0271-0.02460.23440.00240.288923.501839.79229.7715
95.4858-2.0798-5.38234.48052.71885.7488-0.4474-0.5747-0.21111.09120.1153-0.93830.60050.88550.41670.52090.0396-0.16010.55710.11630.428824.491431.900954.4407
104.0153-1.93763.57010.9648-1.86433.84090.98-0.3561-0.57771.1096-0.08320.06360.80410.5807-0.92520.992-0.0831-0.12010.55820.05850.36919.238230.332164.8258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 79 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 104 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 105 through 130 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 131 through 154 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 155 through 191 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 192 through 224 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 225 through 229 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 230 through 234 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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