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- PDB-9f40: Crystal structure of the NTD domain from S. cerevisia Niemann-Pic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f40
タイトルCrystal structure of the NTD domain from S. cerevisia Niemann-Pick type C protein NCR1 with ergosterol bound
要素NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ergosterol / vacuole / NCR1 / Niemann-Pick type C protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Intestinal lipid absorption / LDL clearance / sterol binding / sterol transport / sphingolipid metabolic process / fungal-type vacuole membrane / transmembrane transporter activity / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONITRILE / ERGOSTEROL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Nel, L. / Olesen, E. / Frain, K.M. / Pedersen, B.P.
資金援助 デンマーク, European Union, 3件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research0135-00032B デンマーク
The Carlsberg FoundationCF19-0127 デンマーク
European Research Council (ERC)637372European Union
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2025
タイトル: Structural and biochemical analysis of ligand binding in yeast Niemann-Pick type C1-related protein.
著者: Nel, L. / Thaysen, K. / Jamecna, D. / Olesen, E. / Szomek, M. / Langer, J. / Frain, K.M. / Hoglinger, D. / Wustner, D. / Pedersen, B.P.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
B: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
C: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
D: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,16079
ポリマ－111,2394
非ポリマー16,92175
水3,495194
1
A: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,32019
ポリマ－27,8101
非ポリマー4,51018
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,86819
ポリマ－27,8101
非ポリマー4,05818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,17124
ポリマ－27,8101
非ポリマー4,36123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,80117
ポリマ－27,8101
非ポリマー3,99216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.760, 109.580, 151.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

SO4

21A-402-

HOH

31B-429-

HOH

41D-414-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 20 through 241 or resid 300 through 403))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 20 through 241 or resid 300 through 403))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 20 through 241 or resid 300 through 403))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 20 through 241 or resid 300 through 403))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11THRTHRHISHISAA20 - 24120 - 241
d_12ERGERGERGERGAQ301
d_13NAGNAGNAGNAGEE1
d_14NAGNAGNAGNAGEE2
d_15BMABMABMABMAEE3
d_16MANMANMANMANEE7
d_21THRTHRHISHISBB20 - 24120 - 241
d_22ERGERGERGERGBFA301
d_23NAGNAGNAGNAGHH1
d_24NAGNAGNAGNAGHH2
d_25BMABMABMABMAHH3
d_26MANMANMANMANHH4
d_31THRTHRHISHISCC20 - 24120 - 241
d_32ERGERGERGERGCUA301
d_33NAGNAGNAGNAGKK1
d_34NAGNAGNAGNAGKK2
d_35BMABMABMABMAKK3
d_36MANMANMANMANKK4
d_41THRTHRHISHISDD20 - 24120 - 241
d_42ERGERGERGERGDOB301
d_43NAGNAGNAGNAGNN1
d_44NAGNAGNAGNAGNN2
d_45BMABMABMABMANN3
d_46MANMANMANMANNN7

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999694761285, -0.0247047974019, -0.000239260086604), (0.0245772247192, -0.993451860706, -0.111576702252), (0.00251878644568, -0.111548525072, 0.993755796093)165.124534929, 271.199589121, 15.0068553579
2given(0.999639570891, 0.0266823285233, -0.00296338538953), (-0.0261584194166, 0.992899596287, 0.116043650347), (0.00603865895852, -0.11592430736, 0.993239693911)43.5025154398, 2.79643540701, 16.7253393833
3given(-0.99999969131, 0.00047132480028, -0.000628675191999), (-0.000475355139979, -0.999979238927, 0.00642617717731), (-0.000625633323353, 0.0064264740376, 0.99997915429)208.788424944, 273.797240428, 0.793304894209

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1 / Niemann-Pick type C-related protein 1


分子量: 27809.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NCR1, YPL006W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12200

-
糖 , 7種, 12分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 257分子

#9: 化合物
ChemComp-ERG / ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル


分子量: 396.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C28H44O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#11: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#12: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#13: 化合物
ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3N
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM ZnSO4, 42% PEG 200, 4% v/v acetonitrile and 100mM MES pH 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→47.18 Å / Num. obs: 58262 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.47 % / Biso Wilson estimate: 74.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 12.19
反射 シェル解像度: 2.44→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 1.514 / Num. unique obs: 9257 / CC1/2: 0.619 / Rrim(I) all: 1.628

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→45.05 Å / SU ML: 0.4178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.834
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 2096 3.61 %
Rwork0.2143 56007 -
obs0.2159 58103 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→45.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6936 0 1033 194 8163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00368078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.660110899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04351336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00321304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.80663260
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.00773348616
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.04168851412
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.541384656542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.50.43631370.39483686X-RAY DIFFRACTION99.82
2.5-2.560.42231370.3363675X-RAY DIFFRACTION99.95
2.56-2.630.3111380.30273681X-RAY DIFFRACTION99.92
2.63-2.710.30061370.28653702X-RAY DIFFRACTION99.92
2.71-2.790.32971390.28353706X-RAY DIFFRACTION99.92
2.79-2.890.3011390.28933705X-RAY DIFFRACTION99.95
2.89-3.010.34671380.28073701X-RAY DIFFRACTION99.79
3.01-3.150.31581390.26233708X-RAY DIFFRACTION99.9
3.15-3.310.26511400.243740X-RAY DIFFRACTION99.85
3.31-3.520.29291400.23043731X-RAY DIFFRACTION99.97
3.52-3.790.26921400.20363746X-RAY DIFFRACTION99.92
3.79-4.170.19671400.17153745X-RAY DIFFRACTION99.95
4.17-4.770.19041420.16463793X-RAY DIFFRACTION99.82
4.77-6.010.20481420.18473814X-RAY DIFFRACTION99.85
6.01-45.050.29041480.21313874X-RAY DIFFRACTION97.13
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 104.345318123 Å / Origin y: 136.733230677 Å / Origin z: 21.4033352199 Å
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精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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