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- PDB-8rfp: Low pH (5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 3 of the cop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rfp
タイトルLow pH (5.5) nitrite-bound MSOX movie series dataset 3 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [1.83 MGy] - nitrite/NO intermediate
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Copper nitrite reductase / Copper-containing nitrite reductase / BrJNiR / low pH / nitrite-bound / MSOX
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / COPPER (II) ION / NITRIC OXIDE / NITRITE ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Antonyuk, S.V. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N013972/1 英国
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT 2020-00522 アルゼンチン
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2023年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,32014
ポリマ－37,1061
非ポリマー1,21413
水7,152397
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,96042
ポリマ－111,3193
非ポリマー3,64139
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area19150 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area34350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)104.210, 104.210, 64.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-730-

HOH

21A-831-

HOH

31A-859-

HOH

41A-864-

HOH

51A-878-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase


分子量: 37106.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
遺伝子: nirK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 409分子

#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION


分子量: 46.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.3, 1.8 M Ammonium Sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→45.12 Å / Num. obs: 114182 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.23→1.25 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5592 / CC1/2: 0.333 / Rpim(I) all: 0.84 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.23→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.989 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 1.441 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13767 5838 5.1 %RANDOM
Rwork0.11431 ---
obs0.11549 108320 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.696 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.11 Å2-0 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.23→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2562 0 66 397 3025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0122864
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8621.8463914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6651.776273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8155385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.33359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72410484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7051.7011400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6651.71399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4723.0611765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.4763.0631766
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7972.0251464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.4221.9851434
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.1013.5162089
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.57527.983147
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.97921.643006
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.84235558
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 435 -
Rwork0.301 7972 -
obs--98.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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