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- PDB-9f3o: Crystal structure of the open state of apo Kluyveromyces lactis g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f3o
タイトルCrystal structure of the open state of apo Kluyveromyces lactis glucokinase
要素Glucokinase-1
キーワードTRANSFERASE / sugar metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


glucokinase / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion ...glucokinase / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Glucokinase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Weisse, R.H. / Kuettner, E.B. / Keim, A. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis of hexose specificity and catalytic properties of Kluyveromyces lactis glucokinase KlGlk1
著者: Weisse, R.H. / Kettner, K. / Lilie, H. / Funk, L. / Roedel, G. / Tittmann, K. / Strater, N. / Kriegel, T.M.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase-1
B: Glucokinase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8484
ポリマ－107,6442
非ポリマー2042
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area39390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.433, 116.433, 377.053
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 43 or resid 51 through 481 or resid 600))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERGLUGLUAA2 - 432 - 43
d_12GLYGLYTYRTYRAA51 - 48151 - 481
d_13MLIMLIMLIMLIAC600
d_21SERSERTYRTYRBB2 - 4812 - 481
d_22MLIMLIMLIMLIBD600

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.629293243666, 0.106718722899, -0.769805902588), (0.156501699365, -0.952834149515, -0.260027501648), (-0.761247155378, -0.28410948189, 0.582910431137)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.629293243666, 0.106718722899, -0.769805902588), (0.156501699365, -0.952834149515, -0.260027501648), (-0.761247155378, -0.28410948189, 0.582910431137)
ベクター: -28.544362831, -75.2482977553, -27.6734208333)

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要素

#1: タンパク質 Glucokinase-1 / Glucose kinase 1 / GLK-1 / Hexokinase GLK1


分子量: 53822.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: JA6 / 遺伝子: GLK1, KLLA0C01155g / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): JA6 / 参照: UniProt: Q6CUZ3, glucokinase, hexokinase
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: droplet: 1:1 mixture of protein and reservoir protein supplemented with: 10 mM MgCl2 10 mM AMPPNP reservoir solution: 100 mM Na citrate (pH 3.0) 1.5 M Na malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→29.02 Å / Num. obs: 28489 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 70.484 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 3.08→3.27 Å / 冗長度: 6.4 % / Num. unique obs: 4437 / CC1/2: 0.794 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210205データ削減
XSCALEVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210205データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.08→29.02 Å / SU ML: 0.4436 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6232
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 1449 5.09 %
Rwork0.2134 27010 -
obs0.2151 28459 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→29.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7484 0 14 0 7498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.476310341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03741180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3482809
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.93058855299 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.08-3.190.42771430.38122510X-RAY DIFFRACTION94.45
3.19-3.320.3251470.28352683X-RAY DIFFRACTION99.47
3.32-3.470.30441560.27092643X-RAY DIFFRACTION99.26
3.47-3.650.29421420.26682701X-RAY DIFFRACTION99.23
3.65-3.880.23651460.22542672X-RAY DIFFRACTION98.88
3.88-4.180.25591360.21642687X-RAY DIFFRACTION98.74
4.18-4.60.21491450.19982698X-RAY DIFFRACTION98.27
4.6-5.260.21961540.18672707X-RAY DIFFRACTION98.28
5.26-6.610.25931360.22132781X-RAY DIFFRACTION98.25
6.61-29.020.21091440.16262928X-RAY DIFFRACTION96.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.542673011170.6333807171560.7849770592221.071792711820.8132301406382.84240555511-0.07338096250880.0741024980320.166064264950.08224537412090.1171673295390.249814771297-0.0398654082757-0.181508198347-0.01618889065790.6114622759350.06299549033130.03266119753360.4167722033430.04851506913020.631766979745-24.216-21.6990.131
22.683483712951.276826234090.6262265401322.500753890480.9240686909221.146423719970.1177180469760.111127730158-0.4161606102090.1730199498450.0170249940444-0.1580285220320.2447361045120.125619370669-0.1534490788770.7186907654680.0700215649922-0.1066346637130.507272364079-0.09828947269020.742376743075-15.241-58.074-3.579
32.36914720361-0.1526004137880.3571895039232.83834933071-0.4991597314143.95512695006-0.1640607882140.08158025809380.0331793560293-0.2717272920220.2012600062550.126442858244-0.123877083652-0.0211765177582-0.03937626493110.571684829318-0.0425635792438-0.1116205439070.553399213472-0.03797590412780.579391194356-24.465-16.216-29.595
41.31137407541-0.4202809290140.6738209301691.664417646520.6455779567913.195052086250.07953105193540.0628925170902-0.0756419999623-0.7062054251640.561541643376-0.439764351092-0.001500765632370.505966462179-0.6338971447651.14475814354-0.0756501691449-0.02410011935681.29524498641-0.2170976584741.143698267516.215-56.082-21.112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:61 OR RESID 205:463 ) )A2 - 61
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:61 OR RESID 205:463 ) )A205 - 463
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 2:61 OR RESID 205:463 ) )B2 - 61
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 2:61 OR RESID 205:463 ) )B205 - 463
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 62:204 OR RESID 464:481 ) )A62 - 204
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 62:204 OR RESID 464:481 ) )A464 - 481
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 62:204 OR RESID 464:481 ) )B62 - 204
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 62:204 OR RESID 464:481 ) )B464 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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