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万見
- EMDB-50242: CryoEM structure of Human Mediator subunit MED23 complexed with p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50242
タイトルCryoEM structure of Human Mediator subunit MED23 complexed with phosphorylated Elk-1 transcription factor
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex between human Mediator subunit Med23 and phosphorylated transcription factor Elk1
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1
キーワードMediator complex / transcription factor / Med23 / ELK-1 / phosphorylation / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell extravasation / hippocampal neuron apoptotic process / response to fibroblast growth factor / core mediator complex / mediator complex binding / cellular response to testosterone stimulus / NGF-stimulated transcription / mediator complex / transcription regulator activator activity / Generic Transcription Pathway ...positive regulation of T cell extravasation / hippocampal neuron apoptotic process / response to fibroblast growth factor / core mediator complex / mediator complex binding / cellular response to testosterone stimulus / NGF-stimulated transcription / mediator complex / transcription regulator activator activity / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / ERK/MAPK targets / response to light stimulus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / axon terminus / bioluminescence / liver development / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / lung development / mitochondrial membrane / PPARA activates gene expression / cellular response to gamma radiation / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / HCMV Early Events / sequence-specific double-stranded DNA binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to ethanol / cell differentiation / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / neuronal cell body / dendrite / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med23 / Mediator complex subunit 23 / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Green fluorescent protein, GFP ...Mediator complex, subunit Med23 / Mediator complex subunit 23 / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ETS domain-containing protein Elk-1 / Green fluorescent protein / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Monte D / Verger A / Lens Z / villeret V
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE12-0021 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of human Mediator recruitment by the phosphorylated transcription factor Elk-1.
著者: Didier Monté / Zoé Lens / Frédérique Dewitte / Marcus Fislage / Marc Aumercier / Alexis Verger / Vincent Villeret /
要旨: One function of Mediator complex subunit MED23 is to mediate transcriptional activation by the phosphorylated transcription factor Elk-1, in response to the Ras-MAPK signaling pathway. Using ...One function of Mediator complex subunit MED23 is to mediate transcriptional activation by the phosphorylated transcription factor Elk-1, in response to the Ras-MAPK signaling pathway. Using cryogenic electron microscopy, we solve a 3.0 Å structure of human MED23 complexed with the phosphorylated activation domain of Elk-1. Elk-1 binds to MED23 via a hydrophobic sequence PSIHFWSTLSP containing one phosphorylated residue (S383), which forms a tight turn around the central Phenylalanine. Binding of Elk-1 induces allosteric changes in MED23 that propagate to the opposite face of the subunit, resulting in the dynamic behavior of a 19-residue segment, which alters the molecular surface of MED23. We design a specific MED23 mutation (G382F) that disrupts Elk--1 binding and consequently impairs Elk-1-dependent serum-induced activation of target genes in the Ras-Raf-MEK-ERK signaling pathway. The structure provides molecular details and insights into a Mediator subunit-transcription factor interface.
履歴
登録2024年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50242.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50242.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 302. Å		1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 302. Å		1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 302. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.17969 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.06851073 - 1.6775997
平均 (標準偏差)0.0006723461 (±0.022902297)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 302.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50242_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50242_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between human Mediator subunit Med23 and phosphorylated t...

全体名称: Complex between human Mediator subunit Med23 and phosphorylated transcription factor Elk1
要素
  • 複合体: Complex between human Mediator subunit Med23 and phosphorylated transcription factor Elk1
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1

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超分子 #1: Complex between human Mediator subunit Med23 and phosphorylated t...

超分子名称: Complex between human Mediator subunit Med23 and phosphorylated transcription factor Elk1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 158.294891 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: METQLQSIFE EVVKTEVIEE AFPGMFMDTP EDEKTKLISC LGAFRQFWGG LSQESHEQCI QWIVKFIHGQ HSPKRISFLY DCLAMAVET GLLPPRLVCE SLINSDTLEW ERTQLWALTF KLVRKIIGGV DYKGVRDLLK VILEKILTIP NTVSSAVVQQ L LAAREVIA ...文字列:
METQLQSIFE EVVKTEVIEE AFPGMFMDTP EDEKTKLISC LGAFRQFWGG LSQESHEQCI QWIVKFIHGQ HSPKRISFLY DCLAMAVET GLLPPRLVCE SLINSDTLEW ERTQLWALTF KLVRKIIGGV DYKGVRDLLK VILEKILTIP NTVSSAVVQQ L LAAREVIA YILERNACLL PAYFAVTEIR KLYPEGKLPH WLLGNLVSDF VDTFRPTARI NSICGRCSLL PVVNNSGAIC NS WKLDPAT LRFPLKGLLP YDKDLFEPQT ALLRYVLEQP YSRDMVCNML GLNKQHKQRC PVLEDQLVDL VVYAMERSET EEK FDDGGT SQLLWQHLSS QLIFFVLFQF ASFPHMVLSL HQKLAGRGLI KGRDHLMWVL LQFISGSIQK NALADFLPVM KLFD LLYPE KEYIPVPDIN KPQSTHAFAM TCIWIHLNRK AQNDNSKLQI PIPHSLRLHH EFLQQSLRNK SLQMNDYKIA LLCNA YSTN SECFTLPMGA LVETIYGNGI MRIPLPGTNC MASGSITPLP MNLLDSLTVH AKMSLIHSIA TRVIKLAHAK SSVALA PAL VETYSRLLVY MEIESLGIKG FISQLLPTVF KSHAWGILHT LLEMFSYRMH HIQPHYRVQL LSHLHTLAAV AQTNQNQ LH LCVESTALRL ITALGSSEVQ PQFTRFLSDP KTVLSAESEE LNRALILTLA RATHVTDFFT GSDSIQGTWC KDILQTIM S FTPHNWASHT LSCFPGPLQA FFKQNNVPQE SRFNLKKNVE EEYRKWKSMS NENDIITHFS MQGSPPLFLC LLWKMLLET DHINQIGYRV LERIGARALV AHVRTFADFL VYEFSTSAGG QQLNKCIEIL NDMVWKYNIV TLDRLILCLA MRSHEGNEAQ VCYFIIQLL LLKPNDFRNR VSDFVKENSP EHWLQNDWHT KHMNYHKKYP EKLYFEGLAE QVDPPVQIQS PYLPIYFGNV C LRFLPVFD IVIHRFLELL PVSKSLETLL DHLGGLYKFH DRPVTYLYNT LHYYEMHLRD RAFLKRKLVH AIIGSLKDNR PQ GWCLSDT YLKCAMNARE ENPWVPDDTY YCRLIGRLVD TMAGKSPGPF PNCDWRFNEF PNPAAHALHV TCVELMALAV SGK EVGNAL LNVVLKSQPL VPRENITAWM NAIGLIITAL PEPYWIVLHD RIVSVISSPS LTSETEWVGY PFRLFDFTAC HQSY SEMSC SYTLALAHAV WHHSSIGQLS LIPKFLTEVL LPIVKTEFQL LYVYHLVGPF LQRFQQERTR CMIEIGVAFY DMLLN VDQC STHLNYMDPI CDFLYHMKYM FTGDSVKEQV EKIICNLKPA LKLRLRFITH ISKMEPAAVP PQAMNSGSPA PQSNQV PVS LPVTQDVLFQ GPGHHHHHH

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

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分子 #2: Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1

分子名称: Green fluorescent protein,ETS domain-containing protein Elk-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag,fusion between GFP and ELK-1 transactivation ...詳細: fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag,fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag,fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag,fusion between GFP and ELK-1 transactivation domain (308-401) mutated at positions T336, T333, T353 and T363 (mutated to Ala) + C-terminal his tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.627406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVSKGEELFT GVVPILVELD GDVNGHKFSV SGEGEGDATY GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTLTYGVQ CFSRYPDHMK QHDFFKSAM PEGYVQERTI FFKDDGNYKT RAEVKFEGDT LVNRIELKGI DFKEDGNILG HKLEYNYNSH NVYIMADKQK N GIKVNFKI ...文字列:
MVSKGEELFT GVVPILVELD GDVNGHKFSV SGEGEGDATY GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTLTYGVQ CFSRYPDHMK QHDFFKSAM PEGYVQERTI FFKDDGNYKT RAEVKFEGDT LVNRIELKGI DFKEDGNILG HKLEYNYNSH NVYIMADKQK N GIKVNFKI RHNIEDGSVQ LADHYQQNTP IGDGPVLLPD NHYLSTQSKL SKDPNEKRDH MVLLEFVTAA GITLGMDELY KG SSQPQKG RKPRDLELPL SPSLLGGPGP ERAPGSGSGS GLQAPGPALA PSLLPTHTLA PVLLTPSSLP PSIHFWSTL (SEP)PIAPRSPAK LSFQFPSSGH HHHHH

UniProtKB: Green fluorescent protein, ETS domain-containing protein Elk-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6h02

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 346324
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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