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万見
- EMDB-50176: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) stabilised virus-like particle... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50176
タイトルPoliovirus type 1 (strain Mahoney) stabilised virus-like particle (PV1 SC6b) in complex with GPP3 and GSH.
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: 1-[(3S)-5-[4-[(E)-ETHOXYIMINOMETHYL]PHENOXY]-3-METHYL-PENTYL]-3-PYRIDIN-4-YL-IMIDAZOLIDIN-2-ONE
  • リガンド: GLUTATHIONE
キーワードCapsid protein / virus-like particle / inhibitor / complex / vaccine / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Bahar MW / Nasta V / Sherry L / Stonehouse NJ / Rowlands DJ / Fry EE / Stuart DI
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationRG.IMCB.I8-TSA-083 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Recombinant expression systems for production of stabilised virus-like particles as next-generation polio vaccines.
著者: Lee Sherry / Mohammad W Bahar / Claudine Porta / Helen Fox / Keith Grehan / Veronica Nasta / Helen M E Duyvesteyn / Luigi De Colibus / Johanna Marsian / Inga Murdoch / Daniel Ponndorf / Seong- ...著者: Lee Sherry / Mohammad W Bahar / Claudine Porta / Helen Fox / Keith Grehan / Veronica Nasta / Helen M E Duyvesteyn / Luigi De Colibus / Johanna Marsian / Inga Murdoch / Daniel Ponndorf / Seong-Ryong Kim / Sachin Shah / Sarah Carlyle / Jessica J Swanson / Sue Matthews / Clare Nicol / George P Lomonossoff / Andrew J Macadam / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Nicola J Stonehouse / David J Rowlands /
要旨: Polioviruses have caused crippling disease in humans for centuries, prior to the successful development of vaccines in the mid-1900's, which dramatically reduced disease prevalence. Continued use of ...Polioviruses have caused crippling disease in humans for centuries, prior to the successful development of vaccines in the mid-1900's, which dramatically reduced disease prevalence. Continued use of these vaccines, however, threatens ultimate disease eradication and achievement of a polio-free world. Virus-like particles (VLPs) that lack a viral genome represent a safer potential vaccine, although they require particle stabilization. Using our previously established genetic techniques to stabilize the structural capsid proteins, we demonstrate production of poliovirus VLPs of all three serotypes, from four different recombinant expression systems. We compare the antigenicity, thermostability and immunogenicity of these stabilized VLPs against the current inactivated polio vaccine, demonstrating equivalent or superior immunogenicity in female Wistar rats. Structural analyses of these recombinant VLPs provide a rational understanding of the stabilizing mutations and the role of potential excipients. Collectively, we have established these poliovirus stabilized VLPs as viable next-generation vaccine candidates for the future.
履歴
登録2024年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50176.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 448 pix.
= 483.84 Å		1.08 Å/pix.
x 448 pix.
= 483.84 Å		1.08 Å/pix.
x 448 pix.
= 483.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.7
最小 - 最大-4.2676344 - 7.1320834
平均 (標準偏差)0.031745695 (±0.4177376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 483.84003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50176_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50176_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human poliovirus 1 Mahoney

全体名称: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
要素
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: 1-[(3S)-5-[4-[(E)-ETHOXYIMINOMETHYL]PHENOXY]-3-METHYL-PENTYL]-3-PYRIDIN-4-YL-IMIDAZOLIDIN-2-ONE
  • リガンド: GLUTATHIONE

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超分子 #1: Human poliovirus 1 Mahoney

超分子名称: Human poliovirus 1 Mahoney / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of poliovirus type 1 (Mahoney strain).
NCBI-ID: 12081 / 生物種: Human poliovirus 1 Mahoney / Sci species strain: Mahoney / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.84 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Virus shell 1 / 直径: 310.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
分子量理論値: 33.447586 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: GLGQMLESMI DNTVRETVGA ATSRDALPNT EASGPTHSKE IPALTAVETG ATNPLVPSDT VQTRHVVQHR SRSESSIESF FARGACVTI MTVDNPASTT NKDKLFAVWK ITYKDTVQLR RKLEFFTYSR FDMELTFVVT ANFTETNNGH ALNQVYQIMY V PPGAPVPE ...文字列:
GLGQMLESMI DNTVRETVGA ATSRDALPNT EASGPTHSKE IPALTAVETG ATNPLVPSDT VQTRHVVQHR SRSESSIESF FARGACVTI MTVDNPASTT NKDKLFAVWK ITYKDTVQLR RKLEFFTYSR FDMELTFVVT ANFTETNNGH ALNQVYQIMY V PPGAPVPE KWDDYTWQTS SNPSIFYTYG TAPARISVPY VGISNAYSHF YDGFSKVPLK DQSAALGDSL YGAASLNDFG IL AVRVVND PNPTKVTSKI RVYLKPKHIR VWCPRPPRAV AYYGPGVDYK DGTLTPLSTK DLTTY

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP0

分子名称: Capsid protein VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
分子量理論値: 37.465812 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MGAQVSSQKV GAHENSNGAY GGSTINYTTI NYYRDSASNA ASKQDFSQDP SKFTEPIKDV LIKTAPMLNS PNIEACGYSD RVLQLTLGN STITAQEAAN SVVAYGRWPE YLRDSEANPV DQPTEPEVAA CRFYTLDTVS WTKESRGWWW KLPDALRDMG L FGQNMYYH ...文字列:
MGAQVSSQKV GAHENSNGAY GGSTINYTTI NYYRDSASNA ASKQDFSQDP SKFTEPIKDV LIKTAPMLNS PNIEACGYSD RVLQLTLGN STITAQEAAN SVVAYGRWPE YLRDSEANPV DQPTEPEVAA CRFYTLDTVS WTKESRGWWW KLPDALRDMG L FGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAVPE MCLAGDSNTT TMHTSYQNAN PGEKGGTFTG TFTPDNNQTS PA RRFCPVD YLLGNGTLLG NAFVFPHQII NLRTNNCATL VLPYVNSLSI DSMVKHNNWG IAILPLAPLN FASESSPEIP ITL TIAPMC CEFNGLRNIT LPRLQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
分子量理論値: 26.550549 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: GLPVMNTPGS NQYLTADNFQ SPCALPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPFDLSAT KKNTMEMYRV RLSDKPHTDD PILCLSLSP ASDPRLSHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFM FCGSMMATGK LLVSYAPPGA DPPKKRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV ...文字列:
GLPVMNTPGS NQYLTADNFQ SPCALPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPFDLSAT KKNTMEMYRV RLSDKPHTDD PILCLSLSP ASDPRLSHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFM FCGSMMATGK LLVSYAPPGA DPPKKRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV PWISNTTYRL TIDDSFTEGG YISVFYQTRI VVPLSTPREM DILGFVSACN DFSVRLLRDT THIEQKALAQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: 1-[(3S)-5-[4-[(E)-ETHOXYIMINOMETHYL]PHENOXY]-3-METHYL-PENTYL]-3-P...

分子名称: 1-[(3S)-5-[4-[(E)-ETHOXYIMINOMETHYL]PHENOXY]-3-METHYL-PENTYL]-3-PYRIDIN-4-YL-IMIDAZOLIDIN-2-ONE
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: YM2
分子量理論値: 410.509 Da
Chemical component information

ChemComp-YM2:
1-[(3S)-5-[4-[(E)-ETHOXYIMINOMETHYL]PHENOXY]-3-METHYL-PENTYL]-3-PYRIDIN-4-YL-IMIDAZOLIDIN-2-ONE

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分子 #5: GLUTATHIONE

分子名称: GLUTATHIONE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GSH
分子量理論値: 307.323 Da
Chemical component information

ChemComp-GSH:
GLUTATHIONE / グルタチオン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 構成要素:
濃度名称
1.0 xDPBS
20.0 mMEDTA
/ 詳細: 1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: The exact grid type used was Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon (product AGS187-4, Agar Scientific).
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3-4 ul of sample blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV..
詳細Sample purified by sucrose density gradient ultracentrifugation. Concentrated sample mixed with GPP3 and GSH (10mM final) to form complex.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Calibrated pixel size was 1.08 A/pix.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4467 / 平均露光時間: 0.77 sec. / 平均電子線量: 35.49 e/Å2
詳細: Pixel sampling was 1.08 A/pixel. Images collected in linear mode on Falcon 3.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 129629 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 159830
詳細: Particle picking performed in cryoSPARC using the blob picker.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Five independent 3D models generated in cryoSPARC using ab-initio reconstruction and applying icosahedral symmetry.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
詳細: Icosahedral symmetry applied to final reconstruction. Final maps were post-processed with an inverse B-factor of -146.7 Angstrom squared.
使用した粒子像数: 23721
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
詳細: cryoSPARC ab-initio reconstruction uses stochastic gradient descent.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
詳細: Final angle assignment was achieved by homogeneous refinement procedures in cryoSPARC, which uses branch-and-bound maximum likelihood.
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 4752 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 詳細: 23763 particles used for ab-initio reconstruction.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1hxs


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: UCSF Chimera (ver. 1.16)
詳細Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera and Coot. Global minimization and B-factor refinement was performed in real space using phenix_real.space.refine.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9f3q:
Poliovirus type 1 (strain Mahoney) stabilised virus-like particle (PV1 SC6b) in complex with GPP3 and GSH.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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