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万見
- PDB-9f59: Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f59
タイトルPoliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC6b) from a mammalian expression system.
要素
  • Capsid protein VP0
  • Capsid protein VP1
  • Capsid protein VP3
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Capsid protein / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SPHINGOSINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Poliovirus 2 (ポリオウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bahar, M.W. / Porta, C. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationRG.IMCB.I8-TSA-083 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Recombinant expression systems for production of stabilised virus-like particles as next-generation polio vaccines.
著者: Lee Sherry / Mohammad W Bahar / Claudine Porta / Helen Fox / Keith Grehan / Veronica Nasta / Helen M E Duyvesteyn / Luigi De Colibus / Johanna Marsian / Inga Murdoch / Daniel Ponndorf / Seong- ...著者: Lee Sherry / Mohammad W Bahar / Claudine Porta / Helen Fox / Keith Grehan / Veronica Nasta / Helen M E Duyvesteyn / Luigi De Colibus / Johanna Marsian / Inga Murdoch / Daniel Ponndorf / Seong-Ryong Kim / Sachin Shah / Sarah Carlyle / Jessica J Swanson / Sue Matthews / Clare Nicol / George P Lomonossoff / Andrew J Macadam / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Nicola J Stonehouse / David J Rowlands /
要旨: Polioviruses have caused crippling disease in humans for centuries, prior to the successful development of vaccines in the mid-1900's, which dramatically reduced disease prevalence. Continued use of ...Polioviruses have caused crippling disease in humans for centuries, prior to the successful development of vaccines in the mid-1900's, which dramatically reduced disease prevalence. Continued use of these vaccines, however, threatens ultimate disease eradication and achievement of a polio-free world. Virus-like particles (VLPs) that lack a viral genome represent a safer potential vaccine, although they require particle stabilization. Using our previously established genetic techniques to stabilize the structural capsid proteins, we demonstrate production of poliovirus VLPs of all three serotypes, from four different recombinant expression systems. We compare the antigenicity, thermostability and immunogenicity of these stabilized VLPs against the current inactivated polio vaccine, demonstrating equivalent or superior immunogenicity in female Wistar rats. Structural analyses of these recombinant VLPs provide a rational understanding of the stabilizing mutations and the role of potential excipients. Collectively, we have established these poliovirus stabilized VLPs as viable next-generation vaccine candidates for the future.
履歴
登録2024年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP0
C: Capsid protein VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2614
ポリマ－96,9613
非ポリマー2991
水2,216123
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP0
C: Capsid protein VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,835,653240
ポリマ－5,817,683180
非ポリマー17,97060
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1 / P1D / Virion protein 1


分子量: 33105.246 Da / 分子数: 1 / 変異: VP1 V107I, VP1 F134L, VP1 V183L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P06210
#2: タンパク質 Capsid protein VP0 / VP4-VP2


分子量: 37398.816 Da / 分子数: 1 / 変異: VP2 I57V, VP2 D126A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P06210
#3: タンパク質 Capsid protein VP3 / P1C / Virion protein 3


分子量: 26457.322 Da / 分子数: 1 / 変異: VP3 Q178L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P06210
#4: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Poliovirus 2 / タイプ: VIRUS
詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of poliovirus type 2 (MEF-1 strain).
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 5.81 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1
由来(組換発現)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Virus shell 1 / 直径: 310 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7 / 詳細: 1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
11 xDPBS1
220 mMEDTA1
試料濃度: 0.62 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample purified by sucrose density gradient ultracentrifugation.
試料支持詳細: The exact grid type was the Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon. Product code AGS187-4 from Agar Scientific.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: 4 ul of sample blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Preliminary grid screening was performed on a Glacios 200 kV microscope.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 倍率（補正後）: 47393 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 39.08 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1331 / 詳細: Pixel sampling was 1.055 A/pixel.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 詳細: Gatan GIF Quantum energy filter. / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択Template picker
4cryoSPARC4.2.1CTF補正Patch CTF
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当ab initio reconstruction
11cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当Homogeneous reconstruction
12cryoSPARC4.2.1分類Heterogeneous reconstruction
13cryoSPARC4.2.1３次元再構成Homogeneous reconstruction
14PHENIX1.20.1_4487-000モデル精密化
画像処理詳細: EER files were fractionated by 40 fractions.
CTF補正詳細: CTF correction performed using the Patch CTF job in cryoSPARC.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 18864
詳細: Particle picking was performed using the template picker in CryoSPARC.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18378 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: Icosahedral symmetry applied to final reconstruction. Final maps were post-processed with an inverse B-factor of -67.7 Angstrom squared.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera and Coot. Global minimization and B-factor refinement was performed in real space using phenix_real.space.refine.
原子モデル構築PDB-ID: 1EAH

1eah


Accession code: 1EAH / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00237362
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50250898
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.45113524
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0435604
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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