PDB-9f3l: Crystal structure of Kluyveromyces lactis glucokinase mutant H304...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f3l

タイトル

Crystal structure of Kluyveromyces lactis glucokinase mutant H304Q in complex with mannose

要素

Glucokinase-1

キーワード

TRANSFERASE / sugar metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

glucokinase / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Weisse, R.H. / Strater, N.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis of hexose specificity and catalytic properties of Kluyveromyces lactis glucokinase KlGlk1
著者: Weisse, R.H. / Kettner, K. / Lilie, H. / Funk, L. / Roedel, G. / Tittmann, K. / Strater, N. / Kriegel, T.M.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f3l.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f3l.ent.gz	931.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/9f3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/9f3l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9f3iC 9f3jC 9f3kC 9f3mC 9f3nC 9f3oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDUA6associated SAS data, KlGlk1 mutant H304Q without ligand SASBDB: SASDUB6associated SAS data, KlGlk1 mutant H304Q in complex with fructose SASBDB: SASDUC6associated SAS data, KlGlk1 mutant H304Q in complex with mannose

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucokinase-1

B: Glucokinase-1

C: Glucokinase-1

D: Glucokinase-1

ヘテロ分子

218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucokinase-1

B: Glucokinase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glucokinase-1

D: Glucokinase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.412, 88.340, 212.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.920, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Space group name Hall	C2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 84 or resid 86...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 84 or resid 86...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 84 or resid 86...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 84 or resid 86...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	SER	SER	VAL	VAL	A	A	2 - 84	2 - 84
d_1	2	SER	SER	PHE	PHE	A	A	86 - 121	86 - 121
d_1	3	HIS	HIS	THR	THR	A	A	123 - 412	123 - 412
d_1	4	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	414 - 459	414 - 459
d_1	5	LEU	LEU	TYR	TYR	A	A	461 - 481	461 - 481
d_1	6	MAN	MAN	MAN	MAN	A	E	501
d_1	7	MLI	MLI	MLI	MLI	A	F	502
d_1	8	MLI	MLI	MLI	MLI	A	G	503
d_2	1	SER	SER	VAL	VAL	B	B	2 - 84	2 - 84
d_2	2	SER	SER	PHE	PHE	B	B	86 - 121	86 - 121
d_2	3	HIS	HIS	THR	THR	B	B	123 - 412	123 - 412
d_2	4	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	414 - 459	414 - 459
d_2	5	LEU	LEU	TYR	TYR	B	B	461 - 481	461 - 481
d_2	6	MAN	MAN	MAN	MAN	B	I	501
d_2	7	MLI	MLI	MLI	MLI	A	H	504
d_2	8	MLI	MLI	MLI	MLI	B	J	502
d_3	1	SER	SER	VAL	VAL	C	C	2 - 84	2 - 84
d_3	2	SER	SER	PHE	PHE	C	C	86 - 121	86 - 121
d_3	3	HIS	HIS	THR	THR	C	C	123 - 412	123 - 412
d_3	4	ALA	ALA	VAL	VAL	C	C	414 - 459	414 - 459
d_3	5	LEU	LEU	TYR	TYR	C	C	461 - 481	461 - 481
d_3	6	MAN	MAN	MAN	MAN	C	N	501
d_3	7	MLI	MLI	MLI	MLI	C	O	502
d_3	8	MLI	MLI	MLI	MLI	C	P	503
d_4	1	SER	SER	VAL	VAL	D	D	2 - 84	2 - 84
d_4	2	SER	SER	PHE	PHE	D	D	86 - 121	86 - 121
d_4	3	HIS	HIS	THR	THR	D	D	123 - 412	123 - 412
d_4	4	ALA	ALA	VAL	VAL	D	D	414 - 459	414 - 459
d_4	5	LEU	LEU	TYR	TYR	D	D	461 - 481	461 - 481
d_4	6	MAN	MAN	MAN	MAN	D	U	501
d_4	7	MLI	MLI	MLI	MLI	C	T	507
d_4	8	MLI	MLI	MLI	MLI	D	V	502

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999408166774, 0.00698851941948, -0.0336819949059), (-0.00883329709048, 0.894175791404, 0.447628894208), (0.0332458876709, 0.447661495623, -0.893584856793)	43.7170466529, -30.6487004186, 126.989255534
2	given	(-0.0185117585244, 0.481412681851, -0.876298547613), (-0.0350966480106, 0.87559570695, 0.481767976591), (0.999212459938, 0.0396735141252, 0.000687155150667)	21.9986657876, 13.2709743566, 63.6738472174
3	given	(0.0587859384744, -6.68888234664E-5, 0.998270609085), (-0.00278004327528, 0.999996109057, 0.000230715012589), (-0.998266740304, -0.00278879829224, 0.0587855237878)	-106.518081517, 46.0645943796, 100.676380265

#1: タンパク質

Glucokinase-1 / Glucose kinase 1 / GLK-1 / Hexokinase GLK1

分子量: 53812.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: JA6 / 遺伝子: GLK1, KLLA0C01155g / 発現宿主:

Kluyveromyces (菌類) / 株 (発現宿主): JA6 / 参照: UniProt: Q6CUZ3, glucokinase, hexokinase

#2: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト

分子量: 102.046 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: droplet: 1:1 mixture of protein and reservoir protein supplemented with: 9.8 mM mannose 9.8 mM DTT reservoir solution: 1.6 M sodium malonate pH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→146.45 Å / Num. obs: 130184 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 69.98 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.48→2.52 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6479 / CC_1/2: 0.285 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS	1.dev.877-g8f078f0	データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.48→64.28 Å / SU ML: 0.3931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.0499
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2368	6451	4.97 %
R_work	0.2114	123349	-
obs	0.2126	129800	97.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→64.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15072	0	181	120	15373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0043	15558
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6102	21045
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0411	2401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	2743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9408	5750

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.74319156919
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.53105384943
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.96280453226

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.51	0.3895	210	0.3953	4048	X-RAY DIFFRACTION	96.86
2.51-2.54	0.3616	235	0.371	4084	X-RAY DIFFRACTION	97.74
2.54-2.57	0.3634	226	0.3594	4105	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.57-2.6	0.3787	210	0.3559	4176	X-RAY DIFFRACTION	97.81
2.6-2.64	0.3518	245	0.3565	4032	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.64-2.67	0.4041	199	0.3969	4111	X-RAY DIFFRACTION	97.8
2.67-2.71	0.4481	193	0.4093	4064	X-RAY DIFFRACTION	97.55
2.71-2.75	0.3937	237	0.3813	4103	X-RAY DIFFRACTION	97.7
2.75-2.79	0.3811	215	0.3613	4110	X-RAY DIFFRACTION	97.78
2.79-2.84	0.3194	192	0.3388	3937	X-RAY DIFFRACTION	93.06
2.84-2.89	0.3043	208	0.3165	3995	X-RAY DIFFRACTION	95.85
2.89-2.94	0.2939	221	0.2716	4178	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.94-3	0.3067	232	0.2707	4106	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3-3.06	0.2997	222	0.2596	4179	X-RAY DIFFRACTION	98.77
3.06-3.12	0.2845	185	0.2704	4180	X-RAY DIFFRACTION	98.55
3.12-3.2	0.2774	205	0.2727	4095	X-RAY DIFFRACTION	97.99
3.2-3.28	0.2835	218	0.272	4135	X-RAY DIFFRACTION	97.95
3.28-3.37	0.3022	252	0.2847	4076	X-RAY DIFFRACTION	98.32
3.37-3.46	0.2652	164	0.2284	4092	X-RAY DIFFRACTION	96.27
3.46-3.58	0.2595	186	0.2328	3962	X-RAY DIFFRACTION	93.32
3.58-3.7	0.2292	220	0.2155	4159	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.7-3.85	0.2212	229	0.1868	4150	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.85-4.03	0.198	198	0.183	4233	X-RAY DIFFRACTION	98.47
4.03-4.24	0.191	252	0.1748	4092	X-RAY DIFFRACTION	98.75
4.24-4.51	0.1769	204	0.1588	4201	X-RAY DIFFRACTION	97.98
4.51-4.85	0.1618	189	0.1532	3958	X-RAY DIFFRACTION	93.89
4.85-5.34	0.1833	215	0.1578	4223	X-RAY DIFFRACTION	99.08
5.34-6.11	0.2226	227	0.181	4235	X-RAY DIFFRACTION	98.94
6.11-7.7	0.218	238	0.1827	4053	X-RAY DIFFRACTION	95.55
7.7-64.28	0.204	224	0.1611	4277	X-RAY DIFFRACTION	97.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.771969578054	0.211742610992	0.0417071469297	1.36215285053	0.22490341989	1.89322146293	0.100425414779	-0.0751972431333	-0.0355802013378	-0.17295207026	-0.129655556907	-0.0465032396509	-0.0751019301412	-0.152270881936	-1.16099935294E-6	0.586953039716	0.077442800931	0.211696428758	0.657579780123	0.123084842382	0.627587301964	37.8067165634	-11.4403146167	55.8764692977
2	1.87297883074	-0.844386953248	0.551692467639	1.41178911365	-0.529606982854	2.06616819127	-0.0952465437029	0.0645320037508	-0.450084682869	-0.0198193330274	-0.0741004007023	0.42529788592	0.160073064324	-0.154409888729	-0.0024021278573	0.571739806668	-0.0403793798821	0.139963122807	0.795865964654	0.0753029714454	0.898616762368	3.87433822473	-16.0080986506	73.2357912766
3	1.79673380603	-0.523103214817	-0.50548052973	1.18335042588	0.717490222144	1.19656489683	0.151229462074	-0.373325305813	-0.134169134054	0.293448772797	-0.16295640259	0.075678291703	0.360137771907	0.0362157784771	2.84041685074E-6	0.963211880534	-0.0286116982931	-0.118680514444	0.819475177732	0.0256417863309	0.56546881311	-33.0928397191	28.9640867403	101.117370594
4	1.81847052929	-0.00500221468413	0.15922768563	0.918557319037	-0.236398013542	0.736582264828	0.036082195319	-0.088961149587	0.00891814014158	-0.00381930190203	-0.153638794161	0.0198995300609	0.029492086436	-0.0248652653287	9.84438388445E-7	0.66770623733	0.0576333496394	-0.1677762365	0.467492202272	-0.0757582680901	0.678686799265	-48.5276891069	34.616340354	66.2326238745
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6	1.32798355238	-1.28592947232	-0.0846980301908	1.96179677641	0.740865952225	1.82244469416	-0.372245712795	-0.0292770789932	0.117756751261	0.0854678355934	0.0540117776644	0.29025771279	-0.511347127071	-0.274035387899	-3.73513783525E-5	0.7184026435	0.132765055415	-0.0921937379677	0.919596954433	0.0415005897622	0.89999635087	-5.68305976403	7.78862853332	73.2425508138
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8	0.702529487648	-0.452342869693	0.243253631081	2.91429723378	-1.29642079526	1.54100595139	-0.148418980815	0.00967644434029	0.27883280751	-0.0141063444844	-0.0752888233271	-0.175793965371	-0.123195000002	0.19792045025	-6.81874240887E-6	0.706450596252	-0.0326996880076	-0.203544811578	0.571524475999	0.0376936102172	0.78683787599	-36.8756610587	56.0180505781	57.2807998937

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain A and (resi 2:63 or resi 205:463)	A	A	2 - 463	2 - 462
2	2	chain B and (resi 2:63 or resi 205:463)	B	F	2 - 463	2 - 462
3	3	chain C and (resi 2:63 or resi 205:463)	C	N	2 - 463	2 - 462
4	4	chain D and (resi 2:63 or resi 205:463)	D	V	2 - 463	2 - 462
5	5	chain A and (resi 64:204 or resi 464:481)	A	A	64 - 481	63 - 480
6	6	chain B and (resi 64:204 or resi 464:481)	B	F	64 - 481	63 - 480
7	7	chain C and (resi 64:204 or resi 464:481)	C	N	64 - 481	63 - 480
8	8	chain D and (resi 64:204 or resi 464:481)	D	V	64 - 481	63 - 480

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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