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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9f52 | ||||||
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タイトル | UP1 in complex with Z734147462 | ||||||
![]() | Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, N-terminally processed | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / fragment screening / hnRNP A1 / UP1 / RNA/DNA BINDING PROTEIN / UP1-fragment complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / pre-mRNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / nuclear export / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing ...cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / pre-mRNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / nuclear export / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / mRNA transport / cellular response to glucose starvation / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded DNA binding / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dunnett, L. / Prischi, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Enhanced identification of small molecules binding to hnRNP A1 via in silico hotspot and cryptic pockets mapping coupled with X-Ray fragment screening 著者: Dunnett, L. / Prischi, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 746.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 745.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9f4dC ![]() 9f4eC ![]() 9f4fC ![]() 9f4gC ![]() 9f4hC ![]() 9f4jC ![]() 9f4kC ![]() 9f4lC ![]() 9f4mC ![]() 9f4nC ![]() 9f4oC ![]() 9f4pC ![]() 9f4qC ![]() 9f4rC ![]() 9f4sC ![]() 9f4tC ![]() 9f4uC ![]() 9f4vC ![]() 9f4wC ![]() 9f4xC ![]() 9f4yC ![]() 9f4zC ![]() 9f50C ![]() 9f51C ![]() 9f53C ![]() 9f54C ![]() 9f55C ![]() 9f5cC ![]() 9f5dC ![]() 9f5eC ![]() 9f5fC ![]() 9f5gC ![]() 9f5kC ![]() 9f7fC ![]() 9f7hC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22357.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-A1H9W / [ 分子量: 145.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.50, 25% PEG-4000, 8% 2-Methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→37.95 Å / Num. obs: 29582 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.014 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.019 / Χ2: 0.59 / Net I/σ(I): 23.9 / Num. measured all: 53436 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Num. measured all: 2345 / Num. unique obs: 1417 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.56 / Net I/σ(I) obs: 7.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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