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- PDB-9f5h: Crystal structure of MGAT5 bump-and-hole mutant in complex with U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f5h
タイトルCrystal structure of MGAT5 bump-and-hole mutant in complex with UDP and M592
要素Secreted alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
キーワードTRANSFERASE / Bump and hole / bioorthogonal tag
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein phosphatase inhibitor activity / manganese ion binding / Maturation of spike protein / viral protein processing ...alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein phosphatase inhibitor activity / manganese ion binding / Maturation of spike protein / viral protein processing / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase family 18 / Domain of unknown function DUF4525 / : / Glycosyltransferase family 18 / MGT5A-like, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Liu, Y. / Bineva-Todd, G. / Meek, R. / Mazo, L. / Piniello, B. / Moroz, O.V. / Begum, N. / Roustan, C. / Tomita, S. / Kjaer, S. ...Liu, Y. / Bineva-Todd, G. / Meek, R. / Mazo, L. / Piniello, B. / Moroz, O.V. / Begum, N. / Roustan, C. / Tomita, S. / Kjaer, S. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Schumann, B.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)951231European Union
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: A Bioorthogonal Precision Tool for Human N -Acetylglucosaminyltransferase V.
著者: Liu, Y. / Bineva-Todd, G. / Meek, R.W. / Mazo, L. / Piniello, B. / Moroz, O. / Burnap, S.A. / Begum, N. / Ohara, A. / Roustan, C. / Tomita, S. / Kjaer, S. / Polizzi, K. / Struwe, W.B. / ...著者: Liu, Y. / Bineva-Todd, G. / Meek, R.W. / Mazo, L. / Piniello, B. / Moroz, O. / Burnap, S.A. / Begum, N. / Ohara, A. / Roustan, C. / Tomita, S. / Kjaer, S. / Polizzi, K. / Struwe, W.B. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Schumann, B.
履歴
登録2024年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secreted alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
B: Secreted alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4219
ポリマ－117,7142
非ポリマー1,7077
水4,900272
1
A: Secreted alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8425
ポリマ－58,8571
非ポリマー9864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Secreted alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5784
ポリマ－58,8571
非ポリマー7213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.507, 69.069, 90.993
Angle α, β, γ (deg.)108.208, 92.088, 106.747
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 214 - 728 / Label seq-ID: 1 - 515

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Secreted alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A / Secreted beta-1 / 6-N-acetylglucosaminyltransferase V / Secreted GNT-V


分子量: 58856.812 Da / 分子数: 2 / 変異: F445V,F504L,E297A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MGAT5 (alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase V) luminal domain with a Lys329-Ile345 loop truncation, and F445V, F504L bump-and-hole mutations and E297A ...詳細: MGAT5 (alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase V) luminal domain with a Lys329-Ile345 loop truncation, and F445V, F504L bump-and-hole mutations and E297A mutation in the active site,MGAT5 (alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase V) luminal domain with a Lys329-Ile345 loop truncation, and F445V, F504L bump-and-hole mutations and E297A mutation in the active site
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGAT5, GGNT5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q09328

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糖 , 2種, 4分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 275分子

#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15-20% PEG3350, 0.1M Tris-HCl pH 8-8.5, 0.3M Li2SO4, 0-10% ethylene glycol, Microseed matrix screening
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.72738 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.72738 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→44.1 Å / Num. obs: 68392 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.23-44.13.60.0196900.9980.0190.027
1.97-2.013.81.55744320.271.5542.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
REFMAC5.8.0425精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→44.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 15.1 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 3266 4.782 %
Rwork0.1996 65034 -
all0.202 --
obs-68300 94.644 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 38.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.475 Å2-0.48 Å2-1.014 Å2
2--0.507 Å20.172 Å2
3----0.494 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→44.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8018 0 106 272 8396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0128329
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0167727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1391.82711294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7461.75617865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.35151001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.407537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72101403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.25510378
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21696
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1770.27129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.23953
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.24404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3150.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.080.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1940.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2520.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4581.9694025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4581.9694025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7963.5325019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7953.5325020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7482.1814304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7322.1784301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2193.9126275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1963.9056270
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.43519.8619105
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.42419.8359079
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1080.0515681
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.108290.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.108290.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.0210.3532180.3474871X-RAY DIFFRACTION95.0504
2.021-2.0760.3392290.334728X-RAY DIFFRACTION95.9543
2.076-2.1360.3382350.3044577X-RAY DIFFRACTION95.3249
2.136-2.2020.3022450.2844416X-RAY DIFFRACTION95.0642
2.202-2.2740.3072130.2774276X-RAY DIFFRACTION94.8046
2.274-2.3540.2652000.2494139X-RAY DIFFRACTION94.1215
2.354-2.4420.2882360.2353927X-RAY DIFFRACTION93.2154
2.442-2.5420.2881700.2243691X-RAY DIFFRACTION90.9541
2.542-2.6540.2711550.2123434X-RAY DIFFRACTION86.8797
2.654-2.7830.2821410.2152856X-RAY DIFFRACTION77.3419
2.783-2.9330.2581750.2053431X-RAY DIFFRACTION96.4945
2.933-3.110.2521630.1893325X-RAY DIFFRACTION99.1191
3.11-3.3240.2341600.1843156X-RAY DIFFRACTION99.222
3.324-3.5880.2181530.1882913X-RAY DIFFRACTION99.3519
3.588-3.9280.2131600.162638X-RAY DIFFRACTION99.3961
3.928-4.3880.1961150.1392420X-RAY DIFFRACTION99.4508
4.388-5.0580.1631180.1242158X-RAY DIFFRACTION99.6934
5.058-6.1740.219710.1641836X-RAY DIFFRACTION99.4265
6.174-8.6480.219570.1721433X-RAY DIFFRACTION99.7991
8.648-44.10.183490.176797X-RAY DIFFRACTION99.2958
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7674-0.14010.20910.72210.18822.11040.0180.04-0.0038-0.09160.015-0.0076-0.06430.0125-0.0330.0219-0.02450.01850.17890.07090.13440.54670.9121-1.0251
20.94440.2115-0.02660.970.16131.79430.0197-0.04220.07620.0746-0.00090.026-0.0408-0.0071-0.01880.01190.00170.02280.16480.07730.12663.154439.7885-35.6928
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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