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万見
- PDB-9f37: Replication-like initiation state of influenza polymerase with GT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f37
タイトルReplication-like initiation state of influenza polymerase with GTP and CTP at respectively the -1 and +1 positions (strain A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010/H17N10)
要素
  • 3' end of the vRNA promoter
  • 5' end of the vRNA promoter
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : ...PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.905 Å
データ登録者Cusack, S. / Drncova, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0028 フランス
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: High-resolution structure of a replication-initiation like configuration of influenza polymerase active site visualises the essential role of a conserved dibasic motif in the PA subunit
著者: Cusack, S. / Drncova, P. / Krischuns, T. / Naffakh, N.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
R: 3' end of the vRNA promoter
V: 5' end of the vRNA promoter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,28315
ポリマ－276,2285
非ポリマー2,05510
水12,611700
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.937, 119.005, 251.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 85490.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal His-tag and C-terminal linker and TEV cleavage site
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010/H17N10
遺伝子: PA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H6QM92
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit


分子量: 87936.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal linker and C-terminal linker and TEV cleavage site
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010/H17N10
遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H6QM91, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2


分子量: 91027.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal linker and C-terminal linker and double STREP tag
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010/H17N10
遺伝子: PB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H6QM90

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RNA鎖 , 2種, 2分子 RV

#4: RNA鎖 3' end of the vRNA promoter


分子量: 6525.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
#5: RNA鎖 5' end of the vRNA promoter


分子量: 5248.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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非ポリマー , 6種, 710分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-MGT / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7,8-ジヒドロ-7-メチルグアノシン5′-三りん酸


分子量: 539.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 % / 解説: long prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5 mg/ml polymerase with 5.1 mg/ml (19.5 microM) with 1.14 x molar excess of each RNA (v5' 1-16, v3' 1-18+3 and 15-mer capped primer, see Figure 1a) mixed in 1:1 ratio of 100 mM amino acids, ...詳細: 5 mg/ml polymerase with 5.1 mg/ml (19.5 microM) with 1.14 x molar excess of each RNA (v5' 1-16, v3' 1-18+3 and 15-mer capped primer, see Figure 1a) mixed in 1:1 ratio of 100 mM amino acids, 100 mM Tris/Bicine pH8.5, 8% ethylene glycol (v/v), 4% PEG 8000 (w/v) by hanging drop at room temperature. Soaking was performed with 5 mM GTP, 5 mM CTP and 5 mM MgCl2 for 5h.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.905→86.6 Å / Num. obs: 151625 / % possible obs: 71.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.91→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.955 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 283 / CC1/2: 0.708 / Rrim(I) all: 1.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.905→86.566 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.464 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 7590 5.006 %
Rwork0.1891 144035 -
all0.191 --
obs-151625 71.224 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 49.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.165 Å2-0 Å20 Å2
2--0.223 Å2-0 Å2
3----0.058 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.905→86.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17411 639 126 700 18876
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01218747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01617529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.8425478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4951.77240421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.87652201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.4995138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.189525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.745103320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.19610845
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.22836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024357
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.24092
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1880.216793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.29107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.29938
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1330.24
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1510.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2450.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6235.0038774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6235.0038774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5098.96510985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5088.96510986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8765.3259973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8765.3259973
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0939.61914493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0939.61914494
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.16945.82221642
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.17145.78821501
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.905-1.9550.419150.3352680.339155790.9240.9281.81650.334
1.955-2.0080.312620.30411130.305151890.9380.9487.73590.302
2.008-2.0660.2961440.27530330.276148290.9450.95221.42420.268
2.066-2.130.2662330.25144310.252143780.9560.95932.43840.245
2.13-2.20.2763820.24466830.246139340.950.96250.70330.232
2.2-2.2770.2645030.23798030.238134970.9550.96376.35770.221
2.277-2.3630.2756510.238119360.24130030.950.96396.80070.221
2.363-2.4590.2756480.224119160.227125860.950.96899.82520.202
2.459-2.5680.2565860.207114290.209120160.9610.97499.99170.186
2.568-2.6940.2455700.19109660.192115440.9650.97899.93070.17
2.694-2.8390.2455250.186104840.189110090.9630.9791000.168
2.839-3.0110.2394910.1998960.192103890.9630.97899.98080.173
3.011-3.2190.2344760.19293180.19497970.9650.97999.96940.179
3.219-3.4760.2394720.20186830.20391600.9680.97999.94540.19
3.476-3.8080.2414200.19380240.19584470.9680.98199.96450.185
3.808-4.2560.1953890.16472710.16676600.9780.9851000.16
4.256-4.9120.2033680.14364140.14667820.9770.9881000.145
4.912-6.0110.2342850.1855300.18358160.9710.98499.98280.182
6.011-8.4810.2062230.17943310.1845600.9780.98499.86840.185
8.481-86.5660.1931470.18225060.18226650.9740.97399.54970.209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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