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万見
- PDB-9ett: Structure of the archaellum of Sulfolobus acidocaldarius strain M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ett
タイトルStructure of the archaellum of Sulfolobus acidocaldarius strain MW039 (delta agl3 mutant).
要素Flagellin
キーワードPROTEIN FIBRIL / cell surface appendage / N-glycosylation / mutagenesis
機能・相同性archaeal-type flagellum / Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / Flagellin/pilin, N-terminal / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / membrane / Flagellin
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Daum, B. / Isupov, M.N. / Gaines, M. / McLaren, M. / Mollat, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)109784European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Towards a molecular picture of the archaeal cell surface.
著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Mathew McLaren / Clara L Mollat / Risat Ul Haque / Jake K Stephenson / Shamphavi Sivabalasarma / Cyril Hanus / Daniel Kattnig / Vicki A M Gold / Sonja ...著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Mathew McLaren / Clara L Mollat / Risat Ul Haque / Jake K Stephenson / Shamphavi Sivabalasarma / Cyril Hanus / Daniel Kattnig / Vicki A M Gold / Sonja Albers / Bertram Daum /
要旨: Archaea produce various protein filaments with specialised functions. While some archaea produce only one type of filament, the archaeal model species Sulfolobus acidocaldarius generates four. These ...Archaea produce various protein filaments with specialised functions. While some archaea produce only one type of filament, the archaeal model species Sulfolobus acidocaldarius generates four. These include rotary swimming propellers analogous to bacterial flagella (archaella), pili for twitching motility (Aap), adhesive fibres (threads), and filaments facilitating homologous recombination upon UV stress (UV pili). Here, we use cryo-electron microscopy to describe the structure of the S. acidocaldarius archaellum at 2.0 Å resolution, and update the structures of the thread and the Aap pilus at 2.7 Å and 2.6 Å resolution, respectively. We define features unique to archaella of the order Sulfolobales and compare their structure to those of Aap and threads in the context of the S-layer. We define distinct N-glycan patterns in the three filaments and identify a putative O-glycosylation site in the thread. Finally, we ascertain whether N-glycan truncation leads to structural changes in archaella and Aap.
履歴
登録2024年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Flagellin
A: Flagellin
B: Flagellin
C: Flagellin
D: Flagellin
E: Flagellin
F: Flagellin
G: Flagellin
I: Flagellin
J: Flagellin
K: Flagellin
L: Flagellin
M: Flagellin
N: Flagellin
O: Flagellin
P: Flagellin
Q: Flagellin
R: Flagellin
S: Flagellin
T: Flagellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)694,570140
ポリマ－624,18520
非ポリマー70,385120
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Flagellin


分子量: 31209.258 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J9K5
#2: 多糖...
alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Archaellum of the S. acidocaldarius species deficient in sulfoquinovose transferase enzyme
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
緩衝液pH: 3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Mixed population of filaments isolated from Sulfolobus acidocaldarius deficient in agl3 - UDP-sulfoquinovose synthase
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 29189

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリFitting-ID
2EPU3.5画像取得
9REFMAC5.8.0267モデル精密化1
10UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング2
11ISOLDEモデル精密化2
15cryoSPARC4.4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 107.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 256869 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築
IDプロトコル空間
1
2FLEXIBLE FITRECIPROCAL
精密化解像度: 2.37→2.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.778 / SU B: 7.135 / SU ML: 0.154 / ESU R: 0.174
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.53382 --
obs0.53382 2828022 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 89.706 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20.01 Å2-0.03 Å2
2---1.41 Å2-0.02 Å2
3---2.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 48800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0050.01250140
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.6081.77469260
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.34955840
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg36.16825.251600
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.187156820
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg10.7571520
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0940.28400
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0235840
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.7287.94123420
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it4.62411.91529240
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it3.289.8226720
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined11.987199516
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.039 210349 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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