PDB-9evm: High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 30 of the c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9evm

タイトル

High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 30 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [20.7 MGy]

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / electron transfer / Nitrite binding / nitrite reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, A.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

アルゼンチン, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9evm.cif.gz	160.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9evm.ent.gz	122.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9evm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9evm_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9evm_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9evm_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	9evm_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8sC 8rflC 8rfoC 8rfpC 8rfqC 8rfrC 8rfsC 8rftC 8rfuC 8rfvC 8rfwC 8rfxC 8rfyC 8rg8C 8rg9C 8rgbC 8rgcC 8rgdC 8ru9C 8rurC 8ryjC 8ryrC 8ryuC 8ryvC 8s0wC 8s2qC 8s5xC 8s5yC 8s63C 8s64C 8s68C 8s69C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.56, 104.56, 64.66
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-723- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Copper-containing nitrite reductase

分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 309分子

#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION 分子量: 46.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 7.3, 1.8 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.77491 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.77491 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.28 Å / Num. obs: 37438 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.095 / R_rim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 2237 / CC_1/2: 0.365 / R_pim(I) all: 0.873 / R_rim(I) all: 1.518

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	位相決定
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→30.002 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / WR_factor R_free: 0.184 / WR_factor R_work: 0.15 / SU B: 2.786 / SU ML: 0.081 / Average fsc free: 0.9708 / Average fsc work: 0.9775 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1833	1873	5.007 %
R_work	0.1516	35538	-
all	0.153	-	-
obs	-	37411	99.925 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.482 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.067 Å²	0.034 Å²	0 Å²
2-	-	0.067 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.218 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2558	0	51	301	2910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.707	1.84	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.553	1.759	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.444	5	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.798	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.347	10	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.546	10	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.131	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.121	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.117	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.148	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.024	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.11	2.536	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.109	2.536	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.992	4.544	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.992	4.546	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.178	2.972	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.178	2.973	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.804	5.261	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.802	5.261	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.526	31.38	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.535	31.382	3064

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.288	144	0.288	2625	0.288	2771	0.941	0.941	99.9278	0.285
1.847-1.897	0.228	147	0.247	2521	0.246	2668	0.96	0.955	100	0.243
1.897-1.952	0.262	132	0.24	2485	0.241	2617	0.954	0.958	100	0.23
1.952-2.012	0.245	98	0.213	2418	0.214	2516	0.962	0.968	100	0.2
2.012-2.077	0.219	128	0.196	2317	0.198	2445	0.966	0.974	100	0.182
2.077-2.15	0.221	97	0.174	2274	0.176	2372	0.967	0.98	99.9578	0.158
2.15-2.23	0.204	137	0.163	2165	0.166	2302	0.973	0.982	100	0.147
2.23-2.321	0.202	119	0.146	2080	0.149	2199	0.971	0.986	100	0.13
2.321-2.424	0.195	102	0.149	2006	0.151	2108	0.974	0.986	100	0.134
2.424-2.541	0.216	115	0.145	1898	0.149	2013	0.975	0.988	100	0.131
2.541-2.677	0.156	97	0.142	1862	0.143	1959	0.984	0.99	100	0.129
2.677-2.838	0.186	82	0.146	1721	0.148	1803	0.985	0.989	100	0.137
2.838-3.032	0.209	67	0.141	1643	0.143	1713	0.976	0.988	99.8249	0.136
3.032-3.273	0.173	97	0.124	1518	0.127	1615	0.982	0.99	100	0.124
3.273-3.581	0.134	64	0.117	1415	0.118	1479	0.989	0.992	100	0.122
3.581-3.996	0.141	72	0.113	1273	0.115	1347	0.988	0.992	99.8515	0.125
3.996-4.601	0.138	64	0.112	1131	0.113	1196	0.989	0.993	99.9164	0.132
4.601-5.602	0.14	51	0.117	960	0.118	1013	0.987	0.992	99.8026	0.14
5.602-7.788	0.195	45	0.15	752	0.152	798	0.979	0.986	99.8747	0.176
7.788-30.002	0.182	15	0.198	474	0.198	492	0.977	0.977	99.3902	0.234

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