PDB-9eu2: GH29A alpha-L-fucosidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eu2

タイトル

GH29A alpha-L-fucosidase

要素

Alpha-L-fucosidase

キーワード

HYDROLASE / GH29A / GH29 / fucosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Yang, Y.Y. / Zeuner, B. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Structural elucidation and characterization of GH29A alpha-l-fucosidases and the effect of pH on their transglycosylation.
著者: Yang, Y. / Holck, J. / Thorhallsson, A.T. / Hunt, C.J. / Yang, H. / Morth, J.P. / Meyer, A.S. / Zeuner, B.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eu2.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eu2.ent.gz	841.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9eu1C 9eu3C 9eu4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-L-fucosidase

B: Alpha-L-fucosidase

C: Alpha-L-fucosidase

D: Alpha-L-fucosidase

ヘテロ分子

200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.912, 147.912, 197.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-501- ZN

#1: タンパク質	Alpha-L-fucosidase 分子量: 49849.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 遺伝子: BFO_2737 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UMQ6, alpha-L-fucosidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 20% Ethylene glycol 0.1M HEPES pH 7.3 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 293 / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→47.02 Å / Num. obs: 215060 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 20.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.79 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1315 / R_pim(I) all: 0.02981 / R_rim(I) all: 0.1349 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.84→1.906 Å / 冗長度: 20.7 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 21308 / CC_1/2: 0.717 / CC star: 0.914 / R_pim(I) all: 0.5029 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.84→47.02 Å / SU ML: 0.2261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.0396
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	3908	0.93 %
R_work	0.1623	414262	-
obs	0.1625	215060	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→47.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13614	0	48	1806	15468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	14075
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9517	19083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0526	1997
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0129	2461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.442	1880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.86	0.4512	131	0.3387	14808	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.86-1.89	0.3404	138	0.3137	14715	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.89-1.91	0.2922	142	0.293	14893	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.91-1.94	0.2657	140	0.2688	14727	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.94-1.96	0.2635	144	0.2529	14875	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.96-1.99	0.2703	140	0.2355	14779	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.99-2.03	0.2137	136	0.219	14827	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.03-2.06	0.241	138	0.2094	14806	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.09	0.231	142	0.202	14730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2209	134	0.1918	14778	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.13-2.17	0.2096	144	0.1832	14874	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.17-2.22	0.2313	142	0.1753	14797	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.22-2.27	0.1993	140	0.1816	14808	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.32	0.1921	138	0.1651	14813	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.32-2.38	0.1972	138	0.1525	14771	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.38-2.44	0.1849	140	0.1462	14817	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.44-2.51	0.187	144	0.1578	14824	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.51-2.59	0.1878	140	0.1557	14859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.69	0.1945	142	0.1515	14727	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.69-2.79	0.1806	134	0.1432	14827	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.79-2.92	0.1763	142	0.1712	14759	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.92-3.07	0.1864	150	0.1615	14811	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.07-3.27	0.2086	134	0.1559	14820	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.27-3.52	0.185	142	0.1533	14795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.87	0.1693	134	0.1491	14808	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.87-4.43	0.1432	144	0.1285	14796	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.43-5.58	0.1595	142	0.1213	14805	X-RAY DIFFRACTION	100
5.58-47.02	0.1694	133	0.1664	14613	X-RAY DIFFRACTION	98.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.714823836427	-0.166673759815	-0.130470604111	1.90429492004	0.370495968818	0.909151671069	-0.00662688813442	0.0555265353918	-0.0235704521654	0.0343032218387	-0.109672899358	0.387873803978	0.0295314736608	-0.203404106098	-0.00119427410648	0.243887869492	0.017815248388	-0.00212228933975	0.296701577925	-0.059977784046	0.301738684303	33.7562790815	3.88777393732	13.5526986289
2	0.0464084178629	0.0625714042155	-0.0399780394527	0.0987725715949	-0.0466111345838	0.0849923187645	0.0750549282876	0.15530857059	0.227864359088	-0.333376135061	-0.117879119996	0.225643358918	-0.261307001157	-0.238498660423	-0.000143657348747	0.386099201826	0.1100878709	-0.0910690552948	0.367468003733	-0.0377032520577	0.382820417139	35.2301561789	20.9283352256	4.69510018713
3	0.108223043601	0.260637544608	-0.0734828663159	0.695514470753	-0.206261845283	0.350204935181	0.0109654274326	-0.025466202633	0.0628264662342	-0.034787522453	-0.0116411752776	0.00508436224931	-0.058518886396	-0.0508718644954	-1.14606234087E-5	0.310877246785	0.0556635905145	-0.0374311961691	0.253161108552	-0.0381185932554	0.280726278764	48.8750242385	21.5242729071	12.17042379
4	0.132236642414	0.176486629594	0.053352242831	0.2615943225	-0.0762313346945	0.300643878988	0.0101804241744	0.111384064442	0.171916539439	-0.223431598529	-0.0392652718789	-0.162096828824	-0.190045742617	0.160843426412	-0.000145326520248	0.424931976936	0.0837742317003	-0.0438014260102	0.308891271333	-0.0467168131136	0.421815490409	50.5225700288	43.7966691994	12.5597029978
5	0.127048714248	-0.0904026634473	0.018590821973	0.539041199573	-0.0140291224029	0.536547560079	0.00198426329565	0.0800089726746	0.134747287812	-0.10821418625	-0.0284107262052	0.0746187252825	-0.0943624167367	-0.064459365189	4.44366703633E-5	0.427330044285	0.0770038853572	-0.0269552867167	0.319627905396	-0.0367573565604	0.406990114775	47.5597286872	43.8233365955	12.0226674241
6	0.28381659494	-0.266824669581	-0.287879613301	0.486094539866	0.0864300336465	0.429245127076	0.0219514045795	0.0435247797832	0.0495807503004	-0.128632134129	-0.05649095544	0.40853940151	-0.0995274561394	-0.0836408486255	6.72733143533E-5	0.331763154	0.00331854782579	-0.0575448210694	0.325887122886	-0.026130021929	0.428041721826	37.4663721773	-8.96023453098	-42.8240685805
7	0.216017160756	0.167731315506	0.0862593163309	0.25784769182	-0.127843022217	0.296007374195	-0.0312021855418	0.0277488298069	0.186700932712	-0.4120955079	0.0465483796821	0.141967531197	-0.189974286083	0.0214853249566	2.72329848189E-5	0.405675512614	0.00061730546681	-0.0503666790302	0.306470496479	-0.000702008220241	0.341146855446	46.5225834381	2.74468689005	-47.2026855861
8	0.895441064172	0.396482761448	0.135989537442	1.87665836791	0.274022096778	0.660300895262	-0.00765711950138	0.00893500653235	0.137294119105	-0.159438799502	-0.135820985611	0.719186796476	-0.115926829966	-0.243798589776	-0.000352169710383	0.327400080524	0.0310240369899	-0.0918511484444	0.35251329504	-0.055658471338	0.541211280908	30.3029634551	-3.81887390807	-43.3002196455
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 25 through 266 )	A	A	25 - 266	1 - 242
2	2	chain 'A' and (resid 267 through 287 )	A	A	267 - 287	243 - 263
3	3	chain 'A' and (resid 288 through 382 )	A	A	288 - 382	264 - 358
4	4	chain 'A' and (resid 383 through 412 )	A	A	383 - 412	359 - 388
5	5	chain 'A' and (resid 413 through 446 )	A	A	413 - 446	389 - 422
6	6	chain 'B' and (resid 26 through 69 )	B	B	26 - 69	1 - 44
7	7	chain 'B' and (resid 70 through 97 )	B	B	70 - 97	45 - 72
8	8	chain 'B' and (resid 98 through 266 )	B	B	98 - 266	73 - 241
9	9	chain 'B' and (resid 267 through 287 )	B	B	267 - 287	242 - 262
10	10	chain 'B' and (resid 288 through 354 )	B	B	288 - 354	263 - 329
11	11	chain 'B' and (resid 355 through 382 )	B	B	355 - 382	330 - 357
12	12	chain 'B' and (resid 383 through 412 )	B	B	383 - 412	358 - 387
13	13	chain 'B' and (resid 413 through 445 )	B	B	413 - 445	388 - 420
14	14	chain 'C' and (resid 21 through 42 )	C	C	21 - 42	1 - 22
15	15	chain 'C' and (resid 43 through 382 )	C	C	43 - 382	23 - 362
16	16	chain 'C' and (resid 383 through 445 )	C	C	383 - 445	363 - 425
17	17	chain 'D' and (resid 26 through 69 )	D	D	26 - 69	1 - 44
18	18	chain 'D' and (resid 70 through 97 )	D	D	70 - 97	45 - 72
19	19	chain 'D' and (resid 98 through 164 )	D	D	98 - 164	73 - 139
20	20	chain 'D' and (resid 165 through 266 )	D	D	165 - 266	140 - 241
21	21	chain 'D' and (resid 267 through 287 )	D	D	267 - 287	242 - 262
22	22	chain 'D' and (resid 288 through 382 )	D	D	288 - 382	263 - 357
23	23	chain 'D' and (resid 383 through 411 )	D	D	383 - 411	358 - 386
24	24	chain 'D' and (resid 412 through 446 )	D	D	412 - 446	387 - 421

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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