PDB-9eu1: GH29A alpha-L-fucosidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eu1

タイトル

GH29A alpha-L-fucosidase

要素

Alpha-L-fucosidase

キーワード

HYDROLASE / GH29A / GH29 / fucosidase / Tris

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Yang, Y.Y. / Zeuner, B. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Structural elucidation and characterization of GH29A alpha-l-fucosidases and the effect of pH on their transglycosylation.
著者: Yang, Y. / Holck, J. / Thorhallsson, A.T. / Hunt, C.J. / Yang, H. / Morth, J.P. / Meyer, A.S. / Zeuner, B.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eu1.cif.gz	594 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eu1.ent.gz	411 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eu2C 9eu3C 9eu4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-L-fucosidase

B: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

97.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.167, 139.167, 110.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Alpha-L-fucosidase 分子量: 48532.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 遺伝子: F3B44_16755, FSA08_23345, O1420_06320, O1437_02900 プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D1JSC1

-
非ポリマー , 6種, 481分子

#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Ammonium sulphate 0.1M Bis-tris pH 7.5 2.2M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→40.67 Å / Num. obs: 93816 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 20.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.79 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1127 / R_pim(I) all: 0.02543 / R_rim(I) all: 0.1156 / Net I/σ(I): 17.43
反射シェル	解像度: 1.92→1.989 Å / 冗長度: 21 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 9287 / CC_1/2: 0.617 / CC star: 0.873 / R_pim(I) all: 0.5004 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→40.67 Å / SU ML: 0.2037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.2656
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	2009	2.14 %
R_work	0.1832	91795	-
obs	0.1839	93804	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→40.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6670	0	39	474	7183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0108	6903
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0247	9370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0613	969
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	1202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.9692	910

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.97	0.2694	142	0.2635	6505	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.97-2.02	0.2934	142	0.2469	6478	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.02-2.08	0.2585	141	0.2479	6497	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.08-2.15	0.2621	143	0.214	6466	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.15-2.22	0.2477	140	0.2047	6519	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.22-2.31	0.2153	142	0.1907	6502	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.31-2.42	0.235	144	0.1969	6511	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.42-2.55	0.2313	137	0.1999	6550	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.55-2.71	0.2433	145	0.2219	6551	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.71-2.91	0.2281	141	0.1994	6593	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.91-3.21	0.2667	145	0.2263	6558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.67	0.1943	144	0.1739	6618	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.67-4.63	0.1735	149	0.1439	6621	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.63-40.67	0.1976	154	0.1635	6826	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.769022934062	-0.124477109956	-0.177156326957	0.137210536431	-0.201185184705	0.488007883957	0.0365769270666	0.319147909028	0.529379209601	-0.0779084588414	0.0492321560516	0.211230595161	-0.258991552565	-0.46175949614	0.000314792292881	0.435183729461	0.0105566785294	-0.0580026479839	0.641134555336	0.147003613153	0.539405514964	38.223292218	18.4822501802	-12.1113497413
2	1.64017538115	-0.469997174709	0.0737829420375	0.74063810709	-0.182818339651	0.532188968546	-0.166384290746	0.450491116399	0.111955692936	-0.0908293885288	0.088573096108	-0.0645965876536	0.0471691963673	-0.0242697781978	-3.18389621948E-5	0.404756462024	-0.0576687916421	-0.0540727911688	0.476043763498	0.00803009284204	0.323890552208	61.548335211	2.87319828485	-11.5002389042
3	0.587450580421	-0.19161656869	-0.165024185882	0.49984707047	0.219601982874	0.194148470712	-0.0906429270799	0.256388127565	0.716517184976	0.229392069816	0.0288279320578	-0.29844148995	-0.158777581613	0.204763574146	0.000183725346553	0.476261257923	-0.0425556236067	-0.133667476298	0.511457662282	0.113299485479	0.596472458757	67.7125785224	18.9184890486	-8.41127471429
4	1.83977162039	-0.339757261668	-0.353732964736	1.07341183887	0.409356472156	0.592379635538	-0.112313061734	0.0662223634178	0.293600135367	0.146371001922	0.117621208669	0.0198975893498	0.00398341205729	-0.166435278452	2.74167718254E-5	0.483638179495	-0.00351829584063	-0.103310634828	0.504106018628	0.0896262486308	0.544875171096	52.1968914445	17.6991037956	-6.49782438531
5	0.0727178582433	0.0415601372234	-0.0453497037732	0.146928426657	0.0269956344759	0.194305023989	-0.339591568873	-1.00802347509	0.194258885688	1.29145006224	0.492612692127	-0.204952172026	-0.337776366859	-0.262477547383	-0.000896778864502	0.772417798778	0.10101769799	-0.111458368587	0.759006647925	0.0389265050807	0.622518843187	45.1325031917	11.4612109116	4.29099562044
6	1.29096151246	0.145756362114	-1.02785611595	0.481069676852	0.144216460247	0.951255360588	-0.274853148744	-0.0284771847978	-0.202582312494	-0.0190436526091	0.174717828394	-0.0184341222062	0.171224452872	0.0706089989118	-0.00031801402938	0.426181581554	-0.0247367757571	-0.019054337484	0.430497353857	-0.0300080632644	0.377524404032	47.2979087155	-5.82884941255	-0.902392516695
7	0.786304033836	0.19311481048	-0.0355826627123	0.647340143042	0.413753119791	0.843282606583	-0.00451638039835	0.237305281872	0.0739657190073	-0.0295643616708	-0.0430095981104	0.280305856756	-0.278598223478	-0.302124730245	-2.3721558704E-5	0.387094456738	0.00461947600627	-0.0470907479561	0.462522366218	0.0249325545736	0.47716177606	25.8884090324	2.24740726255	6.16083513146
8	0.626727238132	0.249461764478	-0.0589479561973	0.276676607329	0.13009240652	0.711409801524	-0.133914544034	-0.00916013901117	-0.285997954364	0.00539342566385	-0.0657900947839	0.400894908352	0.145141711298	-0.537793941849	-0.000230577849735	0.425746424864	-0.0335253839353	-0.0396412025759	0.532627603751	-0.0482606599691	0.601525155791	20.2025724175	-4.40058266228	7.15387031184
9	1.29922488375	0.301842685625	-0.120503198538	1.87966139282	0.0721018438458	0.758018702401	0.0499089409982	-0.0608843648949	-0.254030200195	-0.00610153843292	-0.136709043848	-0.440761991003	0.0896417955527	0.116976867051	0.000111683883212	0.354138717398	0.0536473666311	-0.0203587075631	0.421645897593	0.115566387087	0.441675578494	47.1681073753	36.0505459737	-34.5487557374
10	0.396040726344	0.459901019862	0.353440044112	1.29941399054	0.227878973354	0.355643395005	-0.198208398744	1.30292148601	0.569577124042	-1.30535362717	0.0948114225434	1.23784629685	-1.00546657634	-0.959637795924	-0.0263964485779	1.07484713436	0.168894396611	-0.0616273049809	1.05935317033	0.176945844927	0.894983321155	35.407635404	29.7142891022	-49.4383748462
11	1.78362308852	1.07326221928	0.599937826255	1.39547574473	0.722182037806	1.57762175624	-0.0938583792484	-0.0826989416666	-0.185547454239	-0.0252527658079	-0.0327220284755	0.0633708391627	0.109860452211	-0.0381700516542	-0.000199706979745	0.369258773772	0.045262383157	0.0631121194704	0.37497765696	0.0260717484592	0.384007233068	20.2917217444	23.7787626929	-40.6057194747

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 21 through 40 )	A	A	21 - 40	1 - 20
2	2	chain 'A' and (resid 41 through 162 )	A	A	41 - 162	21 - 142
3	3	chain 'A' and (resid 163 through 193 )	A	A	163 - 193	143 - 173
4	4	chain 'A' and (resid 194 through 260 )	A	A	194 - 260	174 - 240
5	5	chain 'A' and (resid 261 through 281 )	A	A	261 - 281	241 - 261
6	6	chain 'A' and (resid 282 through 348 )	A	A	282 - 348	262 - 328
7	7	chain 'A' and (resid 349 through 394 )	A	A	349 - 394	329 - 374
8	8	chain 'A' and (resid 395 through 434 )	A	A	395 - 434	375 - 414
9	9	chain 'B' and (resid 23 through 250 )	B	C	23 - 250	1 - 228
10	10	chain 'B' and (resid 251 through 269 )	B	C	251 - 269	229 - 247
11	11	chain 'B' and (resid 270 through 434 )	B	C	270 - 434	248 - 412

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 481分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 481分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 481分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)