PDB-9ers: Hydrogenase-2 Ni-C state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ers

タイトル

Hydrogenase-2 Ni-C state

要素

(Hydrogenase-2 ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / hydrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogenase (acceptor) / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Wong, K.L. / Carr, S.B. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glutamate flick enables proton tunnelling during fast redox biocatalysis
著者: Carr, S.B. / Li, W. / Wong, K.L. / Evans, R.M. / Kendall-Price, S.E.T. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

履歴

登録	2024年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ers.cif.gz	379.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ers.ent.gz	288.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ers.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ers_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ers_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9ers_validation.xml.gz	79.3 KB	表示
CIF形式データ	9ers_validation.cif.gz	111.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9ers ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9ers	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eqiC 9eqlC 9er5C 9er6C 9er7C 9er9C 9eraC 9erbC 9ercC 9erpC 9errC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (19) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

S: Hydrogenase-2 small chain

L: Hydrogenase-2 large chain

T: Hydrogenase-2 small chain

M: Hydrogenase-2 large chain

ヘテロ分子

193 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.864, 100.065, 168.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	S
2	1	T
3	2	L
4	2	M

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	VAL	VAL	S	A	10 - 275	9 - 274
2	1	1	GLN	GLN	VAL	VAL	T	C	10 - 275	9 - 274
3	2	2	SER	SER	HIS	HIS	L	B	2 - 552	2 - 552
4	2	2	SER	SER	HIS	HIS	M	D	2 - 552	2 - 552

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

-
Hydrogenase-2 ... , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質	Hydrogenase-2 small chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 small subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 32371.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hybO, yghV, b2997, JW2965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HJ001-hyp / 参照: UniProt: P69741, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質	Hydrogenase-2 large chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 large subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 62557.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hybC, b2994, JW2962 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HJ001-hyp / 参照: UniProt: P0ACE0, hydrogenase (acceptor)

#1: タンパク質

Hydrogenase-2 small chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 small subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 32371.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hybO, yghV, b2997, JW2965 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HJ001-hyp / 参照: UniProt: P69741, hydrogenase (acceptor)

#2: タンパク質

Hydrogenase-2 large chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 large subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 62557.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hybC, b2994, JW2962 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HJ001-hyp / 参照: UniProt: P0ACE0, hydrogenase (acceptor)

-
非ポリマー , 7種, 1372分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM Tris 200 mM MgCl2 20% PEG3350 Temp details: ambient temperature inside an anaerobic glovebox

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8153 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8153 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→44.732 Å / Num. obs: 224817 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 28.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.312 / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / R_merge(I) obs: 3.84 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 11010 / CC_1/2: 0.502 / R_pim(I) all: 0.75 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.59→44.732 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.303 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	11098	4.948 %
R_work	0.1732	213211	-
all	0.174	-	-
obs	-	224309	99.315 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.168 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.144 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.358 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.503 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→44.732 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12645	0	101	1353	14099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	13244
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	12226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.353	1.652	18103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.47	1.573	28236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.372	5	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.584	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.319	10	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.293	10	582
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.384	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	15469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2883
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	12106
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	6537
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	6457
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.252	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.123	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.233	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.558	2.273	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.557	2.273	6621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.17	4.085	8293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.17	4.084	8294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.477	2.49	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.477	2.49	6623
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.861	4.472	9740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.86	4.472	9741
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.035	23.084	15661
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.848	22.215	15268
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.06	0.05	8617
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.05	0.05	19352

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0597	0.0501
1	2	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0597	0.0501
2	3	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05023	0.05009
2	4	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05023	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.59-1.631	0.395	774	0.399	15194	0.399	16522	0.834	0.824	96.6469	0.399
1.631-1.676	0.37	793	0.369	15143	0.369	16121	0.866	0.862	98.8524	0.373
1.676-1.724	0.348	775	0.351	14762	0.351	15709	0.892	0.888	98.9051	0.355
1.724-1.777	0.326	746	0.311	14371	0.312	15214	0.9	0.909	99.3624	0.317
1.777-1.836	0.28	757	0.274	13924	0.275	14794	0.926	0.93	99.2362	0.28
1.836-1.9	0.258	699	0.245	13517	0.246	14319	0.945	0.949	99.2807	0.245
1.9-1.971	0.248	716	0.223	13028	0.224	13823	0.95	0.96	99.4285	0.218
1.971-2.052	0.209	629	0.194	12653	0.194	13346	0.969	0.972	99.5205	0.181
2.052-2.143	0.199	608	0.175	12105	0.177	12764	0.972	0.978	99.6004	0.159
2.143-2.247	0.176	644	0.158	11571	0.159	12253	0.979	0.983	99.6899	0.139
2.247-2.368	0.182	600	0.15	11026	0.152	11652	0.978	0.985	99.7769	0.127
2.368-2.512	0.172	556	0.136	10511	0.138	11093	0.98	0.988	99.7656	0.112
2.512-2.684	0.165	471	0.128	9880	0.13	10361	0.983	0.99	99.9035	0.104
2.684-2.899	0.168	502	0.124	9175	0.126	9685	0.983	0.99	99.9174	0.101
2.899-3.174	0.148	405	0.125	8551	0.126	8960	0.986	0.99	99.9554	0.103
3.174-3.546	0.16	401	0.131	7781	0.132	8184	0.985	0.99	99.9756	0.111
3.546-4.091	0.156	388	0.127	6785	0.128	7173	0.985	0.991	100	0.109
4.091-5	0.128	284	0.113	5894	0.114	6178	0.99	0.992	100	0.098
5-7.027	0.186	201	0.159	4639	0.16	4840	0.983	0.988	100	0.14
7.027-44.732	0.196	149	0.177	2701	0.178	2850	0.974	0.978	100	0.168

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