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- PDB-9f41: Crystal structure of the NTD domain from S. cerevisia Niemann-Pic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f41
タイトルCrystal structure of the NTD domain from S. cerevisia Niemann-Pick type C protein NCR1 with cholesterol bound
要素NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cholesterol / vacuole / NCR1 / Niemann-Pick type C protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Intestinal lipid absorption / LDL clearance / sterol binding / sterol transport / sphingolipid metabolic process / fungal-type vacuole membrane / transmembrane transporter activity / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Nel, L. / Olesen, E. / Frain, K.M. / Pedersen, B.P.
資金援助 デンマーク, European Union, 3件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research0135-00032B デンマーク
The Carlsberg FoundationCF19-0127 デンマーク
European Research Council (ERC)637372European Union
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2025
タイトル: Structural and biochemical analysis of ligand binding in yeast Niemann-Pick type C1-related protein.
著者: Nel, L. / Thaysen, K. / Jamecna, D. / Olesen, E. / Szomek, M. / Langer, J. / Frain, K.M. / Hoglinger, D. / Wustner, D. / Pedersen, B.P.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
B: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
C: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
D: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,95563
ポリマ－111,2394
非ポリマー16,71559
水3,477193
1
A: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,73816
ポリマ－27,8101
非ポリマー4,92815
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,57914
ポリマ－27,8101
非ポリマー3,76913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,02819
ポリマ－27,8101
非ポリマー4,21818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,61014
ポリマ－27,8101
非ポリマー3,80013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.030, 109.780, 151.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

SO4

21A-303-

SO4

31A-404-

HOH

41A-430-

HOH

51B-427-

HOH

61B-443-

HOH

71D-412-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 20 through 241 or resid 300...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 20 through 241 or resid 300...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 20 through 241 or resid 300...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 20 through 404 or resid 406 or resid 409 through 413 or resid 414))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11THRTHRHISHISAA20 - 24120 - 241
d_12CLRCLRCLRCLRAQ301
d_13NAGNAGNAGNAGEE1
d_14NAGNAGNAGNAGEE2
d_15BMABMABMABMAEE3
d_16MANMANMANMANEE4
d_17MANMANMANMANEE5
d_18NAGNAGNAGNAGFF1
d_19MANMANMANMANFF4
d_110NAGNAGNAGNAGGG1
d_111NAGNAGNAGNAGGG2
d_112BMABMABMABMAGG3
d_113MANMANMANMANGG4
d_114MANMANMANMANGG7
d_21THRTHRHISHISBB20 - 24120 - 241
d_22CLRCLRCLRCLRBCA301
d_23NAGNAGNAGNAGHH1
d_24NAGNAGNAGNAGHH2
d_25BMABMABMABMAHH3
d_26MANMANMANMANHH4
d_27MANMANMANMANHH5
d_28NAGNAGNAGNAGII2
d_29MANMANMANMANII5
d_210NAGNAGNAGNAGJJ1
d_211NAGNAGNAGNAGJJ2
d_212BMABMABMABMAJJ3
d_213MANMANMANMANJJ4
d_214MANMANMANMANHH6
d_31THRTHRHISHISCC20 - 24120 - 241
d_32CLRCLRCLRCLRCMA301
d_33NAGNAGNAGNAGMK1
d_34NAGNAGNAGNAGMK2
d_35BMABMABMABMAMK3
d_36MANMANMANMANMK4
d_37MANMANMANMANMK6
d_38NAGNAGNAGNAGKL2
d_39MANMANMANMANKL4
d_310NAGNAGNAGNAGLM1
d_311NAGNAGNAGNAGLM2
d_312BMABMABMABMALM3
d_313MANMANMANMANLM4
d_314MANMANMANMANMK5
d_41THRTHRHISHISDD20 - 24120 - 241
d_42CLRCLRCLRCLRDBB301
d_43NAGNAGNAGNAGNN1
d_44NAGNAGNAGNAGNN2
d_45BMABMABMABMANN3
d_46MANMANMANMANNN4
d_47MANMANMANMANNN7
d_48NAGNAGNAGNAGOO1
d_49MANMANMANMANOO4
d_410NAGNAGNAGNAGPP1
d_411NAGNAGNAGNAGPP2
d_412BMABMABMABMAPP3
d_413MANMANMANMANPP4
d_414MANMANMANMANNN6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999907855172, -0.0134588587829, -0.00177208492242), (0.0135748744839, -0.99194522578, -0.125938047607), (-6.28287803407E-5, -0.125950498898, 0.992036525477)162.567189454, 272.282664239, 17.0904359112
2given(0.999801296618, 0.0193940341206, -0.00460854875395), (-0.0186287801816, 0.991304629183, 0.130261662468), (0.00709477484011, -0.130149927393, 0.991468940799)44.0396499058, 2.53332248775, 18.5603239701
3given(-0.999810700725, 0.0177783182427, -0.00790532204249), (-0.0178068204941, -0.999835144454, 0.00354979687501), (-0.00784090938777, 0.0036898935516, 0.999962451708)205.140073232, 275.39856152, 1.52409755842

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1 / Niemann-Pick type C-related protein 1


分子量: 27809.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NCR1, YPL006W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12200

-
糖 , 7種, 12分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-g1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 240分子

#9: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#11: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#12: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.35 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05 M ZnSO4, 42% peg 200, 0.1 M Mes pH 6 and 3% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→47.14 Å / Num. obs: 45563 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 79.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.39
反射 シェル解像度: 2.64→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 1.958 / Num. unique obs: 7073 / CC1/2: 0.536 / Rrim(I) all: 2.082

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSapp v3.19データ削減
XDSapp v3.19データスケーリング
PHASER位相決定
Cootv0.9.8.92モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→47.14 Å / SU ML: 0.4444 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.3445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 2082 4.6 %
Rwork0.2255 43175 -
obs0.2271 45257 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 90.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6936 0 1026 193 8155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00378087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.618210948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04531363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.28093286
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.6740956107
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.5416995788
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.21105248639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.70.38071220.38982532X-RAY DIFFRACTION87.59
2.7-2.770.3931380.35732860X-RAY DIFFRACTION99.9
2.77-2.840.39711370.33742833X-RAY DIFFRACTION99.93
2.84-2.930.40421390.35092873X-RAY DIFFRACTION99.83
2.93-3.020.33761390.31982872X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.130.34821400.29092887X-RAY DIFFRACTION99.97
3.13-3.260.35481390.26182889X-RAY DIFFRACTION99.9
3.26-3.40.26461410.25132903X-RAY DIFFRACTION99.97
3.4-3.580.28491380.25262867X-RAY DIFFRACTION99.97
3.58-3.810.26091410.21742903X-RAY DIFFRACTION99.97
3.81-4.10.20821400.18332906X-RAY DIFFRACTION99.84
4.1-4.510.18791410.17922910X-RAY DIFFRACTION99.93
4.51-5.170.22571410.17752938X-RAY DIFFRACTION99.87
5.17-6.510.24721440.2072982X-RAY DIFFRACTION99.87
6.51-47.140.24641420.21883020X-RAY DIFFRACTION96.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 103.344532657 Å / Origin y: 136.804725559 Å / Origin z: 21.4415281888 Å
111213212223313233
T0.661202830271 Å20.0394600652585 Å20.000771265471894 Å2-0.413763748706 Å2-0.0437003875187 Å2--0.475164467234 Å2
L1.42529594899 °20.225932847713 °2-0.0596296702193 °2-0.272456926159 °20.0472268589193 °2--0.331728440323 °2
S0.0234715734471 Å °-0.21649091663 Å °0.340503570742 Å °-0.0764760721727 Å °0.00425061726612 Å °0.0128545734192 Å °-0.120947930272 Å °0.00069318088935 Å °-0.0183033659104 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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