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- PDB-9f4a: Interface between baseplate cup and extended tail tube/sheath of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f4a
タイトルInterface between baseplate cup and extended tail tube/sheath of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
要素
  • (Baseplate wedge ...) x 6
  • Baseplate central spike protein
  • Baseplate subunit
  • Baseplate tail tube cap
  • IraD/Gp25-like domain-containing protein
  • Long tail fiber proximal subunit
  • Putative baseplate hub subunit
  • Tail sheath protein
  • Tail tube protein
キーワードVIRUS / Baseplate cup / baseplate wedge / fibers
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme ...virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Tail-tube assembly protein / : / Long-tail fiber proximal subunit, C-terminal, second / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 ...Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Tail-tube assembly protein / : / Long-tail fiber proximal subunit, C-terminal, second / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, C-terminal / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, N-terminal / Gp27, baseplate hub, domain 3 / Gp27, baseplate hub, domain 4 / Gp27, baseplate hub, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 1 / : / Tail sheath protein Gp18-like domain I / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp6 / : / : / : / : / : / : / Baseplate wedge protein gp6-like, helical domain / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain I / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain II / Baseplate wedge protein gp6, domain II / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain III / Baseplate wedge protein gp10 domain 3 / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IraD/Gp25-like domain-containing protein / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge tail fiber connector / Tail sheath protein / Baseplate wedge protein gp10 / Tail tube protein / Baseplate wedge protein gp7 / Baseplate tail tube cap / Baseplate wedge subunit ...IraD/Gp25-like domain-containing protein / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge subunit / Baseplate wedge tail fiber connector / Tail sheath protein / Baseplate wedge protein gp10 / Tail tube protein / Baseplate wedge protein gp7 / Baseplate tail tube cap / Baseplate wedge subunit / Long tail fiber proximal subunit / Baseplate subunit / Putative baseplate hub subunit / Baseplate central spike protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella phage KP1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Orlova, E.V. / Isupov, M.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Baseplate cup of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
著者: Orlova, E.V. / Isupov, M.N.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Le: Long tail fiber proximal subunit
Lf: Long tail fiber proximal subunit
Lg: Long tail fiber proximal subunit
Lh: Long tail fiber proximal subunit
Li: Long tail fiber proximal subunit
Lj: Long tail fiber proximal subunit
LS: Long tail fiber proximal subunit
LT: Long tail fiber proximal subunit
LU: Long tail fiber proximal subunit
LV: Long tail fiber proximal subunit
LW: Long tail fiber proximal subunit
LX: Long tail fiber proximal subunit
LY: Long tail fiber proximal subunit
LZ: Long tail fiber proximal subunit
La: Long tail fiber proximal subunit
Lb: Long tail fiber proximal subunit
Lc: Long tail fiber proximal subunit
Ld: Long tail fiber proximal subunit
BM: Baseplate tail tube cap
BK: Baseplate tail tube cap
BO: Baseplate tail tube cap
BP: Baseplate tail tube cap
BL: Baseplate tail tube cap
BN: Baseplate tail tube cap
BQ: Baseplate subunit
BV: Baseplate subunit
BS: Baseplate subunit
BR: Baseplate subunit
BT: Baseplate subunit
BU: Baseplate subunit
AX: Baseplate wedge protein gp6
AW: Baseplate wedge protein gp6
AT: Baseplate wedge protein gp6
AS: Baseplate wedge protein gp6
AV: Baseplate wedge protein gp6
AU: Baseplate wedge protein gp6
AR: Baseplate wedge protein gp6
AQ: Baseplate wedge protein gp6
AN: Baseplate wedge protein gp6
AM: Baseplate wedge protein gp6
AP: Baseplate wedge protein gp6
AO: Baseplate wedge protein gp6
AY: Baseplate wedge protein gp7
AZ: Baseplate wedge protein gp7
A0: Baseplate wedge protein gp7
A1: Baseplate wedge protein gp7
A2: Baseplate wedge protein gp7
A3: Baseplate wedge protein gp7
A4: Baseplate wedge subunit
A9: Baseplate wedge subunit
A6: Baseplate wedge subunit
A5: Baseplate wedge subunit
A8: Baseplate wedge subunit
A7: Baseplate wedge subunit
Ad: Baseplate wedge subunit
Ac: Baseplate wedge subunit
Af: Baseplate wedge subunit
Ae: Baseplate wedge subunit
Ab: Baseplate wedge subunit
Aa: Baseplate wedge subunit
LN: Baseplate wedge tail fiber connector
LO: Baseplate wedge tail fiber connector
LM: Baseplate wedge tail fiber connector
LQ: Baseplate wedge tail fiber connector
LR: Baseplate wedge tail fiber connector
LP: Baseplate wedge tail fiber connector
LB: Baseplate wedge tail fiber connector
LC: Baseplate wedge tail fiber connector
LA: Baseplate wedge tail fiber connector
LE: Baseplate wedge tail fiber connector
LF: Baseplate wedge tail fiber connector
LD: Baseplate wedge tail fiber connector
LH: Baseplate wedge tail fiber connector
LI: Baseplate wedge tail fiber connector
LG: Baseplate wedge tail fiber connector
LK: Baseplate wedge tail fiber connector
LL: Baseplate wedge tail fiber connector
LJ: Baseplate wedge tail fiber connector
FA: Baseplate wedge protein gp10
FB: Baseplate wedge protein gp10
FC: Baseplate wedge protein gp10
FJ: Baseplate wedge protein gp10
FK: Baseplate wedge protein gp10
FL: Baseplate wedge protein gp10
FS: Baseplate wedge protein gp10
FT: Baseplate wedge protein gp10
FU: Baseplate wedge protein gp10
Fb: Baseplate wedge protein gp10
Fc: Baseplate wedge protein gp10
Fd: Baseplate wedge protein gp10
Fk: Baseplate wedge protein gp10
Fl: Baseplate wedge protein gp10
Fm: Baseplate wedge protein gp10
Ft: Baseplate wedge protein gp10
Fu: Baseplate wedge protein gp10
Fv: Baseplate wedge protein gp10
SA: Tail sheath protein
SB: Tail sheath protein
SC: Tail sheath protein
SD: Tail sheath protein
SE: Tail sheath protein
SF: Tail sheath protein
SK: Tail sheath protein
SG: Tail sheath protein
SL: Tail sheath protein
SH: Tail sheath protein
SI: Tail sheath protein
SJ: Tail sheath protein
SQ: Tail sheath protein
SP: Tail sheath protein
SM: Tail sheath protein
SN: Tail sheath protein
SO: Tail sheath protein
SR: Tail sheath protein
SW: Tail sheath protein
SS: Tail sheath protein
ST: Tail sheath protein
SU: Tail sheath protein
SV: Tail sheath protein
SX: Tail sheath protein
SY: Tail sheath protein
SZ: Tail sheath protein
Sa: Tail sheath protein
Sb: Tail sheath protein
Sc: Tail sheath protein
Sd: Tail sheath protein
Se: Tail sheath protein
Sf: Tail sheath protein
Sg: Tail sheath protein
Sh: Tail sheath protein
Si: Tail sheath protein
Sj: Tail sheath protein
Sk: Tail sheath protein
Sl: Tail sheath protein
Sm: Tail sheath protein
Sn: Tail sheath protein
So: Tail sheath protein
Sp: Tail sheath protein
TM: Tail tube protein
TN: Tail tube protein
TO: Tail tube protein
TP: Tail tube protein
TQ: Tail tube protein
TR: Tail tube protein
TW: Tail tube protein
TS: Tail tube protein
TT: Tail tube protein
TU: Tail tube protein
TV: Tail tube protein
TX: Tail tube protein
TY: Tail tube protein
TZ: Tail tube protein
Ta: Tail tube protein
Tb: Tail tube protein
Tc: Tail tube protein
Td: Tail tube protein
Te: Tail tube protein
Tf: Tail tube protein
Tg: Tail tube protein
Th: Tail tube protein
Ti: Tail tube protein
Tj: Tail tube protein
Tk: Tail tube protein
Tl: Tail tube protein
Tm: Tail tube protein
Tn: Tail tube protein
To: Tail tube protein
Tp: Tail tube protein
Tq: Tail tube protein
Tr: Tail tube protein
Ts: Tail tube protein
Tt: Tail tube protein
Tu: Tail tube protein
Tv: Tail tube protein
AA: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AB: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AD: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AC: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AE: IraD/Gp25-like domain-containing protein
AF: IraD/Gp25-like domain-containing protein
BE: Putative baseplate hub subunit
BF: Putative baseplate hub subunit
BG: Putative baseplate hub subunit
AL: Baseplate wedge subunit
AI: Baseplate wedge subunit
AG: Baseplate wedge subunit
AK: Baseplate wedge subunit
AH: Baseplate wedge subunit
AJ: Baseplate wedge subunit
BB: Baseplate central spike protein
BC: Baseplate central spike protein
BD: Baseplate central spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,021,558193
ポリマ－11,021,523192
非ポリマー351
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 8種, 120分子 LeLfLgLhLiLjLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLdBMBKBOBPBLBNBQBVBSBRBTBU...

#1: タンパク質
Long tail fiber proximal subunit


分子量: 138688.438 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A5B9NKG2
#2: タンパク質
Baseplate tail tube cap


分子量: 38263.664 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V618
#3: タンパク質
Baseplate subunit


分子量: 33716.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A7I8V4E3
#9: タンパク質 ...
Tail sheath protein


分子量: 71695.094 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5S7
#10: タンパク質 ...
Tail tube protein


分子量: 18633.738 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5T6
#11: タンパク質
IraD/Gp25-like domain-containing protein


分子量: 15382.360 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0K1Y5J2
#12: タンパク質 Putative baseplate hub subunit


分子量: 43526.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A7T3TJP2
#14: タンパク質 Baseplate central spike protein / Peptidoglycan hydrolase


分子量: 63317.457 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A976LXP5, lysozyme

-
Baseplate wedge ... , 6種, 72分子 AXAWATASAVAUARAQANAMAPAOAYAZA0A1A2A3A4A9A6A5A8A7AdAcAfAeAbAa...

#4: タンパク質
Baseplate wedge protein gp6


分子量: 73689.242 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5R4
#5: タンパク質
Baseplate wedge protein gp7


分子量: 119645.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5T9
#6: タンパク質
Baseplate wedge subunit


分子量: 38704.387 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2Z4QAY9
#7: タンパク質
Baseplate wedge tail fiber connector


分子量: 32380.195 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5S1
#8: タンパク質
Baseplate wedge protein gp10


分子量: 66712.070 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5S8
#13: タンパク質
Baseplate wedge subunit


分子量: 24693.420 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5R5

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#15: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: vB_Kpn_Lilla1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #3-#10, #12, #2, #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: vB_Kpn_Lilla1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Klebsiella
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100mM NaCl, 8mM MgSO4, 50mM Tris-HCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 92 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
詳細: Alignment procedure: EPU Autocoma and Autosrigmate Residual tilt (if alignment procedure is coma free, mrad): 68 Software used to collect images EPU 2.4, Tomo 5.13 Film/CCD/Direct electron ...詳細: Alignment procedure: EPU Autocoma and Autosrigmate Residual tilt (if alignment procedure is coma free, mrad): 68 Software used to collect images EPU 2.4, Tomo 5.13 Film/CCD/Direct electron detector model*: post GIF K3
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 83505 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: OTHER
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93.6 K / 最低温度: 78.7 K / Residual tilt: 68 mradians
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 4092 / 縦: 5760

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解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 34529
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2415 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
精密化解像度: 3.95→546.304 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.862 / WRfactor Rwork: 0.45 / SU B: 91.285 / SU ML: 1.147 / Average fsc overall: 0.5353 / Average fsc work: 0.5353 / ESU R: 0.783 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.4502 5540952 -
all0.45 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 161.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.567 Å20.001 Å2-0.005 Å2
2---3.559 Å2-0.003 Å2
3---7.126 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.012617673
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.6161.639839550
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg9.653577358
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg33.9522.84533063
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.47415101298
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg20.856153864
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.110.283688
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.02478928
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.2070.201536822
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2960.202862928
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.0770.244032
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it10.88715.452310035
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it18.09523.144387192
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it14.3616.596307638
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it23.64724.431452358
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it35.887290.0742396147
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
3.95-4.0530.6364100200.6364100200.2870.636
4.053-4.1640.5674004030.5674004030.320.567
4.164-4.2840.5313886400.5313886400.3860.531
4.284-4.4160.5193774380.5193774380.4210.519
4.416-4.5610.4983651980.4983651980.4930.498
4.561-4.7210.4943541980.4943541980.5280.494
4.721-4.8990.4863416420.4863416420.5420.486
4.899-5.0990.4773277380.4773277380.5820.477
5.099-5.3260.4773160610.4773160610.5820.477
5.326-5.5860.4743006570.4743006570.5750.474
5.586-5.8880.4742864310.4742864310.5770.474
5.888-6.2450.4722703630.4722703630.5690.472
6.245-6.6760.4762549340.4762549340.5650.476
6.676-7.2110.4622363860.4622363860.6060.462
7.211-7.8990.4372178160.4372178160.6710.437
7.899-8.8320.4141971340.4141971340.7350.414
8.832-10.1970.3791735520.3791735520.7970.379
10.197-12.4880.3411470320.3411470320.8390.341
12.488-17.6560.3361132610.3361132610.8450.336
17.656-546.3040.334620480.334620480.9180.334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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