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- PDB-9f3n: Crystal structure of the intermediate open state of apo Kluyverom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f3n
タイトルCrystal structure of the intermediate open state of apo Kluyveromyces lactis glucokinase
要素Glucokinase-1
キーワードTRANSFERASE / sugar metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


glucokinase / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion ...glucokinase / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Glucokinase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Weisse, R.H. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of hexose specificity and catalytic properties of Kluyveromyces lactis glucokinase KlGlk1
著者: Weisse, R.H. / Kettner, K. / Lilie, H. / Funk, L. / Roedel, G. / Tittmann, K. / Strater, N. / Kriegel, T.M.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase-1
B: Glucokinase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,66512
ポリマ－107,6442
非ポリマー1,02010
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Equilibrium of a monomeric and a homodimeric state in solution. Exchange of key residues of the dimer interface essentially abolishes dimer formation.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area38070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.664, 177.664, 90.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 42 or resid 49 through 481 or resid 482 through 495))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERTYRTYRAA2 - 4812 - 481
d_12MLIMLIMLIMLIAC501
d_13MLIMLIMLIMLIAD502
d_14MLIMLIMLIMLIAE503
d_15MLIMLIMLIMLIAF504
d_21SERSERCYSCYSBB2 - 422 - 42
d_22ASNASNTYRTYRBB49 - 48149 - 481
d_23MLIMLIMLIMLIBH501
d_24MLIMLIMLIMLIAG505
d_25MLIMLIMLIMLIBI502
d_26MLIMLIMLIMLIBJ503

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.952998832407, 0.0343941654138, -0.301015392989), (0.00775998417209, -0.99043861993, -0.137735699061), (-0.302874574827, -0.133597835071, 0.943619950185)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.952998832407, 0.0343941654138, -0.301015392989), (0.00775998417209, -0.99043861993, -0.137735699061), (-0.302874574827, -0.133597835071, 0.943619950185)
ベクター: -79.795107867, -88.3348061803, -18.4312936091)

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要素

#1: タンパク質 Glucokinase-1 / Glucose kinase 1 / GLK-1 / Hexokinase GLK1


分子量: 53822.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: JA6 / 遺伝子: GLK1, KLLA0C01155g / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): JA6 / 参照: UniProt: Q6CUZ3, glucokinase, hexokinase
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: droplet: 1:1 mixture of protein and reservoir protein supplemented with: 9.9 mM DTT reservoir solution: 100 mM Na citrate pH 6.0 1.8 M Na malonate pH 5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→153.86 Å / Num. obs: 47188 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 73.29 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 9.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4587 / CC1/2: 0.302 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALS1.dev.877-g8f078f0データ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
MR-RosettaROSETTA 3.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→76.93 Å / SU ML: 0.4245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.602
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1889 4.01 %
Rwork0.2162 45226 -
obs0.2169 47115 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→76.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7492 0 70 17 7579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.509310407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03871181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.63432829
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.73730627393 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.720.40471290.37173479X-RAY DIFFRACTION99.64
2.72-2.80.33581690.33273406X-RAY DIFFRACTION99.69
2.8-2.890.34531430.31363439X-RAY DIFFRACTION99.8
2.89-30.34431290.31233497X-RAY DIFFRACTION99.94
3-3.120.32981340.32573482X-RAY DIFFRACTION99.86
3.12-3.260.33891570.30623430X-RAY DIFFRACTION99.97
3.26-3.430.2821550.25543481X-RAY DIFFRACTION99.97
3.43-3.640.23041480.22563448X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.930.23341460.21423478X-RAY DIFFRACTION99.97
3.93-4.320.18861380.18023513X-RAY DIFFRACTION99.97
4.32-4.950.16821500.16293484X-RAY DIFFRACTION100
4.95-6.230.21171390.19443514X-RAY DIFFRACTION99.97
6.23-76.930.20971520.18013575X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.381291219331.16872102919-0.4018473152652.15942640667-0.07019300122641.56521956383-0.1029947284140.1151628353160.0250244310052-0.0703758701020.2478528445750.1072779501140.129089942904-0.171903076071.06836421695E-50.703647971129-0.132231722004-0.09479535210240.6553487802110.04961162496030.543914634863-46.6288412493-62.65872881351.58645059315
21.11613981794-0.222804064216-0.0922552416841.782300038610.07346071143594.15315818211-0.09168686736850.161804485182-0.03604162696650.04884389522850.321808083693-0.2282972774-0.2410842232620.30459592608-3.90367856951E-50.802471675889-0.104900698710.04255653232090.755692323178-0.07468630645830.733955802665-32.5525530889-69.7733650799-21.2906578428
33.31409218325-0.1529352057741.482152263121.55668545952-0.2901545546392.20501587839-0.182410975561-0.06279126265030.3855013146160.2547270132720.0574991929576-0.0776071516209-0.289431101038-0.197512187662-5.29399345617E-60.6990097853910.0526195380014-0.06029450744140.6030735250.001770932661690.634663590121-38.5160756597-26.30377728665.53731114285
42.371566320880.557313539498-0.03732218344783.2834190146-1.50641157623.88211807979-0.3279416697010.09082222262250.0789943993342-0.01214576331910.150282185891-0.121022099675-0.17919352068-0.0403779836251-2.30849668755E-50.6963419460190.112187622808-0.1266797498050.6487563765470.08415077578840.782776614404-44.5881698764-16.7596806766-19.021639928
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and (resi 2:63 or resi 205:463)AA2 - 4632 - 456
22chain A and (resi 64:204 or resi 464:481)AA64 - 48157 - 474
33chain B and (resi 2:63 or resi 205:463)BG2 - 4632 - 462
44chain B and (resi 64:204 or resi 464:481)BG64 - 48163 - 480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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