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- PDB-9f3m: Crystal structure of Kluyveromyces lactis glucokinase mutant H304... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f3m
タイトルCrystal structure of Kluyveromyces lactis glucokinase mutant H304Q in complex with fructose
要素Glucokinase-1
キーワードTRANSFERASE / sugar metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


glucokinase / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion ...glucokinase / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructofuranose / MALONATE ION / Glucokinase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Weisse, R.H. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis of hexose specificity and catalytic properties of Kluyveromyces lactis glucokinase KlGlk1
著者: Weisse, R.H. / Kettner, K. / Lilie, H. / Funk, L. / Roedel, G. / Tittmann, K. / Strater, N. / Kriegel, T.M.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase-1
B: Glucokinase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,90313
ポリマ－107,6242
非ポリマー1,27911
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, equilibrium of monomer and homodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint37 kcal/mol
Surface area37680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.116, 207.116, 89.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 481 or resid 500 through 512))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERTYRTYRAA2 - 4812 - 481
d_12FRUFRUFRUFRUAC501
d_13MLIMLIMLIMLIAD502
d_14MLIMLIMLIMLIAE503
d_15MLIMLIMLIMLIAF504
d_21SERSERTYRTYRBB2 - 4812 - 481
d_22FRUFRUFRUFRUBH501
d_23MLIMLIMLIMLIAG505
d_24MLIMLIMLIMLIBI502
d_25MLIMLIMLIMLIBJ503

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.998055558117, 0.0483515221151, 0.0393348855574), (-0.0610857987174, -0.884247259824, -0.463006812788), (0.0123946806217, -0.464509325851, 0.885481483765)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.998055558117, 0.0483515221151, 0.0393348855574), (-0.0610857987174, -0.884247259824, -0.463006812788), (0.0123946806217, -0.464509325851, 0.885481483765)
ベクター: 39.0255091512, 120.700115669, 28.2408864164)

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要素

#1: タンパク質 Glucokinase-1 / Glucose kinase 1 / GLK-1 / Hexokinase GLK1


分子量: 53812.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: JA6 / 遺伝子: GLK1, KLLA0C01155g / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): JA6 / 参照: UniProt: Q6CUZ3, glucokinase, hexokinase
#2: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: droplet: 1:1 mixture of protein and reservoir protein supplemented with: 9.8 mM fructose 9.8 mM DTT reservoir solution: 1.4 M sodium malonate pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→73.23 Å / Num. obs: 58352 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 94.84 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 4493 / CC1/2: 0.349 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALS1.dev.877-g8f078f0データ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→51.78 Å / SU ML: 0.4221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.2732
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 1458 2.62 %
Rwork0.2475 54280 -
obs0.2478 55738 95.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 120.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→51.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7536 0 87 35 7658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00187760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.487810495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03751196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00291366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.94082862
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.43414172477 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.35921150.39154123X-RAY DIFFRACTION72.86
2.69-2.80.3471610.37475342X-RAY DIFFRACTION95.04
2.8-2.930.35751540.38745588X-RAY DIFFRACTION98.97
2.93-3.080.37451250.38315637X-RAY DIFFRACTION99.09
3.08-3.280.41741540.3495543X-RAY DIFFRACTION98.48
3.28-3.530.3271350.3275538X-RAY DIFFRACTION97.49
3.53-3.880.35311340.30715508X-RAY DIFFRACTION96.56
3.88-4.440.25551530.24115540X-RAY DIFFRACTION97.58
4.45-5.60.22261490.21375677X-RAY DIFFRACTION99.13
5.6-51.780.20581780.1885784X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.962935875960.9180380983341.009525380614.237495239450.7588105937093.559399918440.30710187128-0.406118150128-0.04819866209650.07872948811830.1367368921080.7363820309490.256069314893-0.651090676928-0.4129840272280.564586617720.148286522843-0.1331365246041.019183438580.05800961499830.9339367030934.0769109604970.44210886099.07015450113
22.27831994984-0.6469897269840.3787323957453.26268709385-0.08668087935783.742319070950.00345051729054-0.3969900961040.0378228629116-0.5934985886640.293678577710.5823199753880.0994629968356-0.514262577438-0.2827812024240.906514257817-0.051759611142-0.4674023489971.12472907524-0.03033237641911.21699864044-5.7455465433470.8422124138-14.8473744982
33.15165537216-0.912694502838-0.2051227445173.29943431308-0.573170703822.705218039150.4712673679770.165964199126-0.368068950114-0.539539596759-0.1301168351230.2679737260180.4592593735740.0936131095267-0.3307024235060.970509973940.478139821964-0.2310357305840.952045342368-0.201381358170.6515288802838.606566535953.88737358213.65149262274
43.23991871377-0.102661803895-1.656603963153.080026665911.771459711595.526369564220.257703894136-0.1112973900980.387798509523-0.6435018238630.00120153014022-0.0836149899092-0.281931690715-0.171920831082-0.2707333926380.9881835296620.4650554554440.0876405312960.9575865917580.06270914211970.68795907490447.818552986265.4303953053-17.9840521487
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and (resi 2:63 or resi 205:463)AA2 - 4632 - 462
22chain A and (resi 64:204 or resi 464:481)AA64 - 48163 - 480
33chain B and (resi 2:63 or resi 205:463)BG2 - 4632 - 462
44chain B and (resi 64:204 or resi 464:481)BG64 - 48163 - 480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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