PDB-9eqi: Hydrogenase-1 Ni-B state poised at +100mV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eqi

タイトル

Hydrogenase-1 Ni-B state poised at +100mV

要素

(Hydrogenase-1 ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / hydrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogen metabolic process / fermentation / anaerobic electron transport chain / hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / periplasmic side of plasma membrane / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Carr, S.B. / Li, W. / Wong, K.l. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glutamate flick enables proton tunnelling during fast redox biocatalysis
著者: Carr, S.B. / Li, W. / Wong, K.l. / Evans, R.M. / Kendall-Price, S.E.T. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

履歴

登録	2024年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eqi.cif.gz	400.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eqi.ent.gz	305 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eqi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eqlC 9er5C 9er6C 9er7C 9er9C 9eraC 9erbC 9ercC 9erpC 9errC 9ersC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (19) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

S: Hydrogenase-1 small chain

L: Hydrogenase-1 large chain

T: Hydrogenase-1 small chain

M: Hydrogenase-1 large chain

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.548, 97.209, 182.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質	Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 30980.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Truncated protein with C-terminal transmembrane helix deleted 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質	Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

#1: タンパク質

Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 30980.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Truncated protein with C-terminal transmembrane helix deleted
由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)

#2: タンパク質

Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

-
非ポリマー , 9種, 1744分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#5: 化合物	ChemComp-SF3 / FE4-S3 CLUSTER 分子量: 319.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O
#9: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#10: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.34 % / 解説: Thin rods
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM tris pH 8.0, 200 mM LiSO4, 150 mM NaCl, 19-20% PEG 3350 Temp details: Ambient temperature inside anaerobic glove box

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→91.411 Å / Num. obs: 326125 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.253 / R_pim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 2.9 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 16030 / CC_1/2: 0.529 / R_pim(I) all: 0.83 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC	5.8.0419	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→91.411 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 1.476 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1757	16257	5.001 %
R_work	0.1556	308845	-
all	0.157	-	-
obs	-	325102	99.723 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.032 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.567 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.647 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→91.411 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13154	0	76	1726	14956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	13916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	12887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.7	1.643	19022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.609	1.579	29731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.495	5	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33	22.094	745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.857	15	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.023	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	16032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	13093
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	6896
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	6001
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.089	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.165	1.474	6853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.165	1.474	6852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.621	2.208	8586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.621	2.208	8587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.253	1.691	7063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.252	1.69	7053
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.386	2.449	10342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.385	2.447	10330
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.624	18.934	16826
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.624	18.933	16826

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.322	1235	0.319	22596	0.319	23973	0.55	0.568	99.4077	0.326
1.436-1.476	0.317	1120	0.297	22027	0.298	23308	0.647	0.658	99.3092	0.303
1.476-1.518	0.288	1084	0.275	21470	0.275	22666	0.755	0.764	99.5059	0.276
1.518-1.565	0.257	1130	0.248	20829	0.249	22062	0.827	0.833	99.5331	0.247
1.565-1.617	0.24	1005	0.227	20246	0.228	21358	0.864	0.866	99.499	0.222
1.617-1.673	0.219	1027	0.208	19625	0.208	20720	0.899	0.901	99.6718	0.2
1.673-1.736	0.207	1022	0.192	18879	0.193	19972	0.918	0.92	99.6445	0.181
1.736-1.807	0.19	1053	0.172	18110	0.173	19214	0.936	0.941	99.7346	0.157
1.807-1.888	0.187	946	0.159	17496	0.161	18471	0.944	0.948	99.843	0.143
1.888-1.98	0.162	951	0.142	16739	0.143	17717	0.961	0.964	99.8476	0.127
1.98-2.087	0.166	770	0.136	16039	0.137	16813	0.963	0.969	99.9762	0.121
2.087-2.213	0.158	828	0.128	15114	0.13	15952	0.968	0.972	99.9373	0.115
2.213-2.366	0.144	779	0.117	14228	0.119	15010	0.972	0.977	99.98	0.105
2.366-2.555	0.151	693	0.113	13296	0.115	13994	0.971	0.979	99.9643	0.102
2.555-2.799	0.142	622	0.117	12282	0.118	12907	0.976	0.979	99.9768	0.106
2.799-3.129	0.157	588	0.125	11137	0.126	11725	0.973	0.977	100	0.115
3.129-3.612	0.147	484	0.133	9902	0.133	10387	0.976	0.978	99.9904	0.124
3.612-4.423	0.127	443	0.117	8392	0.117	8835	0.982	0.984	100	0.107
4.423-6.247	0.136	290	0.131	6626	0.131	6919	0.983	0.984	99.9566	0.121
6.247-91.411	0.164	187	0.159	3812	0.159	4001	0.977	0.977	99.95	0.147

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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