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- PDB-9ey6: Crystal structure of human tyrosinase-related protein 1 (TYRP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ey6
タイトルCrystal structure of human tyrosinase-related protein 1 (TYRP1)
要素5,6-dihydroxyindole-2-carboxylic acid oxidase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / melanogenesis / human tyrosinase / tyrosinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


acetoacetic acid metabolic process / Melanin biosynthesis / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他分子を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / tyrosinase activity / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanocyte differentiation / melanosome membrane / melanosome organization / intracellular vesicle ...acetoacetic acid metabolic process / Melanin biosynthesis / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他分子を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / tyrosinase activity / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanocyte differentiation / melanosome membrane / melanosome organization / intracellular vesicle / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / melanosome / oxidoreductase activity / endosome membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5,6-dihydroxyindole-2-carboxylic acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.228 Å
データ登録者Ng, Y.M. / Soler-Lopez, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission847439European Union
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Interactions of Phenylalanine Derivatives with Human Tyrosinase: Lessons from Experimental and Theoretical tudies.
著者: Faure, C. / Min Ng, Y. / Belle, C. / Soler-Lopez, M. / Khettabi, L. / Saidi, M. / Berthet, N. / Maresca, M. / Philouze, C. / Rachidi, W. / Reglier, M. / du Moulinet d'Hardemare, A. / Jamet, H.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5,6-dihydroxyindole-2-carboxylic acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,22616
ポリマ－50,7761
非ポリマー4,45015
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.754, 103.754, 140.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5,6-dihydroxyindole-2-carboxylic acid oxidase / DHICA oxidase / Catalase B / Glycoprotein 75 / Melanoma antigen gp75 / Tyrosinase-related protein 1 ...DHICA oxidase / Catalase B / Glycoprotein 75 / Melanoma antigen gp75 / Tyrosinase-related protein 1 / TRP / TRP-1 / TRP1


分子量: 50776.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYRP1, CAS2, TYRP, TYRRP / プラスミド: pACEBac1 / Cell (発現宿主): Insect Cell / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P17643, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P17643, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他分子を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む

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糖 , 5種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 191分子

#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 6000, zinc chloride, Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.227→50 Å / Num. obs: 81266 / % possible obs: 99.06 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 44.72 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1136 / Rpim(I) all: 0.06149 / Rrim(I) all: 0.1295 / Net I/σ(I): 6.55
反射 シェル解像度: 2.24→2.29 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.158 / Num. unique obs: 3810 / CC1/2: 0.46 / CC star: 0.794 / Rpim(I) all: 0.6229 / % possible all: 86.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.228→44.967 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.166 / SU B: 5.179 / SU ML: 0.122 / Average fsc free: 0.9633 / Average fsc work: 0.9743 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 2108 4.939 %RANDOM
Rwork0.1698 40574 --
all0.172 ---
obs-42682 98.043 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 52.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.698 Å20.349 Å2-0 Å2
2--0.698 Å20 Å2
3----2.265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.228→44.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3571 0 279 182 4032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0124017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8681.8415504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6621.7548125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.565452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.925535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.56910561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.19810196
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1860.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1980.23214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21984
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1150.21971
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.3440.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2870.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3750.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.080.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7915.0241796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7895.0241796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8999.0342246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.8989.0392247
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7836.0282221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.7836.0292222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.83710.8423256
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.83510.8423257
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.17754.4854363
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.19954.0874329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.228-2.2850.348990.29422870.29632050.9190.93974.44620.28
2.285-2.3480.291320.26129340.26230660.9360.9521000.242
2.348-2.4160.2691740.2428340.24130090.9550.96199.96680.218
2.416-2.490.3111350.2327910.23429280.9440.96699.93170.208
2.49-2.5710.2421480.21227050.21428530.9640.9711000.19
2.571-2.6610.2781310.20926180.21227490.9550.9721000.188
2.661-2.7610.2511210.19424940.19726160.9570.97799.96180.174
2.761-2.8730.2321360.17924430.18225790.9640.981000.16
2.873-3.0010.2091500.18423090.18624600.9680.9899.95940.169
3.001-3.1460.2171050.16922450.17123500.9660.9831000.158
3.146-3.3160.1991260.17821150.1822420.9740.98199.95540.17
3.316-3.5160.1921040.17220170.17321220.9780.98499.95290.167
3.516-3.7570.2021160.16618920.16820090.980.98699.95020.163
3.757-4.0550.2081070.14317530.14718600.9780.9871000.146
4.055-4.4390.168780.12516460.12717240.9850.991000.132
4.439-4.9570.177660.12215240.12415920.9830.99199.87440.13
4.957-5.7120.187710.13113370.13414100.9820.9999.85820.139
5.712-6.9680.215510.15211580.15412100.9770.98899.91740.159
6.968-9.7380.168320.1469170.1469500.9830.98699.89470.161
9.738-44.9670.202260.2325550.2315920.9780.95198.14190.305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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