PDB-9era: Hydrogenase-1 Ni-Lii state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9era

タイトル

Hydrogenase-1 Ni-Lii state

要素

(Hydrogenase-1 ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / hydrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogen metabolic process / fermentation / anaerobic electron transport chain / hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / periplasmic side of plasma membrane / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Wong, K.L. / Carr, S.B. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glutamate flick enables proton tunnelling during fast redox biocatalysis
著者: Carr, S.B. / Li, W. / Wong, K.L. / Evans, R.M. / Kendall-Price, S.E.T. / Ash, P.A. / Vincent, K.A.

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9era.cif.gz	369.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9era.ent.gz	283.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9era.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9era ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9era	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eqiC 9eqlC 9er5C 9er6C 9er7C 9er9C 9erbC 9ercC 9erpC 9errC 9ersC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (19) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

S: Hydrogenase-1 small chain

L: Hydrogenase-1 large chain

T: Hydrogenase-1 small chain

M: Hydrogenase-1 large chain

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.679, 97.072, 183.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	S
2	1	T
3	2	L
4	2	M

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	ARG	ARG	S	A	4 - 266	4 - 266
2	1	1	LYS	LYS	ARG	ARG	T	C	4 - 266	4 - 266
3	2	2	SER	SER	HIS	HIS	L	B	2 - 582	2 - 582
4	2	2	SER	SER	HIS	HIS	M	D	2 - 582	2 - 582

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

-
Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質	Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 30980.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質	Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase 分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

#1: タンパク質

Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 30980.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: FTH004 / 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)

#2: タンパク質

Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase

分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

-
非ポリマー , 9種, 673分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#5: 化合物	ChemComp-SF3 / FE4-S3 CLUSTER 分子量: 319.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris 200 mM Li2SO4 150 mM NaCl 20% PEG 3350 / Temp details: ambient temperature in an anaerobic glovebox

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8153 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8153 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→54.3 Å / Num. obs: 200470 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.419 / R_pim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 3.46 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 9808 / CC_1/2: 0.445 / R_pim(I) all: 0.941 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→54.287 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.88 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	10041	5.009 %
R_work	0.2041	190429	-
all	0.205	-	-
obs	-	200470	99.991 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.601 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.162 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.976 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.814 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→54.287 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13154	0	71	656	13881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	13885
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	12814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.648	18984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.623	1.571	29570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.587	5	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.163	5	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.288	10	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.716	10	646
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	16564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	12514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	6761
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	6841
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	697
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.088	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.122	1.935	6862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.122	1.935	6862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.687	3.48	8602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.687	3.48	8603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.811	2.125	7023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.811	2.125	7014
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.906	3.822	10296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.907	3.82	10285
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.715	18.837	16011
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.709	18.599	15912
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	8786
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.056	0.05	20448

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05915	0.0501
1	2	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05915	0.0501
2	3	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05582	0.05009
2	4	S	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05582	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.65-1.693	0.407	781	0.408	13863	0.408	14654	0.754	0.756	99.9318	0.407
1.693-1.739	0.379	722	0.386	13607	0.386	14330	0.866	0.862	99.993	0.386
1.739-1.79	0.359	673	0.363	13263	0.363	13936	0.883	0.876	100	0.363
1.79-1.845	0.363	596	0.331	12919	0.332	13516	0.875	0.893	99.9926	0.33
1.845-1.905	0.315	622	0.303	12517	0.304	13139	0.893	0.904	100	0.3
1.905-1.972	0.276	641	0.272	12039	0.272	12680	0.932	0.932	100	0.265
1.972-2.046	0.266	625	0.243	11645	0.244	12270	0.942	0.949	100	0.232
2.046-2.129	0.228	597	0.218	11251	0.218	11848	0.958	0.963	100	0.203
2.129-2.224	0.222	552	0.202	10769	0.203	11321	0.964	0.97	100	0.186
2.224-2.332	0.207	566	0.185	10293	0.186	10859	0.97	0.975	100	0.166
2.332-2.458	0.196	483	0.176	9872	0.177	10355	0.972	0.979	100	0.157
2.458-2.607	0.205	434	0.165	9384	0.166	9818	0.974	0.982	100	0.143
2.607-2.787	0.203	500	0.167	8700	0.168	9200	0.972	0.982	100	0.145
2.787-3.009	0.178	443	0.157	8186	0.158	8629	0.979	0.984	100	0.137
3.009-3.295	0.187	408	0.157	7555	0.159	7963	0.978	0.985	100	0.14
3.295-3.683	0.176	398	0.154	6801	0.155	7199	0.982	0.986	100	0.14
3.683-4.249	0.164	331	0.143	6090	0.144	6421	0.982	0.987	100	0.131
4.249-5.196	0.17	295	0.141	5160	0.143	5455	0.985	0.989	100	0.134
5.196-7.315	0.205	244	0.172	4056	0.174	4300	0.983	0.986	100	0.16
7.315-54.287	0.14	125	0.164	2406	0.163	2531	0.988	0.983	100	0.162

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