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万見
- PDB-9f6y: CryoEM structure of Human Mediator subunit MED23 complexed with p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f6y
タイトルCryoEM structure of Human Mediator subunit MED23 complexed with phosphorylated Elk-1 transcription factor
要素
  • Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
キーワードGENE REGULATION / Mediator complex / transcription factor / Med23 / ELK-1 / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell extravasation / hippocampal neuron apoptotic process / response to fibroblast growth factor / core mediator complex / cellular response to testosterone stimulus / mediator complex binding / NGF-stimulated transcription / mediator complex / transcription regulator activator activity / Generic Transcription Pathway ...positive regulation of T cell extravasation / hippocampal neuron apoptotic process / response to fibroblast growth factor / core mediator complex / cellular response to testosterone stimulus / mediator complex binding / NGF-stimulated transcription / mediator complex / transcription regulator activator activity / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / ERK/MAPK targets / response to light stimulus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / axon terminus / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / lung development / liver development / PPARA activates gene expression / cellular response to gamma radiation / mitochondrial membrane / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / HCMV Early Events / sequence-specific double-stranded DNA binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / transcription regulator complex / gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / neuronal cell body / dendrite / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med23 / Mediator complex subunit 23 / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Green fluorescent protein, GFP ...Mediator complex, subunit Med23 / Mediator complex subunit 23 / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ETS domain-containing protein Elk-1 / Green fluorescent protein / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Monte, D. / Verger, A. / Lens, Z. / villeret, V.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE12-0021 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of human Mediator recruitment by the phosphorylated transcription factor Elk-1.
著者: Didier Monté / Zoé Lens / Frédérique Dewitte / Marcus Fislage / Marc Aumercier / Alexis Verger / Vincent Villeret /
要旨: One function of Mediator complex subunit MED23 is to mediate transcriptional activation by the phosphorylated transcription factor Elk-1, in response to the Ras-MAPK signaling pathway. Using ...One function of Mediator complex subunit MED23 is to mediate transcriptional activation by the phosphorylated transcription factor Elk-1, in response to the Ras-MAPK signaling pathway. Using cryogenic electron microscopy, we solve a 3.0 Å structure of human MED23 complexed with the phosphorylated activation domain of Elk-1. Elk-1 binds to MED23 via a hydrophobic sequence PSIHFWSTLSP containing one phosphorylated residue (S383), which forms a tight turn around the central Phenylalanine. Binding of Elk-1 induces allosteric changes in MED23 that propagate to the opposite face of the subunit, resulting in the dynamic behavior of a 19-residue segment, which alters the molecular surface of MED23. We design a specific MED23 mutation (G382F) that disrupts Elk--1 binding and consequently impairs Elk-1-dependent serum-induced activation of target genes in the Ras-Raf-MEK-ERK signaling pathway. The structure provides molecular details and insights into a Mediator subunit-transcription factor interface.
履歴
登録2024年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
B: Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,9222
ポリマ－195,9222
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1410 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area53350 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 / Activator-recruited cofactor 130 kDa component / ARC130 / Cofactor required for Sp1 transcriptional ...Activator-recruited cofactor 130 kDa component / ARC130 / Cofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 3 / CRSP complex subunit 3 / Mediator complex subunit 23 / Protein sur-2 homolog / hSur-2 / Transcriptional coactivator CRSP130 / Vitamin D3 receptor-interacting protein complex 130 kDa component / DRIP130


分子量: 158294.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED23, ARC130, CRSP3, DRIP130, KIAA1216, SUR2 / 細胞株 (発現宿主): ExpiSF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9ULK4
#2: タンパク質 Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1


分子量: 37627.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag,fusion between GFP and ELK-1 transactivation ...詳細: fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag,fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag,fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag,fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFP, ELK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: P19419
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex between human Mediator subunit Med23 and phosphorylated transcription factor Elk1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 63.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 346324 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 70.91 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002510336
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.573614052
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04021589
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00511762
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.11381341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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