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- PDB-9ev0: Structure of the AAP filament of Sulfolobus acidocaldarius strain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ev0
タイトルStructure of the AAP filament of Sulfolobus acidocaldarius strain MW039 (delta agl3 mutant).
要素DUF4352 domain-containing protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / cell surface appendage / N-glycosylation / mutagenesis
機能・相同性Immunoglobulin-like fold / membrane / DUF4352 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Daum, B. / Isupov, M.N. / Gaines, M. / McLaren, M. / Mollat, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)109784European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Towards a molecular picture of the archaeal cell surface.
著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Mathew McLaren / Clara L Mollat / Risat Ul Haque / Jake K Stephenson / Shamphavi Sivabalasarma / Cyril Hanus / Daniel Kattnig / Vicki A M Gold / Sonja ...著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Mathew McLaren / Clara L Mollat / Risat Ul Haque / Jake K Stephenson / Shamphavi Sivabalasarma / Cyril Hanus / Daniel Kattnig / Vicki A M Gold / Sonja Albers / Bertram Daum /
要旨: Archaea produce various protein filaments with specialised functions. While some archaea produce only one type of filament, the archaeal model species Sulfolobus acidocaldarius generates four. These ...Archaea produce various protein filaments with specialised functions. While some archaea produce only one type of filament, the archaeal model species Sulfolobus acidocaldarius generates four. These include rotary swimming propellers analogous to bacterial flagella (archaella), pili for twitching motility (Aap), adhesive fibres (threads), and filaments facilitating homologous recombination upon UV stress (UV pili). Here, we use cryo-electron microscopy to describe the structure of the S. acidocaldarius archaellum at 2.0 Å resolution, and update the structures of the thread and the Aap pilus at 2.7 Å and 2.6 Å resolution, respectively. We define features unique to archaella of the order Sulfolobales and compare their structure to those of Aap and threads in the context of the S-layer. We define distinct N-glycan patterns in the three filaments and identify a putative O-glycosylation site in the thread. Finally, we ascertain whether N-glycan truncation leads to structural changes in archaella and Aap.
履歴
登録2024年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DUF4352 domain-containing protein
A: DUF4352 domain-containing protein
D: DUF4352 domain-containing protein
J: DUF4352 domain-containing protein
M: DUF4352 domain-containing protein
P: DUF4352 domain-containing protein
S: DUF4352 domain-containing protein
V: DUF4352 domain-containing protein
Y: DUF4352 domain-containing protein
b: DUF4352 domain-containing protein
H: DUF4352 domain-containing protein
B: DUF4352 domain-containing protein
E: DUF4352 domain-containing protein
K: DUF4352 domain-containing protein
N: DUF4352 domain-containing protein
Q: DUF4352 domain-containing protein
T: DUF4352 domain-containing protein
W: DUF4352 domain-containing protein
Z: DUF4352 domain-containing protein
c: DUF4352 domain-containing protein
I: DUF4352 domain-containing protein
C: DUF4352 domain-containing protein
F: DUF4352 domain-containing protein
L: DUF4352 domain-containing protein
O: DUF4352 domain-containing protein
R: DUF4352 domain-containing protein
U: DUF4352 domain-containing protein
X: DUF4352 domain-containing protein
a: DUF4352 domain-containing protein
d: DUF4352 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,099120
ポリマ－425,31130
非ポリマー52,78990
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
DUF4352 domain-containing protein


分子量: 14177.022 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
参照: UniProt: A0A0U3GLH8
#2: 多糖...
alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-6DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Aap filament of the S. acidocaldarius species deficient in sulfoquinovose transferase enzyme
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
緩衝液pH: 3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Mixed population of filaments isolated from Sulfolobus acidocaldarius deficient in agl3 - UDP-sulfoquinovose synthase
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 29189

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2REFMAC5.8.0267モデル精密化
3EPU3.5画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -39.953 ° / 軸方向距離/サブユニット: 15.282 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 691479 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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