PDB-9eyn: The structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eyn

タイトル

The structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav prepared on DOPC, cholesterol, sphingomyelin membranes

要素

Actinoporin

キーワード

TOXIN / Actinoporin / Pore-forming toxin / Pore / Octamer / Transmembrane pore / cholesterol / Nanopore

機能・相同性

: / CHOLESTEROL

機能・相同性情報

生物種

Orbicella faveolata (無脊椎動物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å

データ登録者

Solinc, G. / Srnko, M. / Svigel, T. / Anderluh, G. / Podobnik, M.

資金援助

スロベニア, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav prepared on DOPC:sphingomyelin membranes
著者: Solinc, G. / Srnko, M. / Anderluh, G. / Podobnik, M.

履歴

登録	2024年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eyn.cif.gz	377 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eyn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eyn_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eyn_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	9eyn_validation.xml.gz	105 KB	表示
CIF形式データ	9eyn_validation.cif.gz	99.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9eyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9eyn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	50058MC 50057C 50059C 50060C 9eymC 9eyoC 9eyl C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Actinoporin

B: Actinoporin

C: Actinoporin

D: Actinoporin

E: Actinoporin

F: Actinoporin

G: Actinoporin

H: Actinoporin

ヘテロ分子

296 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Actinoporin / Fav 分子量: 28803.260 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The protein was expressed with an N-terminal addition of 6xHis tag and TEV cleavage site. After removing the His-tag, the final construct has three additional residues at the N-terminal (GHM). 由来: (組換発現) Orbicella faveolata (無脊椎動物) プラスミド: pET28a (+) 詳細 (発現宿主): modified pET28a (+) plasmid with the N-terminal 6 histidine tag and TEV restriction site (ENLYFQGHM) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	... ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル分子量: 386.654 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O
#3: 化合物	... ChemComp-A1H8M / Sphingomyelin C18 / trimethyl-[2-[[(E,2S,3R)-2-(octadecanoylamino)-3-oxidanyl-octadec-4-enoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium 分子量: 732.089 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₈₄N₂O₆P
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Octameric Fav pore in complex with sphingomyelin and cholesterol molecules solubilized by detergents
タイプ: COMPLEX
詳細: Octameric Fav pore prepared on 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DOPC):sphingomyelin:cholesterol (1:1:1 molar ratio) membranes
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Orbicella faveolata (無脊椎動物)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 細胞: DE3 / プラスミド: pET28a

緩衝液

pH: 8 / 詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris/HCl, 0.02 % Brij 35, pH 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	50 mM	Tris		1
3	0.02 %	Brij 35		1

試料

濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
画像スキャン	横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 40

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	v4	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	cryoSPARC	v4	CTF補正
7	UCSF ChimeraX	1.6	モデルフィッティング
9	cryoSPARC	V4	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	v4	最終オイラー角割当
11	cryoSPARC	v4	分類
12	cryoSPARC	v4	３次元再構成
13	Coot	0.98	モデル精密化
14	PHENIX	1.19	モデル精密化
15	ISOLDE	1.6	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1266343 / 詳細: Number of particles after template picking

対称性

点対称性: C₈ (8回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223527 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

詳細: Pore structure of the same protein from related entries
Source name: Other / タイプ: experimental model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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