PDB-8ryv: MSOX movie series dataset 10 (11.5 MGy) for nitrite bound BrJNiR ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ryv

タイトル

MSOX movie series dataset 10 (11.5 MGy) for nitrite bound BrJNiR (Cu containing nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 at pH 8.

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / electron transfer / Nitrite binding / nitrite reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, A.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

アルゼンチン,

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ryv.cif.gz	164.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ryv.ent.gz	125.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ryv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/8ryv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/8ryv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8sC 8rflC 8rfoC 8rfpC 8rfqC 8rfrC 8rfsC 8rftC 8rfuC 8rfvC 8rfwC 8rfxC 8rfyC 8rg8C 8rg9C 8rgbC 8rgcC 8rgdC 8ru9C 8rurC 8ryjC 8ryrC 8ryuC 8s0wC 8s2qC 8s5xC 8s5yC 8s63C 8s64C 8s68C 8s69C 9evmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.3, 104.3, 64.47
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-772- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Copper-containing nitrite reductase

分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 428分子

#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 7.3, 1.8 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.77491 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.77491 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→45.204 Å / Num. obs: 70743 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.999 / Num. unique obs: 2237 / CC_1/2: 0.392 / R_pim(I) all: 0.785 / R_rim(I) all: 1.281

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→45.204 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 1.134 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1643	3653	5.165 %
R_work	0.1403	67069	-
all	0.142	-	-
obs	-	70722	99.96 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.598 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.087 Å²	-0.043 Å²	0 Å²
2-	-	-0.087 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.281 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.204 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2562	0	55	419	3036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.932	1.838	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.637	1.758	6364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.723	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.64	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.74	10	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.776	10	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.257	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.127	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.844	1.752	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.836	1.751	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.659	3.14	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.661	3.142	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.817	2.086	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.816	2.086	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.13	3.681	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.129	3.681	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.901	24.026	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.903	24.026	3197

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.288	261	0.278	4936	0.279	5199	0.937	0.944	99.9615	0.278
1.488-1.528	0.269	257	0.253	4828	0.254	5086	0.949	0.955	99.9803	0.25
1.528-1.573	0.238	222	0.231	4732	0.231	4954	0.961	0.963	100	0.225
1.573-1.621	0.241	269	0.21	4494	0.212	4763	0.959	0.97	100	0.201
1.621-1.674	0.207	214	0.197	4454	0.197	4668	0.972	0.974	100	0.184
1.674-1.733	0.198	276	0.171	4205	0.173	4481	0.974	0.981	100	0.157
1.733-1.798	0.169	241	0.161	4110	0.162	4351	0.983	0.983	100	0.145
1.798-1.871	0.177	229	0.143	3932	0.145	4163	0.982	0.987	99.952	0.126
1.871-1.954	0.172	221	0.137	3807	0.139	4029	0.98	0.988	99.9752	0.124
1.954-2.05	0.151	149	0.131	3679	0.132	3828	0.986	0.989	100	0.12
2.05-2.16	0.15	188	0.121	3471	0.123	3659	0.986	0.991	100	0.114
2.16-2.291	0.158	165	0.12	3286	0.122	3451	0.985	0.991	100	0.115
2.291-2.449	0.164	161	0.117	3079	0.119	3241	0.985	0.992	99.9691	0.115
2.449-2.644	0.156	168	0.122	2873	0.124	3043	0.987	0.992	99.9343	0.122
2.644-2.896	0.15	148	0.126	2654	0.128	2802	0.986	0.991	100	0.131
2.896-3.236	0.148	126	0.126	2406	0.127	2537	0.987	0.991	99.8029	0.138
3.236-3.733	0.114	104	0.114	2133	0.114	2239	0.993	0.993	99.9107	0.127
3.733-4.564	0.143	137	0.107	1772	0.109	1914	0.989	0.994	99.7388	0.13
4.564-6.422	0.12	66	0.115	1415	0.116	1484	0.991	0.992	99.7978	0.146
6.422-45.204	0.213	51	0.184	803	0.185	855	0.967	0.978	99.883	0.235

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